Navegando por Autor "Bueno, Rafael Delmond"
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Item Análises biométricas da produtividade, composição de açúcares solúveis e polissacarídeos não-amídicos (PNAs) na seleção de genótipos de soja(Universidade Federal de Viçosa, 2009-02-17) Bueno, Rafael Delmond; Barros, Everaldo Gonçalves de; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781285J6; Oliveira, Maria Goreti de Almeida; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4790894D6; Moreira, Maurílio Alves; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4796105P2; http://lattes.cnpq.br/5163173387452113; Piovesan, Newton Deniz; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728400U5; God, Pedro Ivo Vieira Good; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4769361T9; Guimarães, Valéria Monteze; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4798758T3A soja é um grão de alto valor nutricional, é utilizada como base para vários produtos, portanto existe uma demanda crescente por genótipos de soja com alta produtividade e características de qualidade específicas. Assim, torna-se importante a caracterização de genótipos de soja quanto aos componentes bioquímicos relativos à qualidade e também quanto aos fatores antinutricionais, os quais limitam o uso da soja na alimentação humana e de animais monogástricos. Este trabalho teve os seguintes objetivos gerais; avaliar a interação genótipo x ambiente quanto à produtividade e as concentrações de proteína, sacarose, rafinose e estaquiose em soja; estimar as correlações entre caracteres analisados no presente trabalho; selecionar genótipos de soja, os quais poderão ser utilizados em programas que visam aumentar a qualidade nutricional do grão de soja, visando o uso na alimentação humana e de animais monogástrico. Para isto, foram avaliados 18 genótipos de soja, cultivados nas estações experimentais da COOPADAP situadas nos Municípios de Mineiros-GO, Perdizes-MG, São Gotardo-MG e Presidente Olegário-MG, no ano agrícola 2005/2006. Os experimentos foram executados em blocos casualizados, com três repetições. Foi determinada a produtividade média (Kg ha-1) dos 18 genótipos nos quatro ambientes, assim como, as concentrações: de proteína utilizando um espectrômetro infravermelho (NIR); sacarose, rafinose e estaquiose por HPLC. As análises estatísticas foram realizadas com o auxílio do aplicativo computacional em genética e estatística, Programa GENES. Na análise de variância conjunta, verificaramse efeitos significativos para ambiente e genótipo x ambiente (p<0,01), para todas as cinco características avaliadas. Foram detectados efeitos significativos de genótipo (p<0,01) para produtividade e proteína e (p<0,05) para sacarose e rafinose. As análises de adaptabilidade e estabilidade foram realizadas utilizando-se o método de Lin e Binns (1988) modificado por Carneiro (1998) e método de Centróide. Os dois métodos empregados mostraram coerência e permitiram identificar os genótipos mais estáveis e responsivos a melhoria do ambiente como sendo também os que apresentaram maior produtividade e maiores concentrações de proteína, sacarose, rafinose e estaquiose. Os genótipos que se destacaram pela ampla adaptabilidade segundo as duas metodologias empregadas no presente trabalho foram; considerando a variável produtividade, as cultivares VENCEDORA e MSOY 8001; para concentração de proteína, a cultivar ELITE; para concentração de sacarose, a linhagem CS 01 736; para a concentração de rafinose, a linhagem CS 02 988 e para a concentração de estaquiose, a cultivar MSOY 8001. Produtividade e concentração de proteína apresentaram correlação negativa, o que mostra que a seleção para um determinado caráter pode provocar o declínio do outro. A correlação entre a produtividade e concentração de sacarose não foi significativa. O mesmo comportamento foi observado entre a concentração de proteína vs concentração de sacarose e entre a concentração de proteína vs concentração de estaquiose. O fato desses caracteres não estarem correlacionados facilita a seleção de genótipos com alta concentração de sacarose e alta produtividade, ou ainda, genótipos com altas concentrações de sacarose e proteína. A correlação entre produtividade vs concentração de rafinose e produtividade vs concentração de estaquiose foram negativas e significativas, essa correlação negativa e significativa facilita a seleção de genótipos com alta produtividade e com baixas concentrações de rafinose e estaquiose. A concentração de sacarose apresentou altos e positivos coeficientes de correlação com as concentrações de rafinose e estaquiose, indicando a impossibilidade de se fazer à seleção direta de indivíduos com alta concentração de sacarose e baixas concentrações de rafinose e estaquiose. A segunda parte do presente trabalho foi realizada utilizando seis genótipos de soja cultivados no Município de Mineiros-GO. Foi demonstrado que a metodologia adaptada para quantificar fatores antinutricionais termoestáveis, tais como, os Polissacarídeos não-amídicos em soja, utilizando a técnica cromatográfica HPLC, se mostrou de boa precisão. Não foi encontrada correlações significativas entre Produtividade vs PNAs,Óleo vs PNAs e Proteína vs PNAs entre os seis genótipos analisados. O fato desses caracteres não estarem correlacionados facilita a seleção de genótipos com melhor qualidade nutricional, pois possibilita ao melhorista diminuir os conteúdos de PNAs totais, PNAs insolúveis e principalmente os PNAs solúveis, sem afetar a produtividade e as concentrações de óleo ou de proteína. As variáveis