Estudo da interação do DNA com o corante fluorescente DAPI utilizando a técnica de pinça ótica

Abstract

Neste trabalho estudamos a interação do DNA com o corante DAPI em solução com alta (PBS 174 mM) e baixa (PBS 34 mM) força iônica. Para esse estudo utilizamos a técnica experimental de piņcamento óptico. Na primeira parte do experimento extraímos os parâmetros mecânicos da interação (comprimentos de persistência e contorno) em função da concentração total de ligante na solução. Com esses parâmetros mecânicos fazemos uma conexão entre essas propriedades e as propriedades físico-químicas do complexo formado através da isoterma de ligação proposta por McGhee - von Hippel, utilizando modelos desenvolvidos recentemente. Através dessa análise identificamos dois modos de ligação para o DAPI e o DNA, a ligação de fenda menor, que ocorre em baixas concentrações de corante e a intercalação, que ocorre em altas concentrações de corante.

In this work we studied the DAPI dye-DNA interaction in high (PBS 174 mM) and low (PBS 34 mM) ionic strength solutions. To perform this task, we used the optical tweezers experimental technique. In the first part of the experiment, we extracted the interaction’s mechanical parameters (persistence and contour lengths) as a function of the total ligand concentration in the solution. With these mechanical parameters we made a connection between these properties and the physicochemical properties of the complex formed by the binding isotherm proposed by McGhee-von Hippel, using recently developed models. From such analysis, we identified two DAPI dye-DNA binding modes, namely, the minor groove binding, which occurs at low dye concentrations, and intercalation, which occurs at high dye concentrations.