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Item Abordagem bayesiana para avaliação da adaptabilidade e estabilidade de genótipos de Alfafa(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2010-12-14) Nascimento, Moysés; Silva, Fabyano Fonseca e; Sáfadi, Thelma; Nascimento, Ana Carolina Campana; Ferreira, Reinaldo de Paula; Cruz, Cosme DamiãoO objetivo deste trabalho foi propor uma abordagem bayesiana do método de Eberhart & Russell para avaliar a adaptabilidade e da estabilidade fenotípica de genótipos de alfafa (Medicago sativa), bem como avaliar a eficiência da utilização de distribuições a priori informativas e pouco informativas. Foram utilizados dados de um experimento em blocos ao acaso, no qual se avaliou a produção de massa de matéria seca de 92 genótipos. A metodologia bayesiana proposta foi implementada no programa livre R por meio da função MCMCregress do pacote MCMCpack. Para representar as distribuições a priori pouco informativas, utilizaram-se distribuições de probabilidade com grande variância; e, para representar distribuições a priori informativas, adotou-se o conceito de meta-análise, que se caracteriza pela utilização de informações provenientes de trabalhos anteriores. A comparação entre as distribuições a priori foi realizada por meio do fator de Bayes, com a função BayesFactor do pacote MCMCpack, que indicou a priori informativa como a mais adequada nas condições deste estudo.Item Adaptability and stability assessment of bean cultivars of the carioca commercial group by a Bayesian approach(Acta Scientiarum. Agronomy, 2018-07) Nascimento, Moysés; Euzebio, Milena Pierotti; Fonseca, Inês Cristina de Batista; Fonseca Júnior, Nelson da Silva; Giordani, Willian; Gonçalves, Leandro Simões AzeredoTo develop new bean commercial cultivars, a series of experiments called Value for Cultivation and Use (VCU) assays are necessary. Bayesian analysis using information on prior VCU trials is an alternative to obtain greater precision during genotype selection. The objective of the present work was to select, under a Bayesian perspective, genotypes of the carioca bean from the state of Paraná that combine high adaptability and phenotypic stability, using information from previous VCU assays. This study used data from six experiments conducted in a randomized block design, in which the grain yield of 18 genotypes was assayed. To represent weakly informative prior distributions, the study used probability distributions with high variance; to represent informative prior distributions, it adopted the meta-analysis concept used in prior VCU assays (2007/2008, 2008/2009, 2009/2010, 2010/2011, 2011/2012, 2012/2013, and 2013/2014). Bayesian inference provided greater precision in selecting carioca bean genotypes with high adaptability and phenotypical stability through the Eberhart and Russell method. The Bayes factor indicated that the use of a priori information gives more accurate results for genotype selection. According to the study, most genotypes are widely adaptable based on informative priors, except for the Bola Cheia cultivar, which has specific adaptability to favorable environments.Item An alternative method for assessing the equivalence among treatments in survival analysis(Ciência Rural, 2013-07-01) Peternelli, Luiz Alexandre; Tomaz, Flávia Sílvia Corrêa; Bernardes, Diego Paiva; Silva, Gilson Fernandes da; Lacerda, Fabricia GonçalvesThis work aims to evaluate the use of parametric models instead of a nonparametric procedure to adjust survival curves related to different treatments, and to verify the equivalence among treatments by the multivariate method of cluster analysis. The dataset used to validate the method was obtained from a laboratory experiment with cutting ants. Eight colonies of cutting ants were used, each one receiving different treatments. The exponential, Weibull, log-normal, and logistic models were adjusted for each treatment, along with the usual Kaplan-Meier adjustment. The logistic model used was the best option for evaluating the survival of the ants. Therefore, this model was adjusted for each treatment. The estimates of the parameters of each adjusted model were clustered using Ward's method of multivariate technique of cluster analysis. Finally, heuristic techniques for choosing the number of clusters were applied in order to define the sets of equivalent treatments. For the dataset used, the proposed method was less laborious and