Ciências Agrárias
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Item Dispersão e condutividade hidráulica em solos de Pernambuco, em resposta à saturação por sódio e à concentração salina da solução(Universidade Federal de Viçosa, 2012-02-15) Paes, Jefferson Luiz de Aguiar; Fernandes, Raphael Bragança Alves; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728400J8; Freire, Maria Betânia Galvão dos Santos; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4723248A0; Ruiz, Hugo Alberto; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783550T5; http://lattes.cnpq.br/5059226090954813; Passos, Renato Ribeiro; http://lattes.cnpq.br/3882320619443256Para estimar a tendência à dispersão de argilas, determina-se, em laboratório, o teor de argila dispersa em água (ADA). Essa análise pode não corresponder à realidade no campo em solos salinos e salino-sódicos, em que a solução desses apresenta concentrações relativamente elevadas de sais. Em acréscimo, resultados de determinações da condutividade hidráulica em meio saturado (K0) em laboratório, com água destilada ou deionizada, podem também não corresponder às condições de campo nesses solos. Determinaram-se a argila dispersa (AD) e a K0, em laboratório, utilizando soluções de trabalho de diferentes condutividades elétricas (CE) em sete solos representativos do Estado de Pernambuco, com percentagem de saturação de sódio (PST) ajustada no intervalo de 5-30%. Na determinação da AD, utilizou-se arranjo fatorial (7x6x5): sete solos, seis ajustes nos valores da PST (5, 10, 15, 20, 25 e 30%) e cinco CE (0; 0,3; 0,6; 0,9; e 1,2 dS m-1). No ensaio da K0, usou-se arranjo fatorial (7x3x3): sete solos, três ajustes nos valores da PST (5, 15 e 30 %) e três CE (0; 0,6 e 1,2 dS m-1). O ajuste da PST foi realizado, saturando os solos com soluções de relação de adsorção de sódio (RAS) apropriadas. A AD foi obtida agitando-se 400 mL de suspensão em recipientes de 500 mL, em agitador rotatório Wagner, durante 16 h, a 50 rpm. A K0 foi quantificada por meio de permeâmetros de carga constante. Os resultados experimentais evidenciaram que houve incremento nos valores da AD diretamente relacionado com o aumento da PST e a diminuição da CE na solução de trabalho, resultando também na diminuição nos valores da K0. A resposta aos tratamentos foi mais acentuada nos solos com maiores proporções de argilas ativas frente àqueles com presença marcante de óxidos de ferro. A presença de argilas mais ativas leva à diminuição da K0, quando comparada com solos com maior proporção de óxidos, tornando esses mais susceptíveis a variações de K0, em decorrência da PST, com marcada influência da CE da água eventualmente utilizada na análise ou na irrigação. As determinações da ADA e de K0, geralmente associadas a problemas de infiltração, erosão e degradação da estrutura dos solos, são realizadas em laboratórios com água deionizada ou destilada, de CE próxima de 0 dS m-1; no entanto, para solos afetados por sais, as análises deveriam ser realizadas com soluções de CE ≠ 0 dS m-1, utilizando valores próximos aos do extrato da pasta de saturação.Item The tomato RLK superfamily: phylogeny and functional predictions about the role of the LRRII- RLK subfamily in antiviral defense(Universidade Federal de Viçosa, 2012-08-03) Sakamoto, Tetsu; Yotoko, Karla Suemy Clemente; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4763141P7; Zerbini, Poliane Alfenas; http://lattes.cnpq.br/8632328159533071; Fontes, Elizabeth Pacheco Batista; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781848H2; http://lattes.cnpq.br/1342530085695810; Santos, Anésia Aparecida dos; http://lattes.cnpq.br/8527394593088827Receptores cinases (RLKs) compõem uma grande famíla de proteínas transmembrânicas que possuem funções importantes na propagação e percepção de sinais celulares nas plantas. Em Arabidopsis thaliana, a superfamília de RLK é composta de mais de 600 membros e vários destes, principalmente aqueles que possuem repetições ricas em leucina (LRR), são considerados excelentes alvos para manipulação molecular em cultivares superiores no intuito de aumentar a produtividade e a resistência contra estresses bióticos e abióticos. A subfamília LRRII é particularmente relevante neste aspecto uma vez que seus membros apresentam funções duplas tanto no desenvolvimento quanto na resposta de defesa da planta. Apesar da relevância desta superfamília e da recente finalização do sequenciamento do genoma de tomateiro, a superfamília de RLK de tomate ainda não se encontra caracterizada e são poucos os trabalhos que analisaram a função biológica de seus membros. Neste trabalho, foi construído um inventário completo dos membros da superfamília de RLK de tomate. Para identificar os membros da superfamília RLK em tomate, foi realizado uma análise filogenética utilizando a superfamília de RLK de Arabidopsis como modelo. Um total de 647 RLKs foram recuperados do genoma de tomate e estes encontravam- se organizados no mesmo clado das subfamílias de RLKs de Arabidopsis. Apenas oito das 58 subfamílias exibiram expansão/redução específica no número de menbros comparado com Arabidopsis e apenas seis RLKs foram específicos em tomate, indicando que os RLKs de tomate compartilham aspectos funcionais e estruturais com os RLKs de Arabidopsis. Também foi caracterizado a subfamília LRRII através de análises filogenéticos, genômico, expressão gênica e interação com o fator de virulência de begomovírus, o nuclear shuttle protein (NSP). Os membros da subfamília LRRII de tomate e Arabidopsis demonstraram-se altamente conservados tanto em sequência quanto em estrutura. No entanto, a maioria dos pares ortólogos não mostraram conservados em relação à expressão gênica, indicando que estes ortólogos tenham se divergido na função após a especiação do ancestral comum entre o tomate e Arabidopsis. Baseado no fato de que membros de RLKs de Arabidopsis (NIK1, NIK2, NIK3 e NsAK) interagem com o NSP de begomovirus, foi verificado se ortólogos de NIKs, BAK1 e NsAK interagem com o NSP de Tomato Yellow Spot Virus (ToYSV). Os ortólogos dos genes que interagem com o NSP em tomate, SlNIKs e SlNsAK, interagiram especificamente com NSP na levedura e demonstraram um padrão de expressão consistente com o padrão de infecção de geminivírus. Além de sugerir uma analogia funcional entre estes ortólogos, estes resultados confirmam a observação anterior de que as interações NSP-NIK não são específicos para um vírus ou para um hospedeiro. Portanto, a sinalização antiviral mediado por NIK provavelmente ocorre em tomate, sugerindo que NIKs de tomate sejam alvos potenciais para manipular a resistência contra begomovírus que infectam esta planta.Item Caracterização molecular de cultivares de soja por meio de um sistema de genotipagem fluorescente utilizando marcadores microssatélites com cauda estendida universal(Universidade Federal de Viçosa, 2011-07-04) Ribeiro, Carlos Alexandre Gomes; God, Pedro Ivo Vieira Good; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4769361T9; Marcelino, Francismar Corrêa; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4706159Y3; Barros, Everaldo Gonçalves de; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781285J6; http://lattes.cnpq.br/4896054241001552; Piovesan, Newton Deniz; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728400U5O desenvolvimento de sistemas de identificação molecular para determinar e rastrear a identidade genética de um cultivar representa um grande desafio ao sistema de proteção utilizado no país, até então fundamentado em descritores fenotípicos. A identificação de cultivares de soja é feita atualmente no Brasil com base em 30 descritores morfológicos. Marcadores moleculares do tipo microssatélite são largamente utilizados para fins de determinação da diversidade genética, paternidade, análises de pureza varietal e mapeamento genético. Algumas variações da técnica de genotipagem convencional por microssatélite vêm sendo desenvolvidas com o objetivo de adequar a velocidade e automatização de técnicas atuais, com qualidade de análise e baixo custo. Dentre elas, destaca-se um sistema multiplex de genotipagem em sequenciador semi-automático de DNA, que utiliza primers com cauda estendida universal (PCEU). O presente trabalho teve como objetivos padronizar um sistema reprodutível de genotipagem molecular semi-automatizado baseado na metodologia PCEU para a cultura da soja, avaliar diferenças em relação ao sistema de genotipagem convencional, em gel