produtividade e concentração de óleo apresentaram altos e positivos coeficientes de correlação com as concentrações de carboidratos totais e açucares solúveis, indicando a dificuldade de se fazer a seleção direta de indivíduos com alta produtividade ou altas concentrações de óleo e ao mesmo tempo, com baixas concentrações de carboidratos totais e açucares solúveis. Proteína correlacionou-se negativamente com as concentrações de carboidratos totais e açucares solúveis, esse resultado favorece a seleção de genótipos com altas concentrações de proteína e com baixas concentrações de carboidratos totais e açucares solúveis.Item Association of candidate genes for fatty acid content in soybean by temperature-switch PCR (TSP) genotyping(Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2018-07) Bueno, Rafael Delmond; God, Pedro Ivo Vieira Good; Prata, Isadora Oliveira; Pereira, Pedro Henrique Scarpelli; Teixeira, Arlindo Inês; Piovesan, Newton Deniz; Barros, Everaldo Gonçalves deThe development of molecular markers is essential for improvement of soybean cultivars with modified fatty acid content. The objective of this study was to identify and validate SNP markers in candidate genes for fatty acid content in soybean. Six candidate genes (ARAF, PDAT, ABI3, FAD2-1b, FAD3B, and FAD3C) were selected. Alignment of gene sequences identified 25 SNPs and 3 INDELs. TSP primers were used to identify SNP alleles. 259 recombinant inbred lines (RILs) (FA22 / CD219) and 185 F2 progenies (A29 / Tucunaré) were tested for association of SNPs. An SNP for FAD3B was associated with variation in content of linoleic acid (R2 = 5.84%) and linolenic acid (R2 = 6.79%). In FAD3C, an SNP was associated with linoleic and linolenic acids (R2 of 9.21% and 18.51%, respectively). The ABI3 gene was associated with palmitic acid, with R2 = 5.41%. The SNP markers identified will be used in assisted selection for improvement of fatty acid content.Item Characterization of a new GmFAD3A allele in Brazilian CS303TNKCA soybean cultivar(Theoretical and Applied Genetics, 2018-02-03) Silva, Luiz Claudio Costa; Bueno, Rafael Delmond; Matta, Loreta Buuda da; Pereira, Pedro Henrique Scarpelli; Mayrink, Danyelle Barbosa; Piovesan, Newton Deniz; Sediyama, Carlos Sigueyuki; Fontes, Elizabeth Pacheco Batista; Cardinal, Andrea J.; Dal-Bianco, MaximillerSoybean is one of the most important crops cultivated worldwide. Soybean oil has 13% palmitic acid, 4% stearic acid, 20% oleic acid, 55% linoleic acid and 8% linolenic acid. Breeding programs are developing varieties with high oleic and low polyunsaturated fatty acids (linoleic and linolenic) to improve the oil oxidative stability and make the varieties more attractive for the soy industry. The main goal of this study was to characterize the low linoleic acid trait in CS303TNKCA cultivar. We sequenced CS303TNKCA GmFAD3A, GmFAD3B and GmFAD3C genes and identified an adenine point deletion in the GmFAD3A exon 5 (delA). This alteration creates a premature stop codon, leading to a truncated protein with just 207 residues that result in a non-functional enzyme. Analysis of enzymatic activity by heterologous expression in yeast support delA as the cause of low linolenic acid content in CS303TNKCA. Thus, we developed a TaqMan genotyping assay to associate delA with low linolenic acid content in segregating populations. Lines homozygous for delA had a linolenic acid content of 3.3 to 4.4%, and the variation at this locus accounted for 50.83 to 73.70% of the phenotypic variation. This molecular marker is a new tool to introgress the low linolenic acid trait into elite soybean cultivars and can be used to combine with high oleic trait markers to produce soybean with enhanced economic value. The advantage of using CS303TNKCA compared to other lines available in the literature is that this cultivar has good agronomic characteristics and is adapted to Brazilian conditions.Item Identificação de marcadores SNP em genes candidatos associados ao conteúdo e qualidade do óleo de soja(Universidade Federal de Viçosa, 2012-11-05) Bueno, Rafael Delmond; Barros, Everaldo Gonçalves de; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4781285J6; God, Pedro Ivo Vieira Good; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4769361T9; Moreira, Maurílio Alves; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4796105P2; http://lattes.cnpq.br/5163173387452113; Piovesan, Newton Deniz; http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4728400U5; Teixeira, Arlindo Inês; http://lattes.cnpq.br/2334788531499774O desenvolvimento de cultivares produtivas com incremento significativo no teor de proteína e/ou de óleo, bem como melhorar a composição de ácidos graxos na fração óleo, está entre os principais objetivos dos programas de melhoramento genético de soja. A identificação e validação de marcadores SNP (Single Nucleotide Polymorphism) em regiões gênicas associadas a essas características e o seu emprego na seleção assistida por marcadores moleculares (SAM), representa uma poderosa ferramenta para o melhoramento genético da soja, no sentido de aumentar a eficiência e proporcionar maiores ganhos genéticos. O objetivo deste trabalho foi identificar SNP em regiões gênicas associadas ao conteúdo e a qualidade do óleo em genótipos contrastantes do banco de germoplasma do Programa de Melhoramento da Qualidade da Soja da UFV e validar os polimorfismos como marcadores moleculares em populações segregantes e RILs. Foram selecionados 22 genes candidatos que estão potencialmente relacionados com o conteúdo e a qualidade do óleo em soