Breeding potential and genetic diversity of "Híbrido do Timor" coffee evaluated by molecular markers

Abstract

AFLP, RAPD and SSR molecular markers were used to study the genetic diversity and genetic structure of the Híbrido de Timor germplasm. The principal coordinate analysis, UPGMA cluster analysis based on genetic dissimilarity of Jaccard, Bayesian model-based cluster analysis, percentage of polymorphic loci, Shannon's information index and Nei gene diversity were employed to assess the genetic diversity. The analyses demonstrated a high genetic diversity among Híbrido de Timor accessions. UPGMA and Bayesian cluster analyses grouped the accessions into three clusters. The genetic structure of Híbrido de Timor is reported. The management of Híbrido de Timor germplasm variability and its potential use in breeding programs are discussed.

Marcadores moleculares AFLP, RAPD e SSR foram usados para estudo da diversidade e estrutura genética do germoplasma de Híbrido de Timor. As análises de coordenadas principais, de agrupamento UPGMA baseado na dissimilaridade genética de Jaccard, de agrupamento baseado no modelo Bayesiano, a percentagem de locos polimórficos, o índice de Shannon e a diversidade genética de Nei foram utilizadas para acessar a diversidade genética. As análises demonstraram alta diversidade genética entre os acessos de Híbrido de Timor. A análise de agrupamento UPGMA e o modelo Bayesiano permitiram a alocação dos acessos em três grupos. A estrutura genética dos acessos de Híbrido de Timor foi descrita. A manutenção e manuseio da variabilidade do germoplasma de Híbrido de Timor e seu potencial uso nos programas de melhoramento de cafeeiro foram discutidos.