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    Triple plagiotropic branch in coffee: a new promising mutant?
    (Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2017-10) Sakiyama, Ney Sussumu; Picoli, Edgard Augusto de Toledo; Zambolim, Laércio; Martinez, Hermínia Emília Prieto; Pereira, Antonio Alves; Caixeta, Eveline Teixeira; Oliveira, Antonio Carlos Baião de
    Coffee tree is a shrub with dimorphic branches. The orthotropic stem grows vertically with two near-horizontal plagiotropic branches, per node, in opposite phyllotaxy. The consecutive nodes of the orthotropic stem are organized in parastichies. We report here mutant plants of Coffea arabica with triple plagiotropic branch, resulted from the whorled phyllotaxy of the orthotropic stem. In mutant plants three plagiotropic branches in the same node are separated by angles of approximately 120o, while in normal plants two plagiotropic branches in the same node are separated by angles of approximately 180o. In mutant plants the angles of the parastichies increase approximately 50o clockwise between consecutive nodes, while in normal plants the angles increase approximately 87o. The plant architecture is changed. The triple plagiotropic branch is a putative mutant with potential to be explored in coffee breeding programs. The hypotheses for the origin of the mutation and the research perspectives are discussed.
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    Porta-enxertos afetando o desenvolvimento de plantas de Coffea arabica L.
    (Ciência Rural, 2005-05) Tomaz, Marcelo Antonio; Sakiyama, Ney Sussumu; Martinez, Hermínia Emília Prieto; Cruz, Cosme Damião; Pereira, Antônio Alves; Freitas, Rogério Soares de
    O desenvolvimento de plantas de Coffea arabica L., em função do porta-enxerto, foi avaliado em condições de campo, na fazenda Jatobá município de Paula Cândido – MG. Utilizaram-se como enxerto quatro genótipos de C. arabica L.: as variedades Catuaí Vermelho IAC 15 e Oeiras MG 6851 e as progênies H 419-10-3-1-5 e H 514-5-5-3, e, como porta-enxerto, três genótipos de Coffea canephora Pierre et Froenher: Apoatã LC 2258, Conilon Muriaé-1, sementes oriundas de um campo de recombinação entre os clones de variedade Robustão Capixaba (EMCAPA 8141) e um genótipo de C. arabica L.: Mundo Novo IAC 376-4, além da utilização de quatro pés-francos. A combinação de enxertia H419/EMCAPA teve aumento na altura da planta, no número de nós da haste principal, no número de ramos plagiotrópicos da haste principal, no diâmetro de caule, no número de nós do ramo plagiotrópico mediano e na produção quando comparada com o respectivo pé-franco. As combinações Catuaí/Apoatã, H514/Apoatã, H514/Conilon e H514/ EMCAPA tiveram reduções na produção quando comparadas com os respectivos pés-francos. A enxertia em café pode influenciar o desenvolvimento das plantas, quando se compararam diferentes combinações enxerto/porta-enxerto com os respectivos pés-francos. A progênie H 419-10-3-1-5 foi beneficiada na produção de café pelos porta-enxertos Apoatã e EMCAPA, e no crescimento apenas pelo EMCAPA.
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    Diferenças genéticas na eficiência de absorção, na translocação e na utilização de K, Ca e Mg em mudas enxertadas de cafeeiro
    (Ciência Rural, 2008-09) Martinez, Hermínia Emília Prieto; Tomaz, Marcelo Antonio; Cruz, Cosme Damião; Ferrari, Rafael Binda; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu
    O estudo da eficiência nutricional de plantas enxertadas de cafeeiro é importante para a seleção de combinações enxerto/porta-enxerto visando desenvolvimento e produção máximos. O presente trabalho teve como objetivo avaliar as diferenças genéticas na eficiência de absorção, no transporte e na utilização de Potássio, Cálcio e Magnésio em mudas enxertadas de cafeeiro. O plantio foi realizado em vasos de 20L contendo como substrato terra, areia e esterco na proporção de 3:1:1, em que as plantas permaneceram por 18 meses até a coleta do experimento. Utilizaram-se como enxertos quatro genótipos de Coffea. arabica L.: as variedades Catuaí Vermelho IAC 15 e Oeiras MG 6851 e os híbridos H419-10-3-4-4 e H514-5-5-3 do programa de melhoramento da EPAMIG/UFV. Como porta-enxerto, foram empregados cinco progênies famílias de meios-irmãos de clones de Coffea canephora Pierre cv. Conilon: “ES 21”, “ES 36”, “ES 26”, “ES 23” e “ES 38” do programa de melhoramento de café robusta do INCAPER. Houve variação da eficiência nutricional de K, Ca e Mg das plantas de cafeeiro em função da combinação enxerto/porta-enxerto. Na maioria das vezes, as plantas enxertadas tiveram desempenho inferior ao do pé-franco quanto à eficiência de absorção, translocação e utilização do K, Ca e Mg, bem como na produção de matéria seca. As combinações da variedade Catuaí Vermelho IAC 15 com os porta-enxertos ES 26 e ES 23 foram eficientes quanto à utilização de Mg e à produção de matéria seca. A baixa eficiência de absorção de K e Mg das combinações de enxertia com a cultivar Oeiras MG 6851 podem ter contribuído para a redução de produção de matéria seca total das mesmas.
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    Qualidade de café nos estádios cereja e verde-cana via condutividade elétrica
    (Revista Agrarian, 2013-11) Sakiyama, Ney Sussumu; Dalvi, Leandro Pin; Silva, Fernando Antonio Pereira da; Cecon, Paulo Roberto
    A maturação é um fator muito importante para a qualidade do café (Coffea arabica L.). Contribuições significativas para a melhoria da qualidade são atribuídas ao preparo do café por via úmida. O teste de condutividade elétrica é um indicador indireto de danos causados às membranas e paredes celulares que podem ser relacionados à qualidade de bebida. O objetivo deste trabalho foi estimar através do teste de condutividade elétrica o potencial de qualidade do café colhido nos estádios cereja e verde-cana quando preparados por via úmida e determinar o melhor período de embebição. Os grãos em pergaminho foram secos até atingir umidade de 10,5 a 11% e posteriormente beneficiados, e padronizados quanto a defeitos e peneira. A condutividade elétrica do exsudato foi aferida após os períodos de embebição de 3,5 e 5 horas. O experimento foi montado no esquema fatorial 7x2 (7 lotes de café e dois níveis de maturação: cereja e verde- cana), em DIC com quatro repetições. As médias foram comparadas pelo teste F e Scott-Knott a 5%. Grãos verde-cana apresentam maior condutividade elétrica que grãos cereja, porém, de modo geral, todos os resultados situaram-se em níveis baixos, indicando boa integridade das membranas e potencial para bebida de qualidade.
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    Molecular diversity in Coffea canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil
    (Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2013-12) Cruz, Cosme Damião; Souza, Flávio de França; Caixeta, Eveline Teixeira; Ferrão, Luís Felipe Ventorim; Pena, Guilherme Ferreira; Sakiyama, Ney Sussumu; Zambolim, Eunize Maciel; Zambolim, Laércio
    This work aimed to characterize accessions that represent the C. canephora germplasm conserved and cultivated in Brazil. A total of 130 accessions from germplasm banks of IAC (São Paulo), UFV (Minas Gerais) and also collected in plantations of the State of Espírito Santo and Rondônia were evaluated with a set of 20 new microsatellite primers. Multivariate methods were used to estimate the relationship among the accessions. High level of polymorphism and two major diversity clusters were identified. First cluster was composed by the accessions conserved in the IAC and UFV collections and the second was formed by accessions collected in areas under cultivation. Accessions from Espírito Santo and Rondônia were clear separated, composing two subclusters. Despite the great polymorphism found in Brazilian plantations, the diversity may be increased, because a new threshold in the genetic gains is expected on breeding programs with the intensification of the use of conserved germplasm.
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    Population structure and genetic diversity of coffee progenies derived from Catuaí and Híbrido de Timor revealed by genome-wide SNP marker
    (Tree Genetics & Genomes, 2017-11-10) Sousa, Tiago Vieira; Caixeta, Eveline Teixeira; Alkimim, Emilly Ruas; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Sakiyama, Ney Sussumu; Resende Júnior, Marcio Fernando Ribeiro de; Zambolim, Laércio
    The use of single nucleotide polymorphism (SNP) molecular markers has provided advances in selection methodologies used in breeding programs of different crops, reducing cost and time of cultivar release. Despite the great economic and social importance of Coffea arabica, studies with SNP markers are scarce and a small number of SNP are available for this species, when compared with other crops of agronomic importance. Thus, the objective of this study was to identify and validate SNP molecular markers for the species Coffea arabica and to introduce these markers to genetic breeding by means of an accurate analysis of the diversity and genetic structure of breeding populations of this species. After quality filtering, 11,187 SNP markers were selected from the coffee population obtained from crosses between the genotypes Catuaí and Híbrido de Timor. A great number of markers were distributed in the 11 chromosomes, within transcribed regions, and were used to estimate the genetic dissimilarity among the individuals of the breeding population. Dendrogram analysis and a Bayesian approach demonstrated the formation of two groups and the discrimination of all genotypes evaluated. The expressive number of SNP molecular markers distributed throughout C. arabica genome was efficient to discriminate all the accessions evaluated in the experiment, clustering them according to their genealogies. This work identified mixtures within the progenies. The genotyping data also provided detailed information about the parental genotypes and led to the identification of new candidate parents to be introduced to the breeding program. The study discussed population structure and its consequence in obtaining improved varieties of C. arabica.
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    Molecular markers useful to discriminate Coffea arabica cultivars with high genetic similarity
    (Euphytica, 2017-03-03) Sousa, Tiago Vieira; Caixeta, Eveline Teixeira; Alkimim, Emilly Ruas; Oliveira, Antonio Carlos Baião de; Pereira, Antonio Alves; Zambolim, Laércio; Sakiyama, Ney Sussumu
    New cultivars are released every year to meet market demands. However, in species with a narrow genetic base, such as Coffea arabica, the cultivars are closely related and phenotypically similar. This hinders the accurate discrimination of genotypes using morphological descriptors in distinctness, uniformity, and stability (DUS) testing, which is required for the registration and protection of new cultivars. In this sense, molecular markers are an auxiliary tool for accurate and precise discrimination of cultivars. This study aimed to verify the informative capacity and effectiveness of a molecular marker set to discriminate among C. arabica varieties, create a database of DNA profiles and allele frequencies, analyze the genetic diversity in this collection, and explore genetic kinships. Thirty-four C. arabica cultivars/progenies, which belong to the Brazilian Cultivar Trial, were analyzed using 31 microsatellite markers. Markers with weak bands were removed, and of the remaining, 74.07% were polymorphic and revealed 47 alleles. The obtained molecular profiles revealed segregation between and within cultivars/progenies, and genetic variability was observed between all the cultivars/progenies. Sixteen markers were selected for dendrogram construction and for fingerprinting analysis of the cultivars. The ability of these markers to detect varietal mixture and analyze diversity between and within cultivars was also discussed in detail. The results demonstrated the effectiveness of markers in distinguishing related genotypes from those with similar phenotypic traits. This biotechnological tool will assist breeders in DUS testing of cultivars.
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    High-throughput targeted genotyping using next-generation sequencing applied in Coffea canephora breeding
    (Euphytica, 2018-03) Alkimim, Emilly Ruas; Caixeta, Eveline Teixeira; Sousa, Tiago Vieira; Silva, Felipe Lopes da; Sakiyama, Ney Sussumu; Zambolim, Laércio
    The use of molecular markers to detect polymorphism at DNA level is one of the most significant developments in molecular biology techniques. With the development of new next-generation sequencing technologies, the discovery of SNP became easier and faster, and the costs of data point were reduced. The development and use of SNP markers for coffee have provided new perspectives for the evaluation of genetic diversity and population structure via different statistical approaches. In this study, 72 Coffea canephora genotypes were analyzed to identify the SNP markers and apply them to genetic studies and selection of parents/hybrids in genetic breeding. As many as 117,450 SNP were identified using the RAPiD Genomics platform. After quality analyses, 33,485 SNP were validated for analyses of genetic diversity and population structure. Genotypes were separated based on their varietal groups, and Hybrids were differentiated using the clustering and Bayesian approach. Coffee accessions mistakenly identified in the germplasm and breeding program were detected. The Conilon varietal group presented the lowest genetic dissimilarity values, suggesting the introduction of new accessions in the germplasm bank. The highest genetic distances values were observed among genotypes of the heterotic groups (Conilon and Robusta). The markers were efficient in evaluating the genetic diversity and population structure of C. canephora. Promising crosses were selected within and between the varietal groups. Hybrids with greater genetic distances were selected, which were important for C. canephora breeding programs.
