Genética e Melhoramento
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Item Avaliação genética da produção de leite e de características reprodutivas de bovinos da raça Girolando(Universidade Federal de Viçosa, 2013-05-14) Cayo, Ali William Canaza; Silva, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da; http://lattes.cnpq.br/6353954532527478; Torres, Robledo de Almeida; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783366H0; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; Silva, Fabyano Fonseca e; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4766260Z2; Carneiro, Antônio Policarpo Souza; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4799449E8; Cobuci, Jaime Araujo; http://lattes.cnpq.br/2682793411821068Os objetivos do presente trabalho foram: i) avaliar a estrutura genética da população e a diversidade genética, ii) avaliar o efeito da inclusão ou não de lactações curtas e o efeito do grupo genéticos da vaca (GGV) e/ou da mãe (GGM) em modelos para avaliação genética da produção de leite (PL305) e características reprodutivas, iii) estimar herdabilidades e associações genéticas, fenotípicas e de ambiente entre PL305 e as características reprodutivas, iv) estimar as tendências genéticas para PL305 e características reprodutivas, e v) estimar componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para produção de leite no dia do controle (PLDC) via modelo de regressão aleatória (MRA) e avaliar diferentes medidas de persistência da lactação em bovinos Girolando. As características reprodutivas estudadas foram: a idade ao primeiro parto (IPP), o primeiro intervalo de partos (PIDP) e a duração do período seco (DPS). Os coeficientes da estrutura da população e diversidade genética foram obtidos por meio do programa Endog, enquanto as estimativas dos componentes de (co)variância e parâmetros genéticos para todas as avaliações genéticas foram obtidas por meio do programa Wombat. O coeficiente de endogamia médio e o coeficiente de relação médio da população Girolando foram 0,11 e 0,13%, respectivamente. O tamanho efetivo da população considerando a geração completa traçada foi 188, estando acima do nível crítico. As estimativas de herdabilidade para PL305, IPP e PIDP oscilaram de 0,23 a 0,29, de 0,40 a 0,44 e de 0,13 a 0,14, respectivamente, sem inclusão de lactações curtas; e de 0,23 a 0,28, de 0,39 a 0,43 e de 0,13 a 0,14, respectivamente, com inclusão. Os modelos que incluíram os efeitos fixos GGV ou GGM tiveram maiores estimativas de herdabilidade para todas as características estudadas, do que os modelos que consideraram esses dois efeitos simultaneamente (GGV e GGM). As estimativas de herdabilidade foram semelhantes entre análises uni e bi-características, e oscilaram de 0,20 a 0,28, 0,00 a 0,08 e 0,07 a 0,14, para PL305, PIDP e DPS, respectivamente, enquanto que da IPP foi 0,20. As correlações genéticas entre PL305 com IPP (-0,49) ou DPS (-0,40 a -0,79) mostraram associação favorável. No entanto, verificou-se associação genética antagônica entre PL305 e PIDP (0,59) na primeira parição, embora com baixa acurácia. As correlações fenotípicas e de ambiente entre PL305 com IPP ou DPS mostraram associação favorável (-0,25 a -0,42 e -0,14 a -0,44, respectivamente). A mudança genética anual para PL305 e IPP ao se combinar as quatro trajetórias de seleção foram de 7,40 kg leite/ano e -0,13 dias/ano, durante o período de 1979 a 2007. Os critérios de qualidade de ajuste utilizados indicaram o MRA empregando polinômios de Legendre das ordens 3 e 5 para os ajustes dos efeitos genético aditivo e de ambiente permanente, respectivamente, como o melhor modelo que descreveu a variação dos efeitos aleatórios. As estimativas de herdabilidade e de correlações genéticas para PLDC ao longo da lactação, obtidas com o modelo selecionado, variaram de 0,18 a 0,23 e -0,03 a 1,00, respectivamente. Entre nove medidas de persistência de lactação a medida PS7 apresentou maior estimativa de herdabilidade e menor correlação genética com a PL305. Conclui-se que a endogamia, nos rebanhos da raça Girolando, foi de pequena magnitude, indicando que as práticas de acasalamento foram adequadas durante o período avaliado; a inclusão dos registros de lactações curtas causa pouca variação nos componentes de variância e nas herdabilidades das características estudadas, e recomenda-se a utilização do modelo com efeito fixo de GGV e inclusão de registros provenientes de lactações curtas na avaliação genética para PL305, IPP e PIDP de bovinos da raça Girolando; observouse associação genética antagônica entre PL305 e a PIDP, indicando que a ênfase da seleção para produção de leite, teria como resposta correlacionada, aumento do intervalo de partos, as amplas variações genéticas para produção de leite e características reprodutivas podem permitir ganhos genéticos moderados, contribuindo, ao longo prazo para melhoria da eficiência produtiva e reprodutiva dos rebanhos Girolando; os resultados de tendências genéticas mostraram que o programa de melhoramento genético da raça promoveu melhoria na produção de leite e redução na idade da vaca no primeiro parto, não tendo impacto sobre o primeiro intervalo de partos das vacas Girolando; o uso da medida de persistência (PS7) proposta por Kistemaker (2003), de sob MRA empregando funções polinomiais de ordens 3 e 5 para os efeitos genético aditivo e de ambiente permanente, respectivamente seria a opção mais adequada para a avaliação da persistência de lactação de animais da raça Girolando.Item Avaliação genética de suínos utilizando abordagens freqüentistas e bayesianas(Universidade Federal de Viçosa, 2007-07-09) Barbosa, Leandro; Regazzi, Adair José; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783586A7; Torres, Robledo