as efficient as the logrank for the comparison of many survival curves.Item Ambulatory esophageal pHmetry in healthy dogs with and without the influence of general anesthesia(Veterinary Research Communications, 2011-04-02) Favarato, Evandro Silva; Souza, Maria Verônica de; Costa, Paulo Renato dos Santos; Pompermayer, Luiz Gonzaga; Favarato, Lukiya Silva Campos; Ribeiro Júnior, José IvoThis research aimed to determine the value of esophageal pH in awake and anesthetized dogs, to evaluate the esophageal pH value in awake dogs, in different body positions, as well as to study the occurrence of gastroesophageal reflux episodes in these positions. Thus, 40 healthy male and female adult dogs with mean body weight of 15.5 ± 4.6 kg were used. Esophageal pHmetry was conducted by inserting a catheter through the oropharynx in 30 dogs (stage 1) anesthetized with acepromazine, propofol and isoflurane, submitted to elective ovariosalpingohysterectomy. In addition, 8-h esophageal pHmetry was carried out transnasally in 10 awake dogs (stage 2), allowed to move and change body positions (lateral and sternal decubitus, and standing position), which were recorded. The mean esophageal pH value was lower (p < 0.01) in the anesthetized dogs (7.3 ± 0.82) than in the awake dogs (8.2 ± 0.3). Only four anesthetized dogs (13.33%) suffered reflux episodes. Reflux was not observed in the awake dogs and no esophageal pH differences were found between the body positions studied. Compared to the alert state, general anesthesia in dogs submitted to the previously mentioned anesthesia protocol causes esophageal pH reduction and predisposes to the occurrence of gastroesophageal reflux episodes. Transnasal pHmetry of 8 h in healthy awake dogs reveals that the esophageal pH value is alkaline and does not vary according to body position. In these animals, decubitus position is not a determining factor for reflux episodes to occur.Item Análise de agrupamento na seleção de modelos de regressão não-lineares para curvas de crescimento de ovinos cruzados(Ciência Rural, 2016-04) Silveira, Fernanda Gomes da; Silva, Fabyano Fonseca e; Carneiro, Paulo Luiz Souza; Malhado, Carlos Henrique Mendes; Muniz, Joel AugustoEste estudo teve como objetivo utilizar a análise de agrupamento para classificar modelos de regressão não-lineares usados para descrever a curva de crescimento de ovinos cruzados, tendo em vista os resultados de diferentes avaliadores de qualidade de ajuste. Para tanto, utilizaram-se dados de peso- idade dos seguintes cruzamentos entre raças de ovinos de corte: Dorper x Morada Nova, Dorper x Rabo Largo e Dorper x Santa Inês. Após a indicação do melhor modelo, objetivou-se ainda aplicar a técnica de identidade de modelos a fim de identificar o cruzamento mais produtivo. Foram ajustados doze modelos não-lineares, cuja qualidade de ajuste foi medida pelo coeficiente de determinação ajustado, critérios de informação de Akaike e Bayesiano, erro quadrático médio de predição e coeficiente de determinação de predição. A análise de agrupamento indicou o modelo Richards como o mais adequado para descrever as curvas de crescimento dos três grupos genéticos considerados, e os testes de identidade de modelos indicaram o cruzamento Dorper x Santa Inês como sendo o mais indicado para a pecuária local.Item Análise de trilha usando valores fenotípicos e genotípicos para componentes do rendimento na seleção de famílias de cana-de-açúcar(Ciência Rural, 2012-01) EspósitoI, Deiciana Pagano; Peternelli, Luiz Alexandre; Paula, Thiago Otávio Mendes de; Barbosa, Márcio Henrique PereiraO objetivo deste trabalho foi investigar o uso de valores fenotípicos e genotípicos na análise de trilha envolvendo características agronômicas em cana-de-açúcar, nos estágios de cana-planta e cana-soca. Sob esses dois enfoques, foram computados os efeitos diretos e indiretos dos componentes de produção – número de colmos por parcela, diâmetro médio de colmos e altura média de colmos – sobre a produtividade de colmos por hectare. Para garantir uma melhor consistência nos resultados, os dados foram obtidos em dois experimentos, no delineamento em blocos casualizados com cinco repetições. Os experimentos foram alocados no Centro de Experimentação em cana-de-açúcar da UFV, em Oratórios, MG, Brasil. Cada experimento foi constituído de 22 famílias de irmãos completos de cana-de-açúcar. Os coeficientes de determinação foram elevados em todas as análises de trilha, indicando