de poliacrilamida e caracterizar com o conjunto de marcadores selecionados, 30 cultivares de soja estimando suas frequências alélicas. Estes descritores genotípicos poderão ser utilizados como ferramenta para a identificação de cultivares e fornecer subsídios para a proteção da propriedade intelectual, determinação e comprovação de pureza varietal. Foram utilizados 30 cultivares comerciais de soja avaliados com um grupo de 22 marcadores microssatélites já descritos na literatura. A genotipagem foi realizada em sequenciador semi- automático (PCEU) e em gel de poliacrilamida (convencional). Dentre os locos analisados, 13 foram selecionados por apresentarem melhor perfil de amplificação, menos produtos stutter, e maior número de alelos. O perfil alélico de cada cultivar foi definido primeiramente em sistema tradicional de genotipagem por eletroforese em gel de poliacrilamida, e depois no sequenciador semi-automatizado. Para a metodologia de genotipagem PCEU, o número total de alelos encontrados foi de 50, variando de 2 (Satt045) a 7 (Satt005). O conteúdo de informação polimórfica (PIC) variou de 0,40 (Satt045) a 0,74 (Satt005) com média de 0,62. Para a metodologia convencional o número de alelos encontrados foi de 38 com uma variação de 2 (Satt045, Satt070 e AF162283) a 5 (Satt005) alelos. O PIC apresentou uma faixa 0,39 (Satt045) a 0,67 (Satt079), com média de 0,56. Os valores de probabilidade de identidade ao acaso diferiram entre os métodos, sendo <10-5 (PCEU) e <10-4 (Convencional). Apesar de diferenças pontuais, observou-se alta correlação entre as matrizes de dissimilaridade genética entre os métodos (0,8026), e os grupos formados apresentaram também alta similaridade e foram concordantes com dados fenotípicos de registro varietal e de genealogia. Além da alta sensibilidade na detecção de alelos de tamanhos muito próximos, o método PCEU permitiu uma identificação mais criteriosa dos artefatos de amplificação. Os grupos de marcadores selecionados em ambas as metodologias permitiram distinguir todas as cultivares analisadas. O método PCEU possui baixo custo quando comparado a técnicas comuns de marcação por fluorescência, além disso, sua alta precisão faz deste um método vantajoso para a caracterização de cultivares e determinação da pureza genética. O grupo de marcadores analisados pode ser usado como um conjunto de descritores genotípicos complementar aos descritores fenotípicos obrigatórios utilizados para fim de proteção de cultivares em testes de distinguibilidade.Item Cruzamentos dialélicos visando a escolha de genitores no melhoramento de feijão preto(Universidade Federal de Viçosa, 2013-07-26) Moura, Lisandra Magna; Carneiro, José Eustáquio de Souza; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783648T9; Carneiro, Antônio Policarpo Souza; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4799449E8; Carneiro, Pedro Crescêncio Souza; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728227T6; http://lattes.cnpq.br/8377824849926506; Silva, Felipe Lopes da; http://lattes.cnpq.br/4564712877039359Este trabalho teve como objetivo avaliar o potencial de 12 linhagens de feijão visando a obtenção de populações segregantes com potencial para a extração de linhagens que associem alta produtividade de grãos, resistência aos principais patógenos que assolam a cultura, arquitetura ereta de planta e grãos tipo preto aceitos comercialmente. Para tal, essas 12 linhagens foram dispostas em dois grupos (G1 e G2) para compor um dialelo parcial num esquema (5 x 7). O grupo 1 foi composto por linhagens de grãos preto e arquitetura ereta de planta enquanto o grupo 2 de linhagens de grãos carioca e resistentes às principais doenças fúngicas que ocorrem na cultura do feijoeiro. Os 35 híbridos F1 s e os 12 genitores foram avaliados na safra do inverno de 2012. Utilizou-se o delineamento em blocos casualizados com três repetições e parcelas de três linhas de um metro. Foram avaliadas a severidade de mancha-angular (no campo), a arquitetura de plantas e a produtividade de grãos. Os dados foram analisados de acordo com o modelo de dialelo parcial proposto por Geraldi e Miranda Filho (1988) utilizando pais e F1 s. Para a severidade de mancha-angular foram observados efeitos