Artigos
URI permanente para esta coleçãohttps://locus.ufv.br/handle/123456789/11796
Navegar
12 resultados
Resultados da Pesquisa
Item New insights into genomic selection through population-based non-parametric prediction methods(Scientia Agricola, 2019-07) Lima, Leísa Pires; Azevedo, Camila Ferreira; Resende, Marcos Deon Vilela de; Silva, Fabyano Fonseca e; Suela, Matheus Massariol; Nascimento, Moysés; Viana, José Marcelo SorianoGenome-wide selection (GWS) is based on a large number of markers widely distributed throughout the genome. Genome-wide selection provides for the estimation of the effect of each molecular marker on the phenotype, thereby allowing for the capture of all genes affecting the quantitative traits of interest. The main statistical tools applied to GWS are based on random regression or dimensionality reduction methods. In this study a new non-parametric method, called Delta-p was proposed, which was then compared to the Genomic Best Linear Unbiased Predictor (G-BLUP) method. Furthermore, a new selection index combining the genetic values obtained by the G-BLUP and Delta-p, named Delta-p/G-BLUP methods, was proposed. The efficiency of the proposed methods was evaluated through both simulation and real studies. The simulated data consisted of eight scenarios comprising a combination of two levels of heritability, two genetic architectures and two dominance status (absence and complete dominance). Each scenario was simulated ten times. All methods were applied to a real dataset of Asian rice (Oryza sativa) aiming to increase the efficiency of a current breeding program. The methods were compared as regards accuracy of prediction (simulation data) or predictive ability (real dataset), bias and recovery of the true genomic heritability. The results indicated that the proposed Delta-p/G-BLUP index outperformed the other methods in both prediction accuracy and predictive ability.Item Triple categorical regression for genomic selection: application to cassava breeding(Scientia Agricola, 2019-09) Lima, Leísa Pires; Azevedo, Camila Ferreira; Resende, Marcos Deon Vilela de; Silva, Fabyano Fonseca e; Viana, José Marcelo Soriano; Oliveira, Eder Jorge deGenome-wide selection (GWS) is currently a technique of great importance in plant breeding, since it improves efficiency of genetic evaluations by increasing genetic gains. The process is based on genomic estimated breeding values (GEBVs) obtained through phenotypic and dense marker genomic information. In this context, GEBVs of N individuals are calculated through appropriate models, which estimate the effect of each marker on phenotypes, allowing the early identification of genetically superior individuals. However, GWS leads to statistical challenges, due to high dimensionality and multicollinearity problems. These challenges require the use of statistical methods to approach the regularization of the estimation process. Therefore, we aimed to propose a method denominated as triple categorical regression (TCR) and compare it with the genomic best linear unbiased predictor (G-BLUP) and Bayesian least absolute shrinkage and selection operator (BLASSO) methods that have been widely applied to GWS. The methods were evaluated in simulated populations considering four different scenarios. Additionally, a modification of the G-BLUP method was proposed based on the TCR-estimated (TCR/G-BLUP) results. All methods were applied to real data of cassava (Manihot esculenta) with to increase efficiency of a current breeding program. The methods were compared through independent validation and efficiency measures, such as prediction accuracy, bias, and recovered genomic heritability. The TCR method was suitable to estimate variance components and heritability, and the TCR/G-BLUP method provided efficient GEBV predictions. Thus, the proposed methods provide new insights for GWS.Item Regressão aleatória Bayesiana para avaliação genética da resistência ao mal das folhas em seringueiras(Revista Ciência Agronômica, 2017-01) Sandoval, Victor Javier Cevallos; Silva, Fabyano Fonseca; Resende, Marcos Deon Vilela de; Macedo, Leandro Roberto de; Cecon, Paulo RobertoO mal das folhas causado pelo fungo Microcyclus ulei é a doença mais séria dos seringais da América Latina. Com o objetivo de identificar clones de seringueira mais resistentes em diferentes ambientes ao longo do tempo, compararam-se diferentes modelos de regressão aleatória (MRA) ajustados via abordagem Bayesiana. Oito clones foram testados em campos clonais no delineamento em blocos completos casualizados com quatro repetições, utilizando-se 80 árvores por parcela. As duas fileiras centrais foram avaliadas a cada dois meses em relação às variáveis severidade (SEV) e índice de estroma em folha adulta (EFA). Foram incluídas como covariáveis nos modelos a circunferência do tronco e as variáveis climáticas de cada campo clonal. Os MRA foram comparados por meio do critério DIC (Deviance Information Criterion). O modelo M2 (que assumiu os efeitos aleatórios quadrático para clone e linear para planta) foi o melhor (menor valor de DIC) para descrever SEV e EFA em todas as localidades consideradas. Tal modelo permitiu inferir que os clones FDR 