que os componentes avaliados explicam grande parte da variação existente na produção de colmos. Praticamente não houve diferença de interpretações e conclusões entre as análises baseadas nas matrizes de correlações fenotípicas ou genotípicas. Pela análise dos efeitos diretos fenotípicos e genotípicos, o número de colmos foi o caractere que melhor se correlacionou com toneladas de cana por hectare, em ambos os experimentos e estágios. Isso demonstra a possibilidade de obtenção de ganhos significativos por meio da seleção indireta para toneladas de cana por hectare via número de colmos. Houve variação em relação às estimativas de correlação na comparação entre os experimentos, o que provavelmente se deve à origem diferenciada das famílias avaliadas em cada experimento.Item Análise do padrão espacial da mortalidade infantil utilizando geoestatística(Revista UNIVAP, 2012-03) Scalon, João Domingos; Jardim, Simone Soares Lima; Santos, Gérson Rodrigues; Nogueira, Denismar AlvesA mortalidade infantil é considerada um importante indicador da situação de bem-estar social de uma população. Este artigo teve como objetivo analisar a distribuição espacial da mortalidade infantil, utilizando as técnicas de geoestatística clássica e geoestatística baseada em modelos. Foram utilizados dados de contagem de mortes infantis, por setor censitário, do município de Alfenas, MG, no período de 2000 a 2004. O critério de Akaike permitiu selecionar a geoestatística baseada em modelos como a metodologia mais adequada. A metodologia selecionada permitiu construir um mapa de predição da mortalidade infantil. Os resultados demonstraram que a geoestatística baseada em modelos é uma metodologia poderosa para a análise da distribuição espacial da mortalidade infantil.Item Análise dos coeficientes de endogamia e de parentesco para qualquer nível de ploidia usando o pacote estatístico R(Bragantia, 2009-05-14) Peternelli, Luiz Alexandre; Ferreira, Fábio Medeiros; Rocha, Rodrigo Barros; Barros, Willian Silva; Barbosa, Márcio Henrique PereiraSão poucos os softwares disponíveis para a análise de parentesco e, até a presente data, nenhum pode realizar a análise de parentesco para organismos poliplóides, com número par (2k) de cromossomos. Implementou-se junto ao programa R uma rotina capaz de executar a análise de parentesco para qualquer nível 2k de ploidia, número de indivíduos (ou populações) e número de gerações envolvidas na árvore genealógica. A função principal, calc.rxy() calcula o coeficiente de endogamia (FX) de cada indivíduo; coeficientes de parentesco (rXY) entre dois indivíduos quaisquer; e coeficiente de parentesco médio, variância, mínimo e máximo, para cada indivíduo. Ela pode mostrar a matriz completa de parentesco ou uma submatriz pré-definida de indivíduos selecionados. Adicionalmente, foram incluidas funções que servem para identificar erros de redundância dos dados originais (checar.nomes()) e para identificar os pares de indivíduos com rXY superior a certo limite especificado pelo pesquisador (corte.rxy()). Essas funções podem ser usadas na análise de pedigrees com um número elevado de indivíduos e poderão ser utilizadas pela comunidade científica livremente, sem restrições à plataforma operacional utilizada. Destaca-se a vantagem em se poder trabalhar com qualquer nível 2k de ploidia, mesmo quando existe a possibilidade de certo indivíduo ser oriundo de autofecundação, aspecto comum em várias espécies vegetais.Item Aplicação da análise de agrupamento de dados de expressão gênica temporal a dados em painel(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2011-10-02) Nascimento, Moysés; Sáfadi, Thelma; Silva, Fabyano Fonseca eO objetivo deste trabalho foi determinar a melhor alternativa, entre os métodos de agrupamento hierárquico (Ward) e de otimização (Tocher), para a formação de grupos homogêneos de séries de expressão gênica, e realizar previsões quanto à expressão gênica dessas séries, a partir de pequeno número de observações temporais. Os dados utilizados referem-se à expressão de genes que atuam sobre o ciclo celular de Saccharomyces cerevisiae e corresponderam a 114 séries de expressão gênica, cada uma com dez valores de "fold-change" (medida da expressão gênica) ao longo do tempo (0, 15, 30, 45, 60, 75, 90, 105, 120 e 135 min). As estimativas dos parâmetros dos modelos autorregressivos AR(p) foram previamente ajustadas a séries individuais (de cada gene) de dados "microarray time