significativos tanto para a capacidade geral de combinação dos grupos 1 (CGC1) e 2 (CGC2) quanto para a capacidade específica de combinação (CEC) dos híbridos entre os grupos. Em relação à freqüência de alelos de resistência à mancha-angular destacaram-se três linhagens do grupo 1 (Xamego, BRS Valente e TB 94-01) e três do grupo 2 (BRS Estilo, VC 20 e CNFC 10720). Considerando a arquitetura de plantas, apenas a CGC do grupo 1 apresentou efeito significativo, com destaque para as linhagens TB 94-01, L 20 e BRS Valente. Já para produtividade de grãos, foram observados efeitos significativos da capacidade geral de combinação do grupo 2 (CGC2) e específica de combinação (CEC). Neste grupo destacaram-se as linhagens BRS Estilo e CNFC 10720 quanto à freqüência de alelos favoráveis. Houve predominância de efeitos aditivos no controle genético dos três caracteres. Os cruzamentos BRS Valente / BRS Estilo e BRS Valente / CNFC 10720 se destacam na obtenção de potenciais populações para a extração de linhagens promissoras quanto à resistência à mancha-angular, arquitetura ereta de plantas e produtividade de grãos.Item Diversidade e estimativas de parâmetros genéticos em mandioca (Manihot esculenta Crantz), oriunda de Moçambique(Universidade Federal de Viçosa, 2013-11-18) Avijala, Matoso Francisco; Cruz, Cosme Damião; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788274A6; Carneiro, Pedro Crescêncio Souza; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728227T6; Bhering, Leonardo Lopes; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4764363E6; http://lattes.cnpq.br/1500985696903311; Silva, Felipe Lopes da; http://lattes.cnpq.br/4564712877039359O conhecimento da diversidade genética e a estimativa de parâmetros genéticos e fenotípicos, tais como variâncias genéticas e fenotípicas, coeficientes de herdabilidade, coeficientes de correlação genética e fenotípica, têm importância grande em programas de melhoramento genético, pois possibilitam a tomada de decisões relacionadas com a escolha dos genitores e do método mais apropriado, os caracteres que devem ser selecionados em etapas iniciais e avançados de um programa e também o peso que deve ser atribuído a cada caráter, separadamente ou em conjunto. Objetivou-se com este trabalho estudar a divergência genética entre genótipos de mandioca, oriundos de Moçambique, através de técnicas multivariadas, além de estimar parâmetros genéticos e fenotípicos e correlações genéticas para as características avaliadas nos genótipos, visando assim, gerar conhecimentos que irão dar subsídios de escolha de estratégias para o melhoramento genético da cultura. Conduziu-se o experimento no campo experimental do IIAM, no distrito de Mogincual, Moçambique no ano agrícola 2011/12. Adotou-se o delineamento de blocos casualizados, com os vinte e um genótipos plantados em três repetições. Foram avaliados os seguintes caracteres: altura da planta (ALTPL); altura da primeira ramificação (ALTPR); peso da biomassa da parte aérea (BIOPA); número médio de raízes por planta (NURPL); produtividade de raízes tuberosas (RENRA); produção de raízes comerciais (PRACO); índice de colheita (INDCO) e teor de matéria seca (MATES). As análises estatísticas foram realizadas com auxílio do programa computacional GENES. Foram estimados os parâmetros genéticos: variâncias fenotípica (σ2f), genotípica (σ2g) e ambiental (σ2e), herdabilidade (h2), coeficiente de variância genética (CVg), razão coeficiente de variação genético/coeficiente da variação experimental (CVg/CVe), correlações fenotípica (rf) e genotípica (rg) e ganhos esperados com seleção. A divergência genética foi expressa por meio da estatística multivariada consistindo por meio da distância generalizada de Mahalanobis, agrupar os genótipos pelos métodos de otimização de Tocher, UPGMA e dispersão gráfica por variáveis canônicas. Após a estimativa da diversidade conclui-se que há divergência genética entre os genótipos estudados, podendo-se selecionar alguns para participarem de fases seguintes de melhoramento, caso dos genótipos MzMg10/096, MzMg10/630, MzMg10/240, MzMg10/314 e MzMg10/162. A razão entre os coeficientes de variação genético e ambiental foi maior que a unidade para 6 das 8 características avaliadas. Essas mesmas características exibiram valores elevados para a herdabilidade. Foi possível identificar correlação genotípica alta entre os caracteres BIOPA vs. RENRA (0,85) e NURPL vs. RENRA (0,94). Existe maior probabilidade de ganhos para a produtividade de raízes tuberosas pela seleção indireta dos caracteres BIOPA e NURPL. As correlações genotípicas foram maiores do que as correlações fenotípicas em todos os casos, demonstrando que os fatores genéticos contribuíram mais do que os ambientais para as correlações.Item Adaptação das metodologias de PRINS, micromanipulação e DOP-PCR para construção de sonda da região sub-centromérica do cromossomo-X(Universidade Federal de Viçosa, 2013-03-19) Passamani, Paulo Zanchetta; Paula, Sérgio Oliveira de; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4767540P4; Clarindo, Wellington Ronildo; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4702819H9; Carvalho, Carlos Roberto de; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4780878T0; http://lattes.cnpq.br/7745351198384911; Koehler, Andréa Dias; http://lattes.cnpq.br/2563890461457295Com o advento da hibridização in situ fluorescente, a citogenética foi introduzida na era molecular, com avanços metodológicos que possibilitaram a investigação em vários níveis da ciência dos cromossomos. Destaca-se entre esses avanços a identificação de pares de cromossomos homólogos de forma inequívoca, a localização de sequências específicas, a prospecção direta de anormalidades cromossômicas, além de proporcionar informações de alta-resolução sobre a estrutura e organização dos cromossomos. Dentro das estratégias da citogenética molecular, as técnicas de microdissecção e de DOP-PCR têm sido muito utilizadas na construção de sondas cromossomo-específicas. Entretanto, a ausência de protocolos bem estabelecidos e reprodutíveis, além da necessidade de captura por micromanipulação de um número relativamente grande de cromossomos, essa técnica tem sido limitada quanto à sua aplicação mais ampla. O presente trabalho teve como objetivo padronizar uma metodologia para construção de sondas cromossomo-específicas, associando as técnicas de micromanipulação e DOP-PCR. Culturas de linfócitos humanos foram realizadas para a obtenção de lâminas contendo metáfases, tanto de origem masculina quanto feminina. A reação de amplificação in situ (PRINS) foi realizada sobre uma lâmina contendo metáfases, aplicando uma mistura de 50 μl de reação, contendo 1,0 U de Platinun® Taq DNA Polymerase High Fidelity, tampão de reação da enzima, 2 mM de MgSO4, 200 μM de dNTPs e 4 μM de primer. Em seguida, dez fragmentos de cromossomos X foram microdissectados utilizando microagulhas acopladas a um microscópio de contraste de fase e transferidos para um tubo de 0,2mL contendo proteinase K, de onde seguiu para a desproteinização a 37 ºC por 24 horas. O material foi amplificado por DOP-PCR em 15 μl de reação, e marcado com Tetramethyl-rhodamine-5-dUTP. A sonda foi desnaturada por 10 minutos a 99 ºC em 35 μL de uma mistura de hibridização contendo: 50 % Formamida, 2X SSC, 10 % Dextran Sulfato, 1 μg de Cot-1 e 200 ng da sonda marcada. Essa mistura foi aplicada na lâmina, que foi desnatura a 75 ºC por 8 minutos e depois foi submetida à hibridização a 37 ºC por 20 horas. Após a hibridização, foram realizadas as lavagens de estringência, contra-coloração com DAPI, e visualização do material em microscópio de fluorescência acoplado a um sistema de captura de imagens. Uma sonda específica para a região subcentromérica do cromossomo X foi obtida, apresentando uma marcação em metáfases de indivíduos masculinos e duas marcações em metáfases de indivíduos femininos, além de um ou dois sinais fluorescentes nos núcleos interfásicos.Item Caracterização funcional da proteína AtWWP1, componente de uma interconexão de fatores da interação geminivirus-hospedeiro envolvido na formação de corpos subnucleares(Universidade Federal de Viçosa, 2013-03-07) Calil, Iara Pinheiro; Bressan, Gustavo Costa; http://lattes.cnpq.br/1153853218347720; Ramos, Humberto Josué de Oliveira; http://lattes.cnpq.br/4037452920080174; Fontes, Elizabeth Pacheco Batista; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781848H2; http://lattes.cnpq.br/9424472381660293; Santos, Anésia