5788, CDC312 e CDC56 apresentaram maior resistência, enquanto o clone FX 3864 foi o que apresentou a maior suscetibilidade, em todas as localidades consideradas.Item Effective population size and genetic gain expected in a population of Coffea canephora(Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2019-03) Resende, Marcos Deon Vilela de; Mistro, Júlio César; Fazuoli, Luiz Carlos; Vencovsky, RolandThis work aimed to study the effective population size and genetic gain in a population of robusta coffee (Coffea canephora Pierre) and verify the possibility of using recurrent selection. The experiment comprised 25 treatments, consisting of 21 C. canephora progenies and four C. arabica (cultivars) grown in Brazil. The experimental design was a 5x5 quadruple balanced lattice, with 24 replications, with one plant per plot. Six harvests were performed in each plant. Statistical analysis was carried out using the mixed model methodology. The analysis showed high additive genetic variability, and the magnitude of the additive components prevailed over that of the dominance components. These facts revealed the plant population liability to undergo recurrent selection, whose expected genetic gains were high. Results suggest that the effective population size and inbreeding degree throughout recurrent selection cycles be monitored. During selective cycles, cloning with weak selection is required due to few progenies.Item Variabilidade genética para caracteres morfométricos de matrizes de castanha-do-brasil da Amazônia Mato-grossense(Acta Amazonica, 2010-12) Resende, Marcos Deon Vilela de; Camargo, Flora Ferreira; Costa, Reginaldo Brito da; Roa, Raul Alffonso Rodrigues; Rodrigues, Natasha Brianez; Santos, Leonardo Vivaldini dos; Freitas, Ana Carla Almeida deO presente estudo objetivou estudar a variabilidade genética de matrizes de Bertholletia excelsa através da estimação de parâmetros e ganhos genéticos para os caracteres peso/ouriço (g), peso de sementes/ouriço (g) e número de sementes/ouriço no pré-melhoramento da espécie. Foram utilizadas 90 matrizes de polinização aberta, sendo 30 matrizes de cada tipo, denominadas localmente de rajada, mirim e rosa, no município de Cotriguaçu, noroeste de Mato Grosso, região amazônica. O experimento foi estabelecido sob delineamento inteiramente ao acaso, com 90 tratamentos (matrizes) e seis ouriços por matriz, com suas respectivas sementes. As variáveis foram analisadas usando-se a metodologia de modelo linear misto do software SELEGEN-REML/BLUP. Os coeficientes de herdabilidades individuais no sentido amplo dos efeitos genotípicos totais (0,21, 0,14 e 0,34) para os caracteres peso/ouriço (g), peso de sementes/ouriço (g) e número de sementes/ouriço, respectivamente, são considerados moderados para os dois primeiros caracteres e alto para o caráter número de sementes/ouriço, sugerindo expressivo controle genético. A seleção das 10 melhores matrizes revelou predominância da procedência do tipo rosa, proporcionando ganhos genéticos expressivos de pelo menos 24,16% para peso/ouriço (g), 27,44% para peso de sementes/ouriço e 16,92% para o caráter número de sementes por ouriço. Os valores expressivos das matrizes do tipo rosa estimulam a utilização desses germoplasmas em programas de melhoramento genético da espécie, na seqüência das avaliações, bem como apontando para a possibilidade de obtenção de híbridos intraespecíficos para caracteres desejáveis.Item GenomicLand: Software for genome-wide association studies and genomic prediction(Acta Scientiarum. Agronomy, 2019) Nascimento, Moysés; Fontes, Vitor Cunha; Silva, Fabyano Fonseca e; Resende, Marcos Deon Vilela de; Cruz, Cosme DamiãoGenomicLand is free software intended for prediction and genomic association studies based on the R software. This computational tool has an intuitive interface and supports large genomic databases, without requiring the user to use the command line. GenomicLand is available in English, can be downloaded from the Internet (https://licaeufv.wordpress.com/), and requires the Windows or Linux operating system. The software includes statistical procedures based on mixed models, Bayesian inference, dimensionality reduction and artificial intelligence. Examples of data files that can be processed by GenomicLand are available. The examples are useful to learn about the operation of the modules and statistical procedures.Item Variabilidade genética para caracteres morfométricos de matrizes de castanha-do-brasil da Amazônia Mato-grossense(Acta Amazonica, 2010-12) Camargo, Flora Ferreira; Costa, Reginaldo Brito da; Resende, Marcos Deon Vilela de; Roa, Raul Alffonso Rodrigues; Rodrigues, Natasha Brianez; Santos, Leonardo Vivaldini dos; Freitas, Ana Carla Almeida deO presente estudo objetivou estudar a variabilidade genética de matrizes de Bertholletia excelsa através da estimação de parâmetros e ganhos genéticos para os caracteres peso/ouriço (g), peso de sementes/ouriço (g) e número de sementes/ouriço no pré-melhoramento da espécie. Foram utilizadas 90 matrizes de polinização aberta, sendo 30 matrizes de cada tipo, denominadas localmente de rajada, mirim e rosa, no município de Cotriguaçu, noroeste de Mato Grosso, região amazônica. O