series" e utilizadas, como variáveis, no processo de agrupamento. As previsões da expressão gênica foram feitas dentro de cada grupo formado, a partir dos ajustes no modelo AR(p) para dados em painel. O método de Ward foi o mais apropriado para a formação de grupos de genes com séries homogêneas. Uma vez obtidos esses grupos, é possível ajustar o modelo AR(2) para dados em painel e predizer a expressão gênica em um tempo futuro (135 min), a partir de um pequeno número de observações temporais (os outros nove valores de "fold-change").Item Artificial neural networks and linear discriminant analysis in early selection among sugarcane families(Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2017-10) Peternelli, Luiz Alexandre; Moreira, Édimo Fernando Alves; Nascimento, Moysés; Cruz, Cosme DamiãoOne of the major challenges in sugarcane breeding programs is an efficient selection of genotypes in the initial phase. The purpose of this study was to compare modelling by artificial neural networks (ANN) and linear discriminant analysis (LDA) as alternatives for the selection of promising sugarcane families based on the indirect traits number of sugarcane stalks (NS), stalk diameter (SD) and stalk height (SH). The analysis focused on two models, a full one with all predictors, and a reduced one, from which the variable SH was excluded. To compare and assess the applied methods, the apparent error rate (AER) and true positive rate (TPR) were used, derived from the confusion matrix. Modeling with ANN and LDA can be used successfully for selection among sugarcane families. The reduced model may be preferable, for having a low AER, high TPR and being easier to obtain in operational terms.Item Artificial neural networks compared with Bayesian generalized linear regression for leaf rust resistance prediction in Arabica coffee(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2017-03) Silva, Gabi Nunes; Nascimento, Moysés; Sant’Anna, Isabela de Castro; Cruz, Cosme Damião; Caixeta, Eveline Teixeira; Carneiro, Pedro Crescêncio Souza; Rosado, Renato Domiciano Silva; Pestana, Kátia Nogueira; Almeida, Dênia Pires de; Oliveira, Marciane da SilvaThe objective of this work was to evaluate the use of artificial neural networks in comparison with Bayesian generalized linear regression to predict leaf rust resistance in Arabica coffee (Coffea arabica). This study used 245 individuals of a F2 population derived from the self-fertilization of the F1 H511-1 hybrid, resulting from a crossing between the susceptible cultivar Catuaí Amarelo IAC 64 (UFV 2148-57) and the resistant parent Híbrido de Timor (UFV 443-03). The 245 individuals were genotyped with 137 markers. Artificial neural networks and Bayesian generalized linear regression analyses were performed. The artificial neural networks were able to identify four important markers belonging to linkage groups that have been recently mapped, while the Bayesian generalized model identified only two markers belonging to these groups. Lower prediction error rates (1.60%) were observed for predicting leaf rust resistance in Arabica coffee when artificial neural networks were used instead of Bayesian generalized linear regression (2.4%). The results showed that artificial neural networks are a promising approach for predicting leaf rust resistance in Arabica coffee.Item Associação entre características da parte aérea e do sistema radicular em mudas de guaranazeiro por correlações canônicas(Acta Amazonica, 2012-06) Nascimento Filho, Firmino José do; Atroch, André Luiz; Cecon, Paulo RobertoEste trabalho teve como objetivo quantificar o grau de asociação entre variáveis de parte aérea e de raízes em mudas clonadas de guaranazeiro, utilizando-se correlações canônicas, a fim de aperfeiçoar o procedimento de seleção de mudas para garantir o aumento da porcentagem de sobrevivência das mudas após o plantio. Foram avaliados dois grupos de variáveis em mudas aptas ao plantio definitivo de 36 clones de guaranazeiro. O delineamento usado foi o aleatorizado em blocos com cinco repetições e 10 plantas por parcela, sob condições de viveiro. Os caracteres avaliados foram submetidos à análise de correlações canônicas. Utilizou-se a análise de correlações canônicas. O grupo de variáveis da parte aérea não se mostrou independente do grupo de variáveis do sistema radicular. Através de seleção baseada em variáveis da parte aérea pode-se melhorar o sistema radicular, principalmente