Teses e Dissertações
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Teses e dissertações defendidas no contexto dos programas de pós graduação da Instituição.
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Item Linkage disequilibrium and haplotype block structure in six commercial pig lines(Universidade Federal de Viçosa, 2011-02-21) Veroneze, Renata; Guimarães, Simone Eliza Facioni; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4782526Y2; Silva, Fabyano Fonseca e; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4766260Z2; Lopes, Paulo Sávio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783377H1; http://lattes.cnpq.br/7879477446841060; Peternelli, Luiz Alexandre; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4723301Z7; Bhering, Leonardo Lopes; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4764363E6O sucesso de estudos de associação e, consequentemente, a seleção genômica dependem da densidade de marcadores utilizados nas análises, a qual, por sua vez, é determinada pela extensão do desequilíbrio de ligação (LD) ao longo do genoma. O LD é organizado em blocos de haplótipos, separados por hot spots de recombinação. Essa organização do LD permite a seleção de um conjunto de SNPs que caracterizam o bloco, o que constitui uma forma adequada de escolher SNPs. O objetivo deste estudo foi estimar a extensão do desequilíbrio de ligação e o tamanho dos blocos de haplótipos de seis linhas comerciais de suínos. Foram genotipados 2050 animais com o SNP chip de 60K para suínos da Illumina. Os marcadores foram filtrados com base na MAF (>0,05) e Equilíbrio de Hardy-Weinberg (p valor > 0,001), o que resultou na utilização de, em média, 34021 SNPs para análises subsequentes. O programa Haploview foi usado no cáculo do LD de todos os pares de SNPs sintênicos, como também na construção dos blocos de haplótipo. O tamanho dos blocos de haplótipo das diferentes linhas foi comparado, utilizando-se o procedimento PROC MIXED do software SAS. Marcadores entre 105 – 175 Kb de distância apresentaram r2 (correlação entre frequências gênicas) médio acima de 0,3 para todas as linhas, o qual é considerado um bom limiar para estudos de associação. Assim, mapas com um SNP, a cada 105 Kb, seriam adequados a esse tipo de análise. Teoricamente, o LD decresce com o aumento da distância entre os SNPs, entretanto, alguns cromossomos (1, 4, 5, 7, 9, 11, 12, 13, 14, 15 e 16) apresentaram r2 elevado entre SNPs distantes em todas as linhas estudadas, o que poderia ser resultado de erros na distância e na posição dos marcadores no mapa utilizado. Em alguns cromossomos (2 e 18) alto r², entre SNPs distantes, foi observado apenas em algumas linhas, o que poderia ter sido causado por uma série de fatores que influenciam o LD. Entretanto, por tratar-se de linhas diferentes, provavelmente elas possuem histórico, endogamia e cruzamentos distintos. Dessa maneira, pode-se pressupor que esse efeito teria sido causado pela seleção, uma vez que existem características de importância econômica que com certeza, em algum momento, foram selecionadas em mais de uma linha. O tamanho médio dos blocos de haplótipos foi de 287,81 Kb, com predominância de blocos pequenos com menos de 50 Kb. Nenhuma linha apresentou blocos maiores ou menores que as demais, em todos os cromossomos, não existindo, portanto, um padrão que possa discriminar as diferentes linhas. De acordo com a extensão do LD observado neste estudo, seriam necessários 22915 SNPs informativos (MAF > 0,05) para estudos de associação que abrangerem todo o genoma. O elevado desequilíbrio de ligação, observado entre pares de SNPs distantes, pode ter sido causado por erros no mapa e, em alguns casos, por seleção, entretanto para confirmação dessa última hipótese, seria necessário um estudo mais aprofundado das regiões onde esses SNPs se encontram.Item Caracterização funcional e identificação de SNPs e de genes de resistência a doenças do cafeeiro(Universidade Federal de Viçosa, 2011-07-18) Alvarenga, Samuel Mazzinghy; Caixeta, Eveline Teixeira; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728636Z7; Zambolim, Eunize Maciel; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4783380J6; Sakiyama, Ney Sussumu; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781483H8; http://lattes.cnpq.br/6208150945096223; Siqueira, Cláudio Lísias Mafra de; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4782432A8; Zambolim, Laércio; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4787254T6; Oliveira, Antônio Carlos Baião de; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4782833P5O Projeto Brasileiro do Genoma Café gerou um banco de dados de 200.000 ESTs (Expressed