experimento foi estabelecido sob delineamento inteiramente ao acaso, com 90 tratamentos (matrizes) e seis ouriços por matriz, com suas respectivas sementes. As variáveis foram analisadas usando-se a metodologia de modelo linear misto do software SELEGEN-REML/BLUP. Os coeficientes de herdabilidades individuais no sentido amplo dos efeitos genotípicos totais (0,21, 0,14 e 0,34) para os caracteres peso/ouriço (g), peso de sementes/ouriço (g) e número de sementes/ouriço, respectivamente, são considerados moderados para os dois primeiros caracteres e alto para o caráter número de sementes/ouriço, sugerindo expressivo controle genético. A seleção das 10 melhores matrizes revelou predominância da procedência do tipo rosa, proporcionando ganhos genéticos expressivos de pelo menos 24,16% para peso/ouriço (g), 27,44% para peso de sementes/ouriço e 16,92% para o caráter número de sementes por ouriço. Os valores expressivos das matrizes do tipo rosa estimulam a utilização desses germoplasmas em programas de melhoramento genético da espécie, na seqüência das avaliações, bem como apontando para a possibilidade de obtenção de híbridos intraespecíficos para caracteres desejáveis.Item Multiple-trait BLUP in longitudinal data analysis on Jatropha curcas breeding for bioenergy(Industrial Crops and Products, 2019-04) Alves, Rodrigo Silva; Teodoro, Paulo Eduardo; Peixoto, Leonardo de Azevedo; Silva, Lidiane Aparecida; Laviola, Bruno Galveas; Resende, Marcos Deon Vilela de; Bhering, Leonardo Lopes; Rocha, João Romero do Amaral Santos de CarvalhoDespite being a species with great potential for biodiesel production, little research has been done on the breeding of Jatropha curcas, mainly with respect to its yield across harvests. Thus, the present study was carried out to analyze longitudinal data via multiple-trait Best Linear Unbiased Prediction (BLUP) for the genetic improvement of Jatropha curcas. The experiment was set up as a randomized block design with two blocks and five plants per plot. The seed yield of 730 individuals of 73 half-sib families was evaluated over six years. Variance components and genetic parameters were estimated via Restricted Maximum Likelihood (REML). The Additive Index was used for ranking and selection purposes. Genetic correlations of low to moderate magnitude were observed between pairs of harvests. The Multiple-trait BLUP / Additive Index procedure allowed for the selection of superior families based on the predicted genetic values, considering all the harvests. Therefore, it can be efficiently applied in the breeding of Jatropha curcas.Item Mapeamento de QTL para características de crescimento de suínos por meio de modelos de regressão aleatória(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2013-01-29) Pinheiro, Valeria Rosado; Silva, Fabyano Fonseca e; Guimarães, Simone Eliza Facioni; Resende, Marcos Deon Vilela de; Lopes, Paulo Sávio; Cruz, Cosme Damião; Azevedo, Camila FerreiraO objetivo deste trabalho foi avaliar eficiência de modelos de regressão aleatória (MRA) para detectar locus de características quantitativas (QTL) para características de crescimento, em suínos. Utilizou-se uma população divergente F2 Piau x Comercial. A eficiência da metodologia proposta na detecção de QTL foi comparada à da metodologia tradicional de regressão por intervalo de mapeamento. Para tanto, utilizaram-se MRA com efeitos aleatórios poligênicos, de ambiente permanente e de QTL, tendo-se utilizado o enfoque de matriz de covariância "identical‑by‑descent" associada aos efeitos de QTL. Testou-se a significância dos efeitos de QTL mediante a razão de verossimilhanças, tendo-se considerado o modelo como completo quando houve efeito de QTL, ou nulo, quando não. A comparação entre os modelos foi feita nas posições dos marcadores (seis marcadores microssatélites) e nas intermediárias, entre os marcadores. O MRA detectou QTL significativo na posição 65 cM do cromossomo 7 e, portanto, foi mais eficiente que a metodologia tradicional, que não detectou QTL significativo em nenhum dos fenótipos avaliados. A metodologia proposta possibilitou a detecção de QTL com efeito sobre toda a trajetória de crescimento, dentro da amplitude de idade considerada (do nascimento aos 150 dias).Item Regressão via componentes independentes aplicada à seleção genômica para características de carcaça em suínos(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2013-05-06) Azevedo, Camila Ferreira; Silva, Fabyano Fonseca e; Lopes, Paulo Sávio; Guimarães, Simone Eliza Facioni; Resende, Marcos Deon Vilela deO objetivo deste trabalho foi avaliar a eficiência do método de regressão via componentes independentes (ICR) na estimação de valores genéticos genômicos e dos efeitos de marcadores SNP para características de carcaça de uma população F2 de suínos (Piau x linhagem comercial). Os métodos foram avaliados por meio da concordância entre os valores genéticos preditos e os fenótipos corrigidos, observados por validação cruzada, e também foram comparados com outros métodos geralmente utilizados para os mesmos propósitos, tais como RR-BLUP, PCR e PLS. Os métodos ICR e PCR apresentam resultados similares, mas o método ICR apresenta maiores valores de acurácia.