através do maior comprimento do ramo (CRA). A seleção de clones de guaraná para maior peso de raiz pode ser efetuada de forma indireta, realizando-se mensurações do comprimento dos ramos, o que evita a necessidade de se destruir as mudas.Item Association between responses obtained using adaptability and stability methods in Alfalfa(Semina: Ciências Agrárias, 2013-09-05) Nascimento, Moysés; Nascimento, Ana Carolina Campana; Cirillo, Marcelo Ângelo; Ferreira, Adésio; Peternelli, Luiz Alexandre; Paula, Reinaldo Ferreira deThis study aimed to evaluate the association between responses obtained using methods of adaptability and stability by using correspondence analysis. The forage yield of 92 genotypes of alfalfa (Medicago sativa L.) was investigated. The trial had a randomized block design, with 2 replicates, and the data were used to test the reliability of the different methods. Twenty cuttings were obtained from each genotype between November 2004 and June 2006. Each cutting was grown in a different environment. The estimates of adaptability and stability were obtained using the methods of Eberhart and Russell (1966), Cruz, Torres and Vencovsky (1989), Nascimento et al. (2009b), and Lin and Binns (1988). Following the association analysis, correspondence analysis was conducted for determining association and discriminating the responses obtained using the methods of adaptability and stability. The unfavorable (D) and unpredictable unfavorable (DI) responses obtained using the methods of Lin and Binns (1988) and Eberhart and Russell (1966), respectively, were discrepant in relation to other responses obtained using these methods. The greatest association between responses was confirmed using the methods of Eberhart and Russell (1966) and Cruz, Torres and Vencovsky (1989).Item Avaliação do coeficiente de variação experimental para caracteres de frutos de pimenteiras(Revista Ceres, 2011-01) Silva, Anderson Rodrigo da; Cecon, Paulo Roberto; Rêgo, Elizanilda Ramalho do; Nascimento, MoysésO objetivo deste estudo foi formular uma classificação para coeficientes de variação, de experimentos com pimentas do gênero Capsicum, para utilização em seis variáveis morfológicas do fruto. Foram selecionados 38 experimentos com resultados publicados, em que se constaram dados de caracterizações morfológicas do fruto e coeficientes de variação (CV) das seguintes variáveis respostas: peso médio do fruto, comprimento do fruto, comprimento do pedúnculo, maior e menor diâmetro do fruto e espessura do pericarpo. As faixas de classificação dos CV foram baseadas na metodologia proposta por Garcia (1989), que considera a propriedade da distribuição normal do CV. Pelo teste de Lilliefors, a 5% de probabilidade, todas as variáveis satisfizeram a pressuposição de distribuição normal do CV. As faixas de classificação do CV, obtidas para essas seis variáveis, foram distintas daquelas da classificação geral, proposta por Gomes (2000). Ademais, constatou-se que as classificações dos coeficientes de variação de variáveis morfológicas de pimenteiras do gênero Capsicum dependem da variável resposta, sendo que as maiores faixas de classificação de CV ocorreram para menor diâmetro do fruto, espessura do pericarpo e peso médio do fruto.Item Avaliação genética de indivíduos e progênies de cupuaçuzeiro no estado do Pará e estimativas de parâmetros genéticos(Revista Brasileira de Fruticultura, 2008-09) Resende, Marcos Deon Vilela de; Alves, Rafael MoysésO presente trabalho relata a avaliação genotípica de progênies de cupuaçuzeiro, no Estado do Pará, para os caracteres número de frutos (NF) em quatro safras, intensidade de ocorrência de vassoura- de-bruxa na inflorescência (VBI) e nos frutos (VBF), e peso de vassoura-de-bruxa (PVB). Apresenta também estimativas de parâmetros genéticos que permitem inferir sobre o controle genético e nível de variabilidade genética presente no material avaliado. Todos os caracteres apresentaram considerável variabilidade genética, com coeficientes de variação genética variando de 27% a 88% no âmbito de progênie e de 38% a 123% no âmbito individual. Isto revela excelentes possibilidades para a seleção nessa população experimental híbrida. As estimativas de herdabilidade individual no sentido restrito, em uma safra, variaram de 25% a 54%, e as repetibilidades individuais para NF equivaleram a 35%. Com as quatro safras realizadas, a herdabilidade em nível individual aumentou para 48%, propiciando acurácia seletiva de 70%, para a seleção de indivíduos. O ganho em eficiência, quando se usa mais de cinco safras, é praticamente desprezível. Para NF, ganhos acima de 60% podem ser obtidos com a seleção dos cinco melhores indivíduos. Poderão ser selecionados indivíduos com produção anual de 17 frutos, valor muito superior à média geral de 10 frutos, encontrada nos plantios comerciais. Verificam-se ganhos genéticos bastante superiores quando se faz a propagação clonal dos melhores indivíduos em relação ao que se verifica quando se realiza a propagação sexuada. Para o melhor indivíduo, o ganho genético aumenta de 75.5% para 88.3%, ou seja, de 17 para quase 19 frutos por planta. Isto revela um grande potencial para a clonagem comercial de cupuaçuzeiro. Para os caracteres VBI e VBF, verificaram-se altas herdabilidades individuais no sentido restrito com valores variando entre 30% e 54%. Isto revela o excelente potencial da seleção recorrente para melhorar, gradativamente, o nível de resistência. Parece suficiente considerar na seleção apenas o número de vassouras, não sendo necessário considerar o peso. A correlação entre resistência no fruto e na inflorescência foi alta (0.84), indicando algum controle genético comum aos dois caracteres. Foram identificadas progênies superiores, simultaneamente, para produção de frutos e resistência à vassoura.Item Bayesian approach increases accuracy when selecting cowpea genotypes with high adaptability and phenotypic stability(Genetics and Molecular Research, 2016-03-11) Santos, A. dos; Barroso, L.M.A.; Teodoro, P.E.; Nascimento, M.; Torres, F.E.; Corrêa, A.M.; Sagrilo, E.; Corrêa, C.C.G.; Silva, F.A.; Ceccon, G.This study aimed to verify that a Bayesian approach could be used for the selection of upright cowpea genotypes with high adaptability and phenotypic stability, and the study also evaluated the efficiency of using informative and minimally informative a priori distributions. Six trials were conducted in randomized blocks, and the grain yield of 17 upright cowpea genotypes was assessed. To represent the minimally informative a priori distributions, a probability distribution with high variance was used, and a meta-analysis concept was adopted to represent the informative a priori distributions. Bayes factors were used to conduct comparisons between the a priori distributions. The Bayesian approach was effective for selection of upright cowpea genotypes with high adaptability and phenotypic stability using the Eberhart and Russell method. Bayes factors indicated that the use of informative a priori distributions provided more accurate results than minimally informative a priori distributions.Item Bayesian forecasting of temporal gene expression by using an autoregressive panel data approach(Genetics and Molecular Research, 2016-06-21) Nascimento, M.; Silva, F.F. e; Sáfadi, T.; Nascimento, A.C.C.; Barroso, L.M.A.; Glória, L.S.; Carvalho, B. de S.We propose and evaluate a novel approach for forecasting gene expression over non-observed times in longitudinal trials under a Bayesian viewpoint. One of the aims is to cluster genes that share similar expression patterns over time and then use this similarity to predict relative expression at time points of interest. Expression values of 106 genes expressed during the cell cycle of Saccharomyces cerevisiae were used and genes were partitioned into five distinct clusters of sizes 33, 32, 21, 16, and 4. After removing the last observed time point, the agreements of signals (upregulated or downregulated) considering the predicted expression level were 72.7, 81.3, 76.2, 68.8, and 50.0%, respectively, for each cluster. The percentage of credibility intervals that contained the true values of gene expression for a future time was ~90%. The methodology performed well, providing a valid forecast of gene expression values by fitting an autoregressive panel data model. This approach is easily implemented with other time-series models and when Poisson and negative binomial probability distributions are assumed for the gene expression data.Item Bayesian inference for the fitting of dry matter accumulation curves in garlic plants(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2016-12-01) Macedo, Leandro Roberto de; Cecon, Paulo Roberto; Silva, Fabyano Fonseca e; Nascimento, Moysés; Puiatti, Guilherme Alves; Oliveira, Ana Carolina Ribeiro de; Puiatti, MarioThe objective of this work was to identify nonlinear