de Almeida; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783366H0; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4760232T2; Pires, Aldrin Vieira; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4799003J7; Pereira, Idalmo Garcia; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4705763T5Objetivou-se, neste estudo, estimar componentes de (co) variância e parâmetros genéticos em características de importância econômica em uma população de suínos da raça Large White. As características avaliadas foram idade para atingir 100 kg de peso vivo (IDA) e espessura de toucinho ajustada para 100 kg de peso vivo (ET) como características de desempenho e número de leitões nascidos (NLT) como característica reprodutiva. Para obtenção dos componentes de (co)variância foi utilizado o método da Máxima Verossimilhança Restrita, com o algoritmo Livre de Derivadas, por meio dos programas DFREML e MTDFREML, e o algoritmo Amostrador de Gibbs, por meio do programa MTGSAM. Este estudo foi organizado em quatro capítulos, em que os dois primeiros trataram das características IDA e ET e os dois últimos da característica NLT. No primeiro capítulo, foram utilizados quatro diferentes modelos mistos. Para a escolha do modelo que melhor se ajustou aos dados, foram utilizados o teste da razão de verossimilhança (LRT) e o critério de informação de Akaike (AIC). O modelo que incluiu os efeitos genético aditivo materno e comum de leitegada, além do genético aditivo direto, foi o que melhor se ajustou aos dados. As estimativas de herdabilidades aditiva direta foram médias (em torno de 0,28 e 0,45) e as herdabilidade aditiva materna foram baixas (em torno de 0,06 e 0,05) para IDA e ET, respectivamente. As correlações entre os efeitos genéticos aditivo direto e aditivo materno foram negativas, evidenciando antagonismo entre esses efeitos. As estimativas para efeito comum de leitegada foram em torno de 0,11 e 0,03 para IDA e ET, respectivamente. No segundo capítulo foi utilizado o algoritmo do Amostrador de Gibbs. O modelo misto utilizado continha efeito fixo de grupo contemporâneo e os seguintes efeitos aleatórios: efeito genético aditivo direto, efeito genético aditivo materno, efeito comum de leitegada e efeito residual. As médias das estimativas de herdabilidade aditiva direta foram de 0,33 e 0,44 para IDA e ET, respectivamente. As médias das estimativas do efeito comum de leitegada foram de 0,09 e 0,02 para IDA e ET, respectivamente. A estimativa de correlação genética aditiva entre as características foi próxima de zero (-0,015). No terceiro capítulo foram avaliados dois modelos mistos (modelo aditivo e modelo de repetibilidade) para a característica de tamanho de leitegada. O modelo aditivo foi utilizado para a primeira ordem de parto e continha efeito fixo de grupo contemporâneo e os seguintes efeitos aleatórios: efeito genético aditivo direto e efeito residual. O modelo de repetibilidade foi utilizado para a segunda, terceira e quarta ordens de parto e continha os mesmos efeitos do modelo aditivo mais o efeito fixo de ordem de parto e o efeito aleatório não correlacionado de ambiente permanente do animal. As estimativas de herdabilidades aditivas diretas foram de 0,15 e 0,20 para NLT nos modelos aditivo e de repetibilidade, respectivamente. A estimativa do efeito permanente de ambiente da porca (c2) foi de 0,09. As estimativas de tendências genéticas anuais obtidas nos modelos aditivos e de repetibilidade apresentaram comportamentos similares (em torno de 0,02 leitão/fêmea/ ano). No quarto capítulo, o modelo misto continha o efeito fixo de grupo contemporâneo e os seguintes efeitos aleatórios: efeito genético aditivo direto e efeito residual. Dados das primeiras quatro parições foram usados para NLT em duas análises, unicaracterísticas e multicaracterísticas separadas em séries de análises bicaracterísticas, com cada parição tratada como característica diferente. As estimativas de herdabilidades aditivas diretas para as diferentes parições variaram de 0,14 a 0,20 nas análises unicaracterísticas. As estimativas de herdabilidade aditiva direta nas análises multicaracterísticas entre as parições foram consistentes com as estimativas obtidas nas análises unicaracterísticas. Estimativas de correlações fenotípicas foram muito menores comparadas às correlações genéticas. As correlações genéticas foram menores que 0,75 em todas as parições, exceto entre a terceira e a quarta parição, que apresentou correlação alta (0,91). A menor correlação genética foi observada entre a primeira e a segunda ordem de parto (0,60).Item Detecção de locos de características quantitativas com efeito da origem parental dos alelos nos cromossomos 1, 2 e 4 de suínos(Universidade Federal de Viçosa, 2010-02-23) Silva Filho, Miguel Inácio da; Guimarães, Simone Eliza Facioni; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4782526Y2; Fonseca, Ricardo da; http://lattes.cnpq.br/0308352373545558; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://lattes.cnpq.br/0470045409906299; Nascimento, Carlos Souza do; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4734058H3; Silva, Fabyano Fonseca e; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4766260Z2Com o objetivo de detectar QTL com efeito da origem parental dos alelos, foram utilizados dados de uma população F2 de suínos, composta de 600 animais, obtidos a partir do cruzamento de machos Piau e fêmeas comerciais. Nos animais F2, foram avaliadas características de desempenho, carcaça, órgãos e vísceras, cortes de carcaça e qualidade de carne. Para a genotipagem de todos os animais, foram utilizados 16 locos de microssatélites distribuídos nos cromossomos 1, 2 e 4. Com o resultado da genotipagem, foi construído o mapa de ligação específico dos marcadores para a população desenvolvida. As análises de associação foram baseadas no mapeamento por intervalo usando métodos de regressão. Para identificar QTL com efeito da origem parental dos alelos, foi utilizada uma árvore de decisão baseada em testes contra o modelo de expressão Mendeliana. Usando o método de análise para esse tipo de expressão, foram detectados 23 QTL mendelianos: três no cromossomo 1, cinco no cromossomo 2 e 15 no cromossomo 4. Foram detectados também 12 QTL com efeito da origem parental dos alelos: seis no cromossomo 1 (três de expressão paterna e três de expressão materna), outros três no cromossomo 2 (um de expressão paterna e os outros dois de expressão materna) e três no cromossomo 4 (todos de expressão paterna). Nenhum dos QTL com efeito da origem parental dos alelos foi identificado pelo modelo Mendeliano. Os resultados obtidos podem contribuir para o melhor entendimento dos mecanismos genéticos envolvidos no controle das características quantitativas.Item Detecção de locos de características quantitativas nos cromossomos 9 e 10 de suínos(Universidade Federal de Viçosa, 2008-07-28) Pinto, Ana Paula Gomes; Guimarães, Simone Eliza Facioni; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4782526Y2; Torres, Robledo de Almeida; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783366H0; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://lattes.cnpq.br/3914299583893924; Carneiro, Paulo Luiz Souza; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4795534Y2; Pires, Aldrin Vieira; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4799003J7; Machado, Marco Antonio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4797231Z4QTL são associações estatísticas entre dados relativos a uma região genômica e a variabilidade fenotípica existente entre populações segregantes. Para identificação e avaliação dos efeitos de tais associações, foi feito o mapeamento dos cromossomos 9 e 10 de suínos pertencentes a uma população F2, oriunda do cruzamento entre as raças Piau e Comercial (Landrace X Large White X Pietrain), composta por 714 animais. A população foi avaliada em relação a características de desempenho, carcaça, órgãos e vísceras, cortes de carcaça e qualidade da carne. Foram estudados um total de 9 locos microssatélites distribuídos nos cromossomos, sendo seis localizados no cromossomo 9 e três no cromossomo 10. Os locos foram avaliados em relação à freqüência alélica, heterozigosidade observada, heterozigosidade esperada e conteúdo de informação polimórfica, sendo que aqueles considerados informativos foram utilizados na construção dos mapas de ligação, a partir do programa CRIMAP versão 2.4. A ordem dos marcadores no presente mapa foi semelhante àquela apresentada pelo mapa do USDA-MARC. No entanto, os mapas médios entre sexos dos cromossomos 9 e 10 obtidos no presente estudo possuem comprimentos superiores, respectivamente, 27,75% e 124,60% em relação aos mapas do USDA-MARC. As análises de associação foram feitas utilizando mapeamento de intervalo por regressão para detecção de QTL, com o auxílio do programa QTL EXPRESS. Foram detectados três QTL significativos ao nível cromossômico no cromossomo 9 para peso total do carré (P<0,01), peso do lombo (P<0,05) e comprimento total do intestino delgado (P<0,05), respondendo, respectivamente, por 6,7%, 4,0% e 4,9% da variação fenotípica. No cromossomo 10, foram detectados dois QTL significativos ao nível cromossômico para maior espessura de toucinho na região da copa, na linha dorso-lombar (P<0,05) e índice de vermelho (P<0,05), ambos respondendo por 2,4% da variação fenotípica, e um QTL significativo ao nível genômico para peso de fígado (P<0,01), respondendo por 6,9% da variação fenotípica. As informações dos QTL significativos encontrados servem para estudos futuros como o mapeamento fino e a identificação de genes que ajudem no melhor entendimento da fisiologia e das características de produção de suínos.Item Endogamia na raça Gir(Universidade Federal de Viçosa, 2006-02-10) Reis Filho, João Cruz; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4706265D6; Torres, Robledo de Almeida; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783366H0; Verneque, Rui da Silva; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4789462T1; Euclydes, Ricardo Frederico; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788533U6; Martinez, Mário Luiz; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4787024T0Os arquivos de pedigree e produção da raça Gir selecionada para produção de leite, armazenados na Embrapa Gado de Leite, foram utilizados para análise da estrutura genética da população, estudo do efeito da endogamia sobre características produtivas e reprodutivas, e avaliação genética comparativa entre base genética completa e selecionada. O programa ENDOG utilizou 27.610 animais no cálculo dos coeficientes individuais de endogamia (F) e de relação médio (CR), número efetivo de animais (Ne), de fundadores (fe) e de ancestrais(fa), e do intervalo de gerações (IG). Os coeficientes F e CR médios da população foram 2,82% e 2,10%, respectivamente. O Ne variou de 16,1 a 125,3 entre as gerações completas. O fe estimado foi 146 e o fa foi 75, sendo que apenas 28 ancestrais foram responsáveis pela origem de 50% dos genes da população. O IG total foi de 8,41 anos, sendo maior para machos e menor para fêmeas. Registros de 24.045 lactações ocorridas entre 1960 e 2004, de 8.879 vacas distribuídas em 26 rebanhos, foram utilizados para verificação do efeito da endogamia sobre as características produtivas: produções de leite (PL), de gordura (PGOR), de proteína (PPRO), de lactose (PLAC) e de sólidos totais (PSOL) e duração da lactação (DLAC); e reprodutivas: idade ao primeiro parto (ID1P) e intervalo de partos (INTP). As análises de variância e de regressão utilizaram procedimentos do SAS. A análise de variância para as características produtivas e intervalo de partos considerou os efeitos fixos de rebanho, ano-estação do parto, classe de geração (CG) aninhado em rebanho, classe de endogamia (CF) e idade da vaca ao parto, como covariável, nos termos linear e quadrático). Para idade ao primeiro parto, o modelo incluiu os efeitos fixos de rebanho-ano do nascimento, época de nascimento, CF e CG-rebanho. As características produtivas foram afetadas por todas as fontes de variação (p<0,05). A idade da vaca ao parto e estação de nascimento não afetaram (p>0,05) o intervalo de partos e idade ao primeiro parto, respectivamente. Realizou-se um estudo de regressão das características, ajustadas para as outras fontes de variação, em função do coeficiente médio de endogamia de cada classe, ponderando-se pelo número de observações de cada classe. Os termos linear e quadrático do modelo de regressão foram significativos (p<0,01) para as características produtivas, cujas maiores produções estiveram associadas a coeficientes de endogamia entre 10 e 12%. Somente o termo linear foi significativo (p<0,05) para ID1P. O modelo de regressão proposto não explicou (p>0,05) a característica INTP. As avaliações genéticas para produção de leite foram realizadas pelo sistema MTDFREML e utilizaram como base o arquivo de produção, acrescido de pai e mãe da vaca. Variou-se somente a informação de pedigree, ora utilizando toda informação disponível, ou base genética completa (BGC), ora utilizando apenas as informações de pedigree dos touros submetidos ao teste de progênie, ou base genética selecionada (BGS). A utilização da BGS, em média, subestimou os valores genéticos dos animais. Altas correlações de Pearson e Spearman entre os valores genéticos preditos pela utilização das duas bases foram obtidas. Contudo, a seleção de animais diferentes quando se utiliza uma base genética ou outra poderia incorrer em redução nos ganhos genéticos, sobretudo nos machos, mais influenciados pela informação de parentes.Item Fine mapping and single nucleotide polymorphism effects estimation on pig chromosomes 1, 4, 7, 8, 17 and X(Universidade Federal de Viçosa, 2011-07-08) Hidalgo, André Marubayashi; Guimarães, Simone Eliza Facioni; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4782526Y2; Silva, Fabyano Fonseca e; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4766260Z2; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://lattes.cnpq.br/2283036208877538; Gasparino, Eliane; http://lattes.cnpq.br/9359055581511557; Paiva, Samuel Rezende; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4767878U7Mapeamento de loci de caracaterística quantitativas (QTL) geralmente resultam na detecção de regiões genômicas que explicam parte da variação quantitativa da característica. Entretanto essas regiões são muito amplas e não permitem uma acurada identificação dos genes. Dessa forma, torna-se necessário o estreitamento dos intervalos onde os QTL estão localizados. Com a seleção genômica ampla (GWS), foram desenvolvidas ferramentas estatísticas de forma a se estimar os efeitos de cada marcador. A partir dos valores desses efeitos, pode-se analisar quais são os marcadores de maiores efeitos. Assim, objetivou-se realizar o mapeamento fino dos cromossomos suínos 1, 4, 7, 8, 17, e X, usando marcadores microsatélites e polimorfismo de base única (SNP), em uma população F2 produzida pelo cruzamento de varrões da raça naturalizada brasileira Piau com fêmeas comerciais, associados com características de desempenho, carcaça, orgãos internos, cortes e qualidade de carne. Também objetivou-se estimar os efeitos dos marcadores SNP nas características que tiveram QTL detectados, analisar quais são os mais expressivos e verificar se eles estão localizados dentro do intervalo de confiança do QTL. Os QTL foram identificados por meio do método regressão por intervalo de mapeamento e as análises foram realizadas pelo software GridQTL. O efeito de cada marcador foi estimado pela regressão de LASSO Bayesiano, usando o software R. No total, 32 QTL foram encontrados ao nível cromossômico de significância de 5%, destes, 12 eram significativos ao nível cromossômico de 1% e 7 destes eram significativos ao nível genômico de 5%. Seis de sete QTL apresentaram marcadores de efeito expressivo dentro do intervalo de confiança do QTL. Resultados deste estudo confirmaram QTL de outros trabalhos e identificaram vários outros novos. Os resultados encontrados utilizando marcadores microsatélites junto com SNPs aumentaram a saturação do genoma levando a um menor intervalo de confiança dos QTL encontrados. Os métodos usados foram importantes para estimar os efeitos dos marcadores, e também para localizar aqueles com efeitos mais expressivos dentro do intervalo de confiança do QTL, validando os QTL encontrados pelo método da regressão.Item Genome-wide association study for sperm motility in pigs(Universidade Federal de Viçosa, 2013-07-29) Diniz, Daniele Botelho; Guimarães, Simone Eliza Facioni; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4782526Y2; Silva, Fabyano Fonseca e; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4766260Z2; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://lattes.cnpq.br/3049498534841303; Harlizius, BarbaraA qualidade do sêmen de reprodutores suínos pode ser avaliada de acordo com vários critérios, sendo a motilidade espermática o mais utilizado e importante. A motilidade, essencial para a fertilização, refere-se ao movimento retilíneo dos espermatozóides. Apesar da importância da avaliação de características de qualidade do sêmen de reprodutores, tradicionalmente estes animais têm sido selecionados com ênfase em características de carcaça e crescimento, com pouca atenção dispensada à sua capacidade reprodutiva. Devido ao fato de características seminais poderem ser avaliadas nos reprodutores somente após a puberdade, técnicas moleculares e genotipagem dos animais utilizando chips de alta densidade de marcadores SNPs poderiam ser utilizados como ferramentas para avaliar e melhorar a seleção para fertilidade e qualidade de sêmen em reprodutores suínos em uma idade jovem. O estudo de associação genômica ampla (GWAS) requer o conhecimento de uma associação entre um marcador genético e alguma variação no fenótipo e assume que associação significativa pode ser detectada porque os SNPs estão em desequilíbrio de ligação (LD) com as mutações causais para as características de interesse, a nível de população. Assim, este estudo foi conduzido com o objetivo de identificar, através do GWAS, marcadores SNPs e genes candidatos relacionados com motilidade espermática em duas diferentes linhas de suínos. Os dados fenotípicos são provenientes de avaliações repetidas de motilidade de espermatozóides logo após a coleta do sêmen através do método denominado CASA (Computer Assisted Sperm Analysis). Animais de duas linhas (linha 1, n=760 animais da raça Landrace e linha 2, n=645 animais da raça Large White) foram fenotipados para a construção do arquivo de dados, que possui 32884 observações para a linha 1 e 32576 para a linha 2. Um total de 1507 animais da linha 1 e 1383 animais da linha 2 foram genotipados com o uso do chip de 60K da Illumina®. Os valores genéticos dos animais foram estimados utilizando o programa ASREML e os valores genéticos desregressados foram calculados para serem utilizados no GWAS. Após o controle de qualidade, 42551 SNPs e 602 animais genotipados (linha 1) e 40890 SNPs e 525 animais genotipados (linha 2) foram utilizados no GWAS. SNPs que possuíram q-valores baseados na taxa de falsos descobertos (FDR) menores ou iguais a 0.05 foram considerados significativos. Para a linha 1 não foram encontrados SNPs significativos relacionados com motilidade. Já para a linha 2, seis SNPs localizados no cromossomo 1 (SSC1) foram significativamente relacionados com a característica estudada. Essa diferença pode ser explicada pela baixa correlação (r = 0.0926) entre os valores de LD entre marcadores calculados para as duas linhas na região que abrange os seis SNPs significativos. O alto valor médio de r2 (r2 = 0.7275), calculado para medir o LD entre os seis SNPs significativos para a linha 2, revela que todos esses SNPs podem estar ligados a um mesmo QTL. O gene metionil-tRNA formiltransferase mitocondrial (MTFMT) é um possível gene candidato controlando a característica. Esse estudo fornece marcadores SNPs e um gene candidato associados com motilidade espermática em suínos. No entanto, por ser o primeiro trabalho a encontrar tais marcadores relacionados com motilidade espermática em suínos em uma nova região do SSC1, é necessária replicação e validação do estudo em outra população para confirmação dos resultados encontrados a fim de incluir tais informações na seleção de melhores animais.Item Interação genótipo x ambiente na avaliação genética de búfalos(Universidade Federal de Viçosa, 2007-03-22) Moita, Antonia Kécya França; Torres, Robledo de Almeida; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783366H0; Euclydes, Ricardo Frederico; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788533U6; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4768463H1; Tonhati, Humberto; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783398D1; Freitas, Ary Ferreira de; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783324A6Registros de produção de leite, de 754 búfalas da raça Murrah, foram utilizados com o objetivo de avaliar o efeito da inclusão da interação reprodutor x rebanho e reprodutor x rebanho-ano nos modelos de avaliação genética, verificar a existência da heterogeneidade de variância entre rebanhos e verificar os efeitos de interação reprodutor x rebanho e reprodutor x rebanho-ano como fatores de ajustamento para variâncias heterogêneas. Os componentes de (co)variância foram estimados pelo método da máxima verossimilhança restrita, utilizando-se seis modelos de características simples, considerando como efeitos fixos estação de parto e rebanho-ano de parto e idade da vaca como covariável (efeito linear e quadrático). Os seis modelos utilizados foram: 1 modelo aditivo, 2 modelo de repetibilidade; 3 modelo aditivo com interação reprodutor x rebanho, 4 modelo aditivo com interação reprodutor x rebanho-ano; 5 modelo de repetibilidade com interação reprodutor x rebanho e 6 modelo de repetibilidade com interação reprodutor x rebanho-ano. A média obtida para produção de leite foi de 1736,66 Kg. Com exceção da inclusão da interação reprodutor x rebanho, as inclusões do efeito de ambiente permanente, ou da interação reprodutor x rebanho-ano no modelo aditivo foram significativas (P<0,06) e (P<0,05) respectivamente. No modelo de repetibilidade somente a inclusão da interação reprodutor rebanho-ano foi significativa (P<0,05). A não inclusão do efeito de ambiente permanente ao modelo aditivo inflacionou as estimativas da variância genética aditiva e da herdabilidade para a produção de leite. A inclusão do efeito da interação reprodutor x rebanho-ano é mais importante do que o efeito da interação reprodutor x rebanho nos modelos de avaliação genética de bubalinos para produção de leite. Os modelos 1, 2, 4 e 6 foram utilizados em análise bi-característica, em que os rebanhos foram classificados em duas classes de desvio-padrão fenotípico para produção de leite, considerando-se cada classe de desvio-padrão como característica diferente. Foi conduzida, também, uma análise unicaracterística, em que foram desconsideradas as classes de desvio-padrão fenotípico, incluindo o efeito da interação reprodutor x rebanho-ano. Nos quatro modelos bi-característica as estimativas de componentes de variância genética aditiva foram maiores na classe de alto desvio-padrão, comparadas às de baixo desvio-padrão. Observou-se que a maioria dos animais selecionados sem estratificação foi selecionada dos rebanhos de alto desvio-padrão. Apesar do aumento nas variâncias aditivas e do erro nas classes de alto desvio-padrão, suas herdabilidades foram menores, com exceção do modelo 2 que apresentou herdabilidade maior para a classe de alto desvio-padrão. A estratificação dos rebanhos de búfalos para produção de leite em classes de alto e baixo desvio-padrão fenotípico corrigiu para a heterogeneidade de variância.Item Modelos multicaracterísticos e efeito de dominância na avaliação genética de suínos(Universidade Federal de Viçosa, 2014-02-26) Costa, Edson Vinícius; Silva, Fabyano Fonseca e; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4766260Z2; Guimarães, Simone Eliza Facioni; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4782526Y2; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://lattes.cnpq.br/4915522818937800; Resende, Marcos Deon Vilela de; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4709374E4; Ventura, Henrique Torres; http://lattes.cnpq.br/2208756336864833O objetivo deste estudo foi avaliar geneticamente características de leitegada em suínos da raça Landrace e estimar via análise genômica o efeito de dominância com e sem a inclusão do efeito poligênico em suínos F2. Foram avaliadas as seguintes características em animais da raça Landrace, utilizando modelos bicaracteristico, multicaracterístico e de repetibilidade: número de leitões nascidos no primeiro (NLN1), segundo (NLN2) e terceiro (NLN3) partos; número de leitões desmamados no primeiro (NLD1), segundo (NLD2) e terceiro (NLD3) partos; peso da leitegada ao nascimento no primeiro (PLN1), segundo (PLN2) e terceiro (PLN3) partos; peso da leitegada ao desmame no primeiro (PLD1), segundo (PLD2) e terceiro (PLD3) partos; peso médio dos leitões ao nascimento no primeiro (PMLN1), segundo (PMLN2) e terceiro (PMLN3) partos; peso médio dos leitões ao desmame no primeiro (PMLD1), segundo (PMLD2) e terceiro (PMLD3) partos. As análises entre partos com os modelos multicaracterístico e de repetibilidade, via REML, mostraram que a variância genética aditiva e a herdabilidade para a primeira ordem de parto foram menores que as estimadas nas demais ordens de parto, o que indica que, provavelmente, a expressão dessas características estudadas no primeiro parto é controlada por genes ou combinações gênicas diferentes daquelas que regulam a expressão das mesmas no segundo e no terceiro parto. correlações genéticas entre as três ordens de parto no As modelo multicaracterístico para as características peso médio do leitão ao nascimento (PMLN) e peso médio do leitão ao desmame (PMLD) foram altas variando de 0,9809 a 0,9970 para PMLN e de 0,9610 a 0,9800 para PMLD, mas diferente da unidade, as demais características apresentaram correlações de menor magnitude. Esses resultados são insuficientes para considerar estas características nas três ordens de parto como sendo, geneticamente, a mesma característica. Conclui-se que o modelo multicaracterístico é recomendado para avaliações genéticas das características número de leitões nascidos e desmamados, peso da leitegada e peso médio do leitão ao nascimento e a desmama nas diferentes parições, tratando diferentes parições como características diferentes. As características foram analisadas também dentro de cada parto com o modelo animal bicaracterístico. Nestas análises observou- se que as correlações genéticas entre as características de nascimento e de desmama foram positivas e altas no primeiro, segundo e terceiro parto para a maioria das características, o que indica que a seleção para aumento número de leitões nascidos, peso da leitegada e peso médio do leitão ao nascimento resultará em ganho genético das mesmas características a desmama, porém as três características devem ser incluídas nas análises devido às correlações genéticas negativas entre número de leitões nascidos e peso médio do leitão ao nascimento e ao desmame, número de leitões desmamados e peso médio do leitão ao nascimento e ao desmame e entre peso da leitegada ao nascimento e número de leitões desmamados. Conclui-se que devem ser utilizadas para avaliação genéticas destas características metodologias que não desprezem as correlações existentes entre elas na população em questão. Foi utilizada a combinação de dados genômicos e pedigree para estudar a importância das variâncias genéticas aditivas e de dominância de características de crescimento e de carcaça em uma população de suínos F2. Foram utilizados dois modelos GBLUP, um modelo sem a inclusão do efeito poligênico (ADM) e um modelo com o efeito poligênico (ADMP). Efeitos aditivos apresentaram maior contribuição para o controle de características de crescimento e de carcaça. Além disso, o efeito de dominância foi importante para todas as características, mostrando um papel mais relevante na espessura de toucinho. As herdabilidades no sentido restrito e no sentido amplo para as características de crescimento variaram de 0,06 a 0,42 e de 0,10 a 0,51, respectivamente e para as características de carcaça de 0,07 a 0,37 no sentido restrito e de 0,10 a 0,76 no sentido amplo, mostrando grande variação. A inclusão do efeito poligênico no modelo ADMP mudou as estimativas de herdabilidade no sentido amplo apenas para peso ao nascimento e peso aos 21 dias de idade.Item Níveis de expressão dos genes FABP3 e FABP4 e conteúdo de gordura intramuscular em suínos(Universidade Federal de Viçosa, 2006-02-17) Moraes, Danielle Serra de Lima; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4700282P1; Gomide, Lucio Alberto de Miranda; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781895A9; Torres, Robledo de Almeida; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783366H0; Euclydes, Ricardo Frederico; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4788533U6; Guimarães, Marta Fonseca Martins; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4790685D6Os genes FABP3 (heart fatty acid-binding protein gene gene da proteína de ligação a ácidos graxos do coração) e FABP4 (adipocyte fatty acidbinding protein gene gene da proteína de ligação a ácidos graxos do tecido adiposo) têm sido indicados como candidatos à deposição de gordura intramuscular em suínos. O presente trabalho objetivou analisar os níveis de expressão desses genes nos músculos Longissimus dorsi (LD) e Semimembranosus (SM) de suínos machos castrados e fêmeas comerciais (Landrace X Large White X Pietrain) e nativos brasileiros (raça Piau), em diferentes idades. Visou também avaliar a correlação entre esses níveis de expressão e os porcentuais obtidos de gordura intramuscular nas mesmas amostras. Foram utilizadas 18 amostras de animais pertencentes aos dois grupos genéticos divergentes, sendo 12 de suínos comerciais com idades de 1, 21, 60, 90, 120 e 180 dias e 6 de suínos nativos brasileiros (raça Piau) com idades de 1, 90 e 180 dias. As amostras dos músculos Longissimus dorsi e Semimembranosus desses animais foram retiradas imediatamente após o abate, congeladas em nitrogênio líquido e, em seguida, armazenadas a -70 ºC. Foram também utilizadas 18 amostras para obtenção dos porcentuais de gordura intramuscular. O RNA total das amostras foi extraído e a expressão dos genes FABP3 e FABP4 foi analisada por meio de PCR em tempo real, usando a tecnologia TaqmanTM. Foi empregado o método de quantificação relativo (comparativo). Os resultados dos níveis de expressão gênica e do conteúdo de gordura intramuscular foram submetidos a análises estatísticas, utilizando um modelo contendo os efeitos de grupo genético, sexo e idade dos animais. Não houve efeito significativo de grupo genético e sexo nos níveis de expressão dos genes FABP3 e FABP4. Foi verificado efeito significativo de idade, a 1 e 5% de probabilidade, respectivamente, sobre a expressão dos genes FABP3 e FABP4 em suínos comerciais, tendo a média obtida ao nascimento diferido significativamente das demais. Houve efeito significativo de sexo e idade sobre o conteúdo de gordura intramuscular do músculo Longissimus dorsi, mas não do músculo Semimembranosus, de suínos comerciais. Contrariando as expectativas, não foi verificada diferença significativa entre suínos nativos e comerciais quanto ao teor de gordura intramuscular. Em ambos os grupos genéticos foi encontrada correlação significativa entre os genes FABP3 e FABP4, mas as correlações obtidas entre esses genes e o conteúdo de gordura intramuscular não foram significativas. Esses resultados evidenciaram que: 1) o período imediatamente após o nascimento foi determinante na expressão dos genes FABP3 e FABP4 nas populações estudadas; e 2) os genes FABP3 e FABP4 não apresentam potencial para serem utilizados como marcadores moleculares para deposição de gordura intramuscular nas populações avaliadas, mas, talvez, possam ser usados como preditores de adaptações e, ou, alterações metabólicas dos músculos Longissimus dorsi e Semimembranosus.Item Qualidade das informações de parentesco na avaliação genética de bovinos de corte(Universidade Federal de Viçosa, 2014-07-25) Junqueira, Vinícius Silva; Cardoso, Fernando Flores; http://lattes.cnpq.br/5739317705056424; Silva, Fabyano Fonseca e; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4766260Z2; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://lattes.cnpq.br/4686677580216927; Silva, Marcos Vinicius Gualberto Barbosa da; http://lattes.cnpq.br/6353954532527478O objetivo desse estudo foi verificar o reflexo da qualidade das informações de parentesco sobre as estimativas de parâmetros genéticos e acurácias das predições de valor genética Dessa forma, foi avaliada a qualidade dessas informações ao realizar correções no pedigree baseadas em marcadores do tipo SNPs. Os componentes de variância foram estimados sob enforque Bayesiano por amostragem de Gibbs. A avaliação da correta definição de parentesco foi realizada utilizando-se informações de marcadores SNPs de 3.591 indivíduos em uma população constituída de 12.668 animais. Os conflitos mendelianos entre as marcas da progênie e dos pais foram utilizados como critério de avaliação de parentesco. Dessa forma, foram realizadas 460 mudanças no pedigree, dentre os quais 54% possuíam um touro ou vaca identificado. Foi observado que, em média, novos relacionamentos genéticos foram definidos com 75 marcas em conflito, enquanto que a rejeição do parentesco foi realizada com 2.700 marcas. O uso do programa Molecular Coancestry para inferência de parentesco a partir de informações de marcadores moleculares proporcionou a definição de 2.174 novos relacionamentos de meio-irmãos. Foi possível observar que as correções de parentesco proporcionaram aumento da acurácia média dos valores genéticos preditos. O aumento na qualidade das informações de pedigree proporcionou a estimação de herdabilidade de maior magnitude (0,22 i 0,0286), sugerindo a possibilidade de seleção direta para a resistência a carrapatos. Foi utilizada uma estratégia de validação cruzada pelo método