Sequence Tags). Estas sequências estão armazenadas no banco de dados do Projeto, o CafEST. Em trabalho anterior, foi realizada análise in silico das sequências do CafEST, a qual permitiu a identificação de 14.060 sequências relacionadas com o processo de defesa da planta contra doenças. Dessas 14.060, 1.855 foram sequências cujos produtos preditos eram quitinases. Dada a importância das quitinases, tanto na interação planta-patógeno, como em outros processos da planta, as ESTs de quitinase foram detalhadamente analisadas no presente trabalho. Para isso foi realizada uma caracterização funcional e construído um perfil de expressão in silico. A categorização funcional foi feita com o software Blast2GO e o perfil de expressão gênica in silico foi determinado por meio de análises de Northern Blot Virtual. Os resultados da caracterização funcional mostraram a versatilidade das quitinases, que possuem atividade enzimática e estão envolvidas em importantes processos biológicos e funções moleculares nas células da planta. A análise do perfil de expressão in silico permitiu verificar que as quitinases estão mais expressas, principalmente, em bibliotecas que apresentam algum componente de estresse. Para selecionar, entre as 14.060 sequências mineradas, aquelas que estão envolvidas com a resistência do cafeeiro à ferrugem, foram desenvolvidos, em trabalho anterior, 40 pares de primers. Os primers foram testados em 12 cafeeiros resistentes e 12 susceptíveis a Hemileia vastatrix, fungo causador da ferrugem. Vinte e nove primers resultaram em bandas únicas e bem definidas, sendo que um deles foi polimórfico entre os cafeeiros resistentes e suscetíveis. No presente trabalho, 15 primers monomórficos foram escolhidos para análises de polimorfismos de base única (SNPs Single Nucleotide Polymorphisms) nas sequências de DNA entre os 12 cafeeiros resistentes e 12 susceptíveis a H. vastatrix. As sequências obtidas foram analisadas com os programas Sequencher® v. 4.10, ORF Finder, BLAST e ClustalW. Dos 15 genes, quatro não apresentaram nenhum SNP. Cinco genes apresentaram SNPs, mas os polimorfismos foram observados apenas para o clone da espécie Coffea liberica var. dewevrei (café excelsa). Os outros seis genes foram polimórficos entre os genótipos amostrados. Foram detectados 71 SNPs, sendo que 34 foram transições (47,89%) e 37 transversões (52,11%). A taxa de transições/ transversões foi de 0,9189. Das 71 substituições, 27 ocorreram na primeira posição do códon (38,02%), 15 na segunda posição (21,12%) e 29 na terceira (40,84%). Foram detectadas 11 (15,49%) substituições sinônimas e 60 (84,51%) substituições não sinônimas. A relação de substituições sinônimas/não sinônimas foi de 0,1833. Um alto nível de mutações não sinônimas, como o que foi encontrado neste trabalho, pode ser reflexo de seleção positiva. Um exemplo é o cenário antagonista da coevolução patógeno-hospedeiro, onde os genes do hospedeiro estão engajados numa corrida armamentista evolucionária e sob forte pressão de seleção para mudarem e se adaptarem. Em função disso, eles evoluem numa taxa mais rápida que outros genes. Este cenário pode ser aplicado ao presente trabalho, dado o alto nível de modificações não sinônimas detectado e ao fato que os genes analisados atuam, de alguma forma, no processo de defesa do cafeeiro contra patógenos. Foi observada uma frequência de 0,1029 SNPs por amplicon. Nos 119.061 pb analisados detectou-se uma frequência extremamente baixa de 1 SNP a cada 1.676,91pb, ou de 0,0596 SNPs por 100 pb. Pode-se atribuir o baixo nível de polimorfismo observado à baixa diversidade do genoma de C. arabica. A análise dos produtos gênicos permitiu verificar que as mutações não sinônimas identificadas não levaram à formação de proteínas preditas distintas. No presente trabalho foi também iniciada a clonagem de um gene potencialmente envolvido com a resistência do cafeeiro a ferrugem. Em trabalho anterior, foi identificado um fragmento de gene de resistência, amplificado pelo primer CARF 005, presente nos indivíduos resistentes e ausente nos susceptíveis à ferrugem do cafeeiro. Esse primer foi utilizado no presente trabalho para realizar um screening de uma biblioteca de BACs (Bacterial Artificial Chromosome Cromossomo Artificial de Bactéria) contendo 56.832 clones Na identificação do(s) clone(s) positivo(s), utilizou-se o método de decomposição de pools. Foram identificados dois clones positivos (i. e. dois clones contendo fragmento de gene de resistência amplificado pelo marcador CARF 005). Os dados de sequenciamento dos dois clones identificados poderão fornecer informações importantes sobre a estrutura dos genes de resistência em Coffea.