Variabilidade genética de isolados de badnavírus infectando inhame (Dioscorea spp.) no Nordeste do Brasil

Abstract

Viroses causadas por vírus do gênero Badnavirus são responsáveis por grandes prejuízos à cultura do inhame no Nordeste brasileiro. O conhecimento da variabilidade destes patógenos pode fornecer informações importantes sobre seu potencial evolutivo, permitindo a elaboração de melhores estratégias de manejo da doença. A análise de 425 amostras foliares de inhame coletadas em três estados do Nordeste brasileiro, em 2010, revelou uma alta incidência (93,3%) de badnaviroses. Para avaliar a variabilidade genética dos badnavírus infectando inhame, um fragmento de 579 nucleotídeos correspondente à região codificante da transcriptase reversa (RT)/RNaseH dos isolados amostrados foi amplificada por PCR e sequenciada. A análise filogenética das sequências de nucleotídeos revelou que os isolados dividem-se em dois grupos. Um é altamente relacionado com Dioscorea bacilliform AL virus (DBALV), enquanto o outro forma um clado altamente divergente dentro do gênero Badnavirus. Os isolados de DBALV apresentam 70-98% de identidade nucleotídica entre si e foram detectados em todas as áreas avaliadas e em D. alata e D. cayennensis, as duas espécies de inhame mais cultivadas no Nordeste. Os isolados do outro grupo compartilham 47-58% de identidade com isolados de DBALV e 78-95% entre si e foram encontrados apenas em D. alata na Paraíba.Diseases caused by viruses of the genus Badnavirus are responsible for great losses in yam crops in northeastern Brazil. Knowledge of pathogen variability can provide important information about its evolutionary potential and may allow for development of better strategies for disease management. The analysis of 425 leaf samples of yam obtained in 2010 in three states of northeastern Brazil revealed a high incidence (93.3%) of badnaviruses. To evaluate the variability of yam-infecting badnaviruses, a 579-nucleotide fragment corresponding to the reverse transcriptase (RT)/RNaseH coding region was PCR-amplified and directly sequenced. Phylogenetic analysis of nucleotide sequences revealed that the isolates can be divided into two groups. The first group is highly related to Dioscorea bacilliform AL virus (DBALV), while the other set of sequences formed a highly divergent clade within the genus Badnavirus. The DBALV isolates have 70-98% nucleotide sequence identity with each other. DBALV was detected in all areas assessed and in the two most cultivated species of yam in the northeast (D. alata and D. cayanensis). The other group shares 47-58% nucleotide sequence identity with the DBALV isolates and 78-95% amongst themselves, and was found only in D. alata in the state of Paraíba.