Ciências Agrárias
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Item Estudo de associação genômica e análise de redes gênicas para resistência de soja à Phytophthora sojae(Universidade Federal de Viçosa, 2019-07-26) Lüdke, Willian Hytalo; Silva, Felipe Lopes da; http://lattes.cnpq.br/7934981763191273A soja [Glycine Max (L.) Merrill] é considerada uma das cinco mais importantes culturas na produção de alimentos no mundo e no Brasil ocupa do posto de principal commoditie agrícola, ocupando mais da metade da área agricultável do país. Um dos fatores mais impactantes na produção de soja é a incidência de doenças, entre estas, a podridão radicular de fitóftora. O objetivo deste estudo foi identificar marcadores SNPs associados à resistência completa de soja à P. sojae; identificar genes localizados próximos a marcadores candidatos a resistência parcial e completa a doença e realizar uma análise post GWAS através da montagem de uma rede gene – fator de transcrição. Um total de 169 cultivares de soja foram inoculadas com Phytophthora sojae através de duas diferentes metodologias e genotipadas com 3.807 marcadores SNPs. As análises realizadas neste estudo foram as de GWAS foi realizada por modelos lineares mistos comprimidos, regressão linear múltipla de stepwise, análise de desequilíbrio de ligação, identificação de genes candidatos, análise de sequências regulatórias, análise de enriquecimento de processos biológicos e montagem de rede gene – fator de transcrição. Foram identificados um total de seis marcadores candidatos associados a resistência completa, 31 genes candidatos relacionados a resistência parcial e completa, 279 processos biológicos e centenas de fatores de transcrição. O uso destes marcadores, genes, interações genes – fatores de transcrição permitem uma compreensão mais ampla dos mecanismos relacionados a resistência de soja à P. sojae e surgem como ferramenta para aumentar a eficiência dos programas de melhoramento no desenvolvimento de variedades de soja resistentes a P. sojae. Palavras-chave: Soja, Glycine max (L.) Merrill. Podridão Radicular de Fitóftora. SNP. GWAS. Desequilíbrio de Ligação. Fatores de Transcrição. Redes Gênicas. Seleção Assistida por Marcadores Moleculares.Item Associação genônica para resistência parcial de soja à Phytophthora sojae(Universidade Federal de Viçosa, 2015-08-10) Lüdke, Willian Hytalo; Silva, Felipe Lopes daA podridão radicular de fitóftora (PRF) é uma das doenças mais agressivas para a cultura da soja, causando danos que podem levar a morte das plantas. O uso de cultivares resistentes é a principal estratégia para redução das perdas causadas por Phytophthora sojae. Por este motivo, estudos de identificação de genes e QTLs (Quantitative Trait Loci) associados à resistência parcial à PRF e associação de marcadores moleculares ligados à estes são de extrema importância. Neste trabalho foi realizada a genotipagem ampla de 68 cultivares de soja utilizando 5353 marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphism), objetivando encontrar marcadores associados a resistência parcial de soja à Phytophthora sojae através de metodologias de genética de associação. Como resultado, neste trabalho foram localizados via metodologia de modelos lineares mistos (MLM) 23 marcadores candidatos associados à resistência parcial à PRF, dispostos em 9 cromossomos e, dentre estes marcadores, destacou-se o Gm16_29528259_T_C, por ser o com maior valor de associação (-log10(p)=2,9175) e os marcadores Gm05_8656389_T_C e Gm05_8695812_A_G, que apresentaram os maiores valores de r3 (0,18769), explicando, individualmente, 18,769% da variação fenotípica. Via metodologia de stepwise foram localizados 5 marcadores candidatos associados à resistência parcial à PRF (Gm10_37469103_C_A, Gm07_5417760_T_C, Gm11_37106045_C_T, Gm09_41620640_G_T e Gm09_45586982_T_C), dispostos em 4 cromossomos. Estes marcadores juntos obtiveram alto valor de r2 (0,6884), explicando 68,84% da variação fenotípica. Os marcadores SNPs associados à resistência parcial à podridão radicular de fitóftora estão distribuídos em dez grupos de ligação, sendo que, os grupos O, M, B1, A1 e A2, ainda não foram descritos como portadores de regiões controladoras da resistência. Os marcadores candidatos associados à resistência parcial à PRF localizados neste trabalho, após devidamente validados, podem ser utilizados para estabelecer um eficiente programa de seleção assistida por marcadores moleculares para resistência parcial de soja à PRF.