QTLs identification for characteristics of the root system in upland rice through DNA microarray
Loading...
Files
Date
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Acta Scientiarum. Agronomy
Abstract
The aim of this work is the construction of a genetic map and identification of quantitative trait loci (QTLs) that control characteristics of the root system of rice. We evaluated a F 2:3 population composed of 150 families from the cross between the varieties IAC 165 × BRS Primavera. Genotyping was performed in the F 2 population using 3,742 SNP (Single Nucleotide Polymorphism) markers. The evaluation of the root system in the F 3 population was performed through a large-scale phenotyping method based on image generation with a CI-600 root scanner and on quantification through the WinRhizo ® software. The experiment was arranged in a randomized block design with three replications performed under greenhouse. The variables analyzed were root length, root surface area and root volume at the depths of 5 to 25 cm and 25 to 45 cm. The SNP markers analysis allowed the construction of the genetic map with a full length of 1424 cM. The linkage group with the largest coverage area was number 3 with 270 cM (100 SNPs), followed by linkage group 1 with 249 cM (170 SNPs) and linkage group 2 with 163 cM (99 SNPs). The genetic analysis allowed the detection of QTLs for all the characteristics.
Este trabalho objetivou a construção de um mapa genético e identificação de locos de características quantitativas (QTLs) que controlam características do sistema radicular do arroz. Foi avaliada uma população F 2:3 composta de 150 famílias a partir do cruzamento entre as variedades IAC 165 x BRS Primavera. A genotipagem foi realizada na população F 2 utilizando 3.742 marcadores SNP (Polimorfismo de um Único Nucleótido). A avaliação do sistema radicular nas populações F 3 foi realizada através de fenotipagem em larga escala baseada na geração de imagem com scanner raiz CI-600 e na quantificação através do software WinRhizo®. Foi realizado experimento em delineando blocos casualizados, em casa de vegetação com três repetições. Foram consideradas as variáveis comprimento, área de contato da raiz e volume nas profundidades de 5 a 25 cm e 25 a 45 cm. A análise dos marcadores SNP permitiu a construção de um mapa genético com comprimento total de 1424 cM. O grupo de ligação com maior área de cobertura foi o número 3 com 270 cM (100 SNPs), seguido pelo grupo de ligação 1, com 249 cM (170 SNP), e 2 com 163 cM (99 SNP). A análise genética permitiu a detecção de QTL para todas as características estudadas.
Este trabalho objetivou a construção de um mapa genético e identificação de locos de características quantitativas (QTLs) que controlam características do sistema radicular do arroz. Foi avaliada uma população F 2:3 composta de 150 famílias a partir do cruzamento entre as variedades IAC 165 x BRS Primavera. A genotipagem foi realizada na população F 2 utilizando 3.742 marcadores SNP (Polimorfismo de um Único Nucleótido). A avaliação do sistema radicular nas populações F 3 foi realizada através de fenotipagem em larga escala baseada na geração de imagem com scanner raiz CI-600 e na quantificação através do software WinRhizo®. Foi realizado experimento em delineando blocos casualizados, em casa de vegetação com três repetições. Foram consideradas as variáveis comprimento, área de contato da raiz e volume nas profundidades de 5 a 25 cm e 25 a 45 cm. A análise dos marcadores SNP permitiu a construção de um mapa genético com comprimento total de 1424 cM. O grupo de ligação com maior área de cobertura foi o número 3 com 270 cM (100 SNPs), seguido pelo grupo de ligação 1, com 249 cM (170 SNP), e 2 com 163 cM (99 SNP). A análise genética permitiu a detecção de QTL para todas as características estudadas.