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    Efeito do porta-enxerto nas trocas gasosas, área foliar e superfície de raiz de mudas de Coffea arabica L.
    (Revista Ceres, 2006-03) Tomaz, Marcelo Antonio; Sakiyama, Ney Sussumu; Matta, Fábio Murilo da; Martinez, Hermínia Emília Prieto; Cruz, Cosme Damião; Pereira, Antônio Alves
    Este trabalho teve como objetivo avaliar o efeito do porta-enxerto na condutância estomática, transpiração, fotossíntese, área foliar e superfície de raiz de mudas de Coffea arabica L. em cultivo hidropônico. Utilizaram-se como enxerto quatro genótipos de C. arabica: as variedades Catuaí Vermelho IAC 15, Oeiras MG 6851 e os híbridos ‘H 419- 10-3-1-5’ e ‘H 514-5-5-3’, e como porta-enxerto quatro genótipos, sendo três de Coffea canephora Pierre ex. Froenher: Apoatã LC 2258, Conilon Muriaé-1 e RC EMCAPA 8141 (recombinação entre clones da variedade Robustão Capixaba - EMCAPA 8141) e a linhagem Mundo Novo IAC 376-4, além de quatro pés-francos. Dentre os porta-enxertos, o melhor desempenho foi do Mundo Novo, que proporcionou efeitos positivos na assimilação de CO 2 na área foliar e na superfície de raiz de Catuaí e H419-10-3-1-5. Essas variáveis foram afetadas negativamente nas plantas enxertadas sobre Muriaé-1 e RC EMCAPA. A enxertia de genótipos de C. arabica em porta-enxerto da mesma espécie foi, neste estudo, mais eficiente que em porta-enxertos de C. canephora. O modelo estatístico de análise dialélica foi eficiente na avaliação da capacidade geral de combinação dos porta-enxertos, podendo ser, portanto, recomendado no processo de seleção de programas de melhoramento.
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    Diversidade genética entre acessos de mentrasto avaliada por características botânico-agronômicas, moleculares e fitoquímicas
    (Revista Ceres, 2004-03) Silva, Derly José Henriques da; Castro, Henrique Guilhon de; Oliveira, Luiz Orlando de; Ferreira, Francisco Affonso; Sakiyama, Ney Sussumu; Barbosa, Luiz Cláudio de Almeida; Ribeiro Júnior, José Ivo
    Objetivou-se avaliar a divergência genética entre cinco acessos de mentrasto por métodos multivariados, utilizando-se características botânico-agronômicas, moleculares (marcadores RAPD) e fitoquímicas (teor e composição do óleo essencial). A análise de agrupamento por meio do método de Tocher, das características botânico-agronômicas, moleculares e fitoquímicas, formou dois grupos. Na análise da divergência genética por marcadores moleculares, 14 primers deram origem a 26 bandas polimórficas. A biomassa fresca e & biomassa seca foram as características botânico- agronômicas que mais contribuíram para a diversidade genética. As características fitoquímicas que mais contribuíram para a diversidade genética foram os compostos precoceno I e precoceno ll. Verificou-se coeficiente de correlação significativo entre biomassa seca e precoceno I. Foram constatados coeficientes de correlação não-significativos entre as características botânico-agronômicas, moleculares e fitoquímicas, com base nas distâncias dos acessos.