K-médias e também de forma aleatória, no qual cinco grupos de treinamento foram formados. Os resultados da validação cruzada indicam que maior qualidade nos relacionamentos do pedigree proporcionam maior valor de acurácia. O peso padronizado aos 205 dias foi utilizado para avaliar a inclusão de informações de filhos de reprodutores múltiplos (RM) e de animais oriundos de biotécnicas da reprodução (TEF). Foram avaliadas três estratégias de inclusão dessas informações: grupos genéticos (GG), método hierárquico bayesiano (HIER) e matriz da média dos numeradores dos coeficientes de parentesco (ANRM). O critério de informação da deviance (DIC) foi utilizado como avaliador da qualidade de ajuste e sugeriu que a estratégia HIER proporcionou melhor ajuste ao considerar as informações de RM. Entretanto, o método ANRM apresentou melhor ajuste ao incluir informações dos animais TEF. A inclusão das informações de animais TEF foi realizada pelo uso da informação da receptora para estimação do efeito genético materno e de ambiente permanente materno. Não foi observada diferença estatística nas estimativas de componentes de variância e de parâmetros genéticos ao considerar informações de animais TEF, porém os valores genéticos preditos apresentaram maior magnitude. As correlações de Spearman entre os valores genéticos foram de elevadas magnitudes para os animais fundadores, animais com certeza no parentesco e para os fiIhos de RM. Entretanto, o uso das informações dos animais TEF modificou de forma significativa as predições dos valores genéticos. O uso de metodologias adequadas para incluir a informação de animais com incerteza de paternidade e animais oriundos de transferência de embriões e fertilização in vitro proporcionam a predição de valores genéticos mais acurados e auxiliam em maiores taxas de ganho genético.Item Seleção para características de leite e corte em animais da raça Guzerá nos rebanhos de duplo propósito(Universidade Federal de Viçosa, 2014-01-30) Canda, Rabia António; Peixoto, Maria Gabriela Campolina Diniz; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4793937D4; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://lattes.cnpq.br/9720217115158407; Bruneli, Frank Angelo Tomita; http://lattes.cnpq.br/6776303407324686Utilizaram-se neste estudo os fenótipos e as estimativas de diferença esperada na progênie (DEP) para as características produtivas de leite e carne em bovinos da raça Guzerá provenientes das avaliações genéticas da raça realizadas pelo Programa Nacional de Melhoramento do Guzerá para Leite (PNMGuL) e pela Associação Brasileira dos Criadores de Zebu (ABCZ), respectivamente. O fenótipo e as DEP para produção de leite, gordura e proteínas foram estimados a partir de 7.636 lactações aos 305 dias de 4.924 vacas e, para peso à desmama (205 dias), ao ano (365 dias) e ao sobreano (550 dias), foram estimados a partir de 172,764 registros ponderais. As análises foram realizadas por meio do MTDFREML, utilizando-se o modelo animal. Os modelos de análise incluíam, para as características de leite, os efeitos fixos de rebanho, ano de parto, época de parto, grau de sangue e idade da vaca ao parto; e, como efeitos aleatórios, além do erro, foram considerados o efeito de animal (vaca, mãe e pai) e o efeito de meio permanente. As avaliações genéticas para as produções de gordura e proteína foram realizadas em análises bicaracterísticas, usando a produção de leite como segunda característica. Para as características de corte, incluíram-se os efeitos genéticos aditivo direto, aditivo materno e de ambiente permanente e os efeitos fixos de grupo contemporâneo e de idade da vaca. Consideraram-se ainda, como covariáveis, a idade do animal na data da medida e o seu grau de sangue. Para os estudos de tendência fenotípica e genética, foram utilizados os procedimentos MEANS e REG, disponíveis no pacote computacional SAS®. Para a obtenção das tendências, foram estimadas as médias fenotípicas e das DEP, de acordo com o ano de nascimento. Para a tendência fenotípica das características de produção de leite, foram analisadas as médias calculadas referentes ao período de 1994 a 2009 e, para as características de peso, de 1993 a 2009. Para as médias de DEP para características de leite e corte, o período de análise foi de 2000 a 2009. Na estimativa das correlações entre as características produtivas de corte e de leite, foram utilizados os valores das DEP em análises bicaracterísticas, por meio da correlação linear simples de Pearson, utilizando-se o procedimento CORR do pacote estatístico SAS®. O coeficiente de regressão da produção de leite foi 24,3 kg/ano para o fenótipo e 5,2 kg/ano para a DEP; para a produção de gordura, foi -2,3 kg/ano para o fenótipo e 0,2 kg/ano para a DEP; e, para a proteína, o coeficiente para o fenótipo foi de 1,1 kg/ano e 0,1 kg/ano para a DEP. Para o peso à desmama, o coeficiente para o fenótipo foi de 2 kg/ano e 0,6 kg/ano para a DEP; para o peso ao ano e ao sobreano, os coeficientes para o fenótipo foram 6,3 kg/ano e 8,3 kg/ano, respectivamente; e, para a DEP aos 450 dias, foi de 1,3 kg/ano. Embora abaixo do potencial, as alterações genéticas têm levado a mudanças nas médias fenotípicas. De modo geral, as correlações entre DEP se mostraram positivas, com valores de baixos a moderados, diferenciando-se entre fêmeas e machos, uma vez que os valores obtidos para os machos foram superiores aos das fêmeas. Essas correlações provavelmente são um indicativo de que a seleção simultânea para ambas as características não implicaria prejuízos a nenhuma das características separadamente. Cautela, porém, deve-se ter ao se tirar conclusões acerca dessas correlações, pois foram acessadas a partir das DEP, e não das características.