Aparecida dos; http://lattes.cnpq.br/8527394593088827Estudos moleculares envolvendo o sistema imune de plantas e a infecção por patógenos revelaram um panomara integrado de interações plantapatógeno em que as interações dos efetores de virulência convergem para subconjuntos de proteínas do hospedeiro altamente interconectadas e designadas hubs. Um hub funcional e bem definido do sistema imune de plantas corresponde a interconexões convergentes para a proteína CNS5A que constitui a subunidade catalítica do complexo COP9 signalosome, um regulador chave de diversos processos celulares básicos. Consistente com a previsão de que efetores de diferentes patógenos devem alvejar similares conexões na rede de interações planta-patógeno, foi demonstrado, independentemente, que a proteína C2 de geminivírus, um vírus de DNA que infecta uma grande variedade de culturas agronômicas, interage com a proteína CNS5A. Além disso, foi também demonstrado que tanto a proteína NIG, quanto o receptor imune NIK, ambos alvos da proteína NSP de geminivírus, também interagem com CNS5A. Baseado nestas informações, prevê-se que a interconexão (hub) representada por CNS5A seja um elemento funcional na interação geminivírus-hospedeiro. Recentemente, foi identificado que, além de interagir com CSN5A, a proteína NIG também interage com uma proteína de função desconhecida codificada pelo locus AT2G41020, em leveduras . Como possível componente da rede de interações geminivírus-hospedeiro que converge em CNS5A, AT2G41020 pode interagir direta ou indiretamente com fatores de virulência em resposta de defesa ou de compatibilidade. Sendo assim, os objetivos principais dessa investigação envolveram caracterização bioquímica da proteína codificada pelo locus AT2G41020 e identificação de possíveis interações com proteínas virais e fatores do hospedeiro. Análise in silico da estrutura predita da proteína codificada pelo lócus At2G41020, designada AtWWP1, revelou a presença de dois domínios WW e um domínio C-terminal altamente conservado entre proteínas homólogas de espécies vegetais e animais. Além disso, foi demonstrado que a proteína AtWWP1 é uma proteína nuclear capaz de formar corpos subnucleares via o domínio C-terminal conservado. Ensaios de coimunoprecipitação e BiFC demonstraram que AtWWP1 interage in vivo com a proteína citoplasmática NIG promovendo o seu redirecionamento para corpos nucleares. Com a finalidade de explorar a atividade formadora de corpos nucleares de AtWWP1, a interação entre AtWWP1 e uma segunda proteína parceira AtMBD2 (proteína contendo um domínio de interação com CG metilado) foi caracterizada in vivo. Tanto a capacidade de formar corpos nucleares quanto a interação com AtMBD2 foram mapeadas em AtWWP1 e ocorrem via seu domíno C-terminal conservado, substanciando o argumento de que esta região de AtWWP1 é responsável pela formação de corpos subnucleares. Ensaios de co-localização demonstraram que os corpos nucleares contidos em AtWWP1 são distintos daqueles formados por proteínas envolvidas em splicing do RNA; porém co-localizam com corpos nucleares contendo CDKC2. Além disso, foi demonstrado que AtWWP1 não liga a RNA, mas exibe uma atividade de ligação ao DNA. Estas características implicam que AtWWP1 deve estar envolvida com funções nucleares básicas. Como componente de um hub funcional na interação geminivírus-hospedeiro, torna-se relevante avaliar se a infecção viral afetaria os corpos nucleares formados por AtWWP1.Item Detecção de Ralstonia solanacearum em plantas infectadas de eucalipto via PCR em tempo real(Universidade Federal de Viçosa, 2011-10-31) Pereira, Camila Santana; Zerbini, Poliane Alfenas; http://lattes.cnpq.br/8632328159533071; Lopes, Carlos Alberto; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783372D6; Alfenas, Acelino Couto; http://lattes.cnpq.br/2514320654462590; http://lattes.cnpq.br/7732230531687406; Guimarães, Lúcio Mauro da Silva; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4766939H1A murcha bacteriana causada por Ralstonia solanacearum é, atualmente uma das mais importantes doenças bacterianas na eucaliptocultura. O uso de mudas clonais sadias é ométodo mais efetivo para evitar a introdução e disseminação do patógeno em áreas livres da doença. Plantas infectadas podem ser identificadas visualmente ou pela exsudação de pus, porém, em minicepas assintomáticas, mas com infecções latentes, nas quais o xilema apresenta baixas concentrações de células bacterianas, não é possível a visualização de sintomas de murcha ou sinais da doença como a exsudação bacteriana. Assim, para certificação de que as mudas para o plantio estão livres do patógeno, é necessário empregar um método capaz de detectar a bactéria, mesmo quando presente em baixas concentrações.Assim, o presente trabalho objetivou avaliar a PCR em tempo real para detecção da bactéria no período latente de infecção. Primeiramente, dentre seis oligonucleotídeos testados, o oligo 224R/224F, que amplifica a região do gene ribossomal 16S, foi o único específico para R. solanacearum. Subsequentemente desenvolveu-se um protocolo de extração de DNA bacteriano a partir do tecido vegetal infectado que consiste da maceração com nitrogênio líquido, adição de solução salina, centrifugação, descarte do sobrenadante e extração com o kit (Promega) de extração. Para avaliar o método da PCR em tempo real, mudas de eucalipto de quatro clones foram inoculadas com o isolado UFV32 de R. solanacearume o DNA do patógeno foi quantificado aos 20 dias da inoculação. Aproximadamente 105 a 106 unidades formadoras de colônia (ufc)/g de R. solanacearum foram detectadas.. O limite de detecção da PCR em tempo real foi de 103ufc/g contra 107ufc/mL da PCR convencional, ou seja 10.000 vezes maior.. O método mostrou-se eficiente na detecção e quantificação de R. solanacearum diretamente do tecido vegetal de eucalipto.Item Redes neurais artificiais na predição do valor genético(Universidade Federal de Viçosa, 2013-03-20) Peixoto, Leonardo de Azevedo; Cruz, Cosme Damião; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788274A6; Carneiro, Pedro Crescêncio Souza; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728227T6; Bhering, Leonardo Lopes; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4764363E6; http://lattes.cnpq.br/0285123797003371; Nascimento, Moysés; http://lattes.cnpq.br/6544887498494945Os objetivos do presente trabalho foram a partir das populações simuladas, fazer a replicação ou a ampliação de conjuntos populacionais, com as mesmas características pontuais de média, herdabilidade e coeficiente de variação e de estruturação (matriz de covariância ou de correlações), por meio da utilização da t écnica de decomposição espectral, e avaliar a eficiência da utilização das redes neurais artificiais na predição do valor genético em experimentos em blocos casualizados. O delineamento utilizado para simulação dos experimentos foi blocos casualizados contendo seis repetições. Foram simuladas 80 cenários, que possuíam valores estabelecidos para a média, a herdabilidade e coeficiente de variação experimental. Os experimentos simulados foram utilizadas para treinamento (experimento com 5000 genótipos) e validação (100 experimentos com 150 ou 200 genótipos para cada cenário). Para medir a eficiência da RNA na predição do valor genético comparou-se a correlação do valor de rede com o valor genético e a correlação do valor fenotípico com a valor genético. A média, herdabilidade, CV e a matriz de variância e covariância foram mantidos constantes em todos os experimentos simulados. Isso foi possível através da utilização da técnica de decomposição espectral. As redes neurais foram eficientes para predição do valor genético com ganho de 0,64 a 10,3% em relação ao valor fenotípico independente do tamanho de população utilizada, da herdabilidade ou do coeficiente de variação simulado. Assim concluiu-se que a preservação da matriz de variâncias e covariâncias de dados experimentais foi eficientemente realizada por meio do uso da decomposição espectral da matriz observada. Portanto os conjuntos de dados simulados podem ser utilizados para treinamento das RNAs mantendo as características da população original. Assim verificou-se que as RNAs é uma técnica mais eficiente na predição do valor genético em experimentos balanceados, quando comparado ao valor fenotípico (média).Item Caracterização biológica, molecular e análise da variabilidade genética de Cowpea mild mottle virus (CPMMV) em