regression models that best describe dry matter accumulation curves over time, in garlic (Allium sativum) accessions, using Bayesian and frequentist approaches. Multivariate cluster analyses were made to group similar accessions according to the estimates of the parameters with biological interpretation (β1 and β3). In order to verify if the obtained groups were equal, statistical tests were applied to assess the parameter equality of the representative curves of each group. Thirty garlic accessions were used, which are kept by the vegetable germplasm bank of Universidade Federal de Viçosa, Brazil. The logistic model was the one that fit best to data in both approaches. Parameter estimates of this model were subjected to the cluster analysis using Ward’s algorithm, and the generalized Mahalanobis distance was used as a measure of dissimilarity. The optimal number of groups, according to the Mojena method, was three and four, for the frequentist and Bayesian approaches, respectively. Hypothesis tests for the parameter equality from estimated curves, for each identified group, indicated that both approaches highlight the differences between the accessions identified in the cluster analysis. Therefore, both approaches are recommended for this kind of study.Item Bayesian model-based clustering of temporal gene expression using autoregressive panel data approach(Bioinformatics, 2012-06-04) Nascimento, Moysés; Sáfadi, Thelma; Silva, Fabyano Fonseca e; Nascimento, Ana Carolina C.In a microarray time series analysis, due to the large number of genes evaluated, the first step toward understanding the complex time network is the clustering of genes that share similar expression patterns over time. Up until now, the proposed methods do not point simultaneously to the temporal autocorrelation of the gene expression and the model-based clustering. We present a Bayesian method that considers jointly the fit of autoregressive panel data models and hierarchical gene clustering. The proposed methodology was able to cluster genes that share similar expression over time, which was determined jointly by the estimates of autoregression parameters, by the average level of expression) and by the quality of the fitted model. The R codes for implementation of the proposed clustering method and for simulation study, as well as the real and simulated datasets, are freely accessible on the Web http://www.det.ufv.br/∼moyses/links.php.Item Capacidade de suporte de carga de um Latossolo Vermelho-Amarelo em uma lavoura cafeeira(Revista Brasileira de Ciência do Solo, 2012-08-06) Kamimura, Karina Marie; Dias Júnior, Moacir de Souza; Guimarães, Paulo Tácito Gontijo; Santos, Gérson Rodrigues dos; Oliveira, Marcelo Silva deO tráfego intensivo de máquinas agrícolas sobre solos cultivados com cafeeiros pode causar compactação excessiva, principalmente quando realizado sob condição inadequada de umidade, promovendo redução da produtividade das áreas sob intensa passagem de máquinas. Os objetivos deste trabalho foram: avaliar a degradação da estrutura do solo na linha de tráfego do trator (LTT) e na linha de tráfego da colhedora (LTC), por meio dos atributos físicos do solo e da capacidade de suporte de carga do solo em função do potencial matricial do solo; e calcular os potenciais matriciais críticos, para evitar a compactação adicional do solo pelo uso de um trator marca Massey Ferguson, modelo 275, e de uma colhedora Jacto KTR Advance em um Latossolo Vermelho-Amarelo textura muito argilosa. O estudo foi realizado na Fazenda da EPAMIG situada no município de Patrocínio-MG. Para obtenção dos modelos de capacidade de suporte de carga (σp) versus potencial matricial do solo, coletaram-se amostras indeformadas na LTT e LTC, nas camadas de 0-3, 10-13 e 25-28 cm, em cinco trincheiras, as quais foram submetidas ao ensaio de compressão uniaxial, em diferentes potenciais matriciais. Além disso, coletaram-se amostras indeformadas em seis trincheiras, para determinação dos atributos físicos do solo na LTT e LTC, nas camadas de 0-3, 10-13 e 25-28 cm. As operações realizadas com o trator degradaram mais a estrutura do solo do que as realizadas com a colhedora, pois na linha de tráfego do trator (LTT) a densidade do solo, a microporosidade e a pressão de preconsolidação foram maiores que as da linha de tráfego da colhedora. O potencial matricial crítico para a LTT foi de -51 kPa (0,36 m3 m-3), e para a LTC, de -291 kPa (0,30 m3 m-3).