soja no Brasil(Universidade Federal de Viçosa, 2013-02-25) Zanardo, Larissa Goulart; Carvalho, Claudine Márcia; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4794965T6; Urquiza, Gloria Patricia Castillo; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4778353J2; Zerbini Júnior, Francisco Murilo; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783743U5; http://lattes.cnpq.br/6438096478316973; Zerbini, Poliane Alfenas; http://lattes.cnpq.br/8632328159533071; Silva, Fábio Nascimento da; http://lattes.cnpq.br/1976091081462116A partir do ano 2000 plantas de soja nos campos dos estados da Bahia, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais, Paraná e Tocantins foram descritasapresentando sintomas da doença da necrose da haste da soja. Os sintomas eram variados, alguns mais suaves outros mais severos. A doença foi associada ao Cowpea mild mottle virus (CPMMV, família Betaflexiviridae, gênero Carlavirus). Nesse estudo foi proposta a realização da caracterização biológica, molecular e análise da variabilidade genética de isolados de CPMMV, causando sintomas da necrose da haste em soja nos campos de diferentes estados produtores do Brasil. O estudo foi realizado com amostras coletadas nos estados da Bahia, Goiás, Maranhão, Mato Grosso, Minas Gerais e Pará. Os isolados causaram uma variedade de sintomas em soja cv. CD206, isolados brandos e severos foram observados. O genoma completo de 6 isolados foi sequenciado e adicionalmente a sequencia parcial de outros 12 isolados foi também determinada (ORF2-3 terminal). Nenhum isolado brasileiro de CPMMV, independente do hospedeiro, havia sido totalmente sequenciado até esse trabalho. As caracterizações biológica e molecular mostraram que os seis isolados brasileiros, cujos genomas foram completamente determinados, pertencem a uma nova estirpe de CPMMV, distinta daquela à qual pertence o único isolado de CPMMV previamente sequenciado, oriundo de Gana na Àfrica. A ORF1 (RdRp) desses seis isolados brasileiros apresentou valores de identidade de sequencia (60- 61% para nt e 58-69% para aa), inferiores ao estabelecido pelo Comitê Internacional de Taxonomia de Vírus (ICTV), quando foram comparados com o isolado Gana de CPMMV. A ORF5 (CP), no entanto, apresentou valores de identidade (79% para nt e 95-96% para aa) superiores ao estabelecido pelo ICTV quando foram comparados com o isolado Gana. Ambas as proteínas são utilizadas para classificar isolados do gênero Carlavirus em uma mesma espécie. As comparações par-a-par e análises filogenéticas mostraram que os isolados brasileiros são altamente relacionados entre si e distintos de isolados de outras espécies do gênero Carlavirus. As árvores filogenéticas construídas com as sequencias parciais dos genomas não mostraram agrupamentos com base em região geográfica ou ano de coleta, porém agrupamentos com base nos sintomas foram observados para as árvores construídas com a sequência parcial (ORF2-3 terminal), ORF2 (TGB1), ORF5 (CP) e ORF6 (NABP). Além do relacionamento entre os isolados de CPMMV, foi demonstrado através do sequenciamento parcial, que existem variações entre os isolados brasileiros. Evidencias de duas possíveis estirpes de CPMMV no Brasil foram encontradas, com variações moleculares e biológicas entre os isolados de ambas as estirpes. Eventos de recombinação foram identificados ao longo do genoma dos isolados, e eles ocorreram principalmente na ORF1, região da polimerase, e com menor frequência em outras regiões genoma. Com esse trabalho foi verificado que o critério taxonômico, que define as espécies do gênero Carlavirus, pode ser falho em casos em que apenas a sequencia parcial é determinada, se apenas a ORF1 tivesse sido determinada durante o estudo poderíamos propor que os nossos isolados pertencem à uma nova espécie do gênero Carlavirus. Além disso, ficou clara a necessidade de se determinar a ocorrência de transmissão por semente dos isolados de CPMMV brasileiros, pois a transmissão por sementes e/ou a alta capacidade de dispersão e voo da mosca branca Bemisia tabaci podem ter contribuído para a dispersão do vírus nos diferentes estados produtores de soja. Esses fatos justificam o não agrupamento dos isolados com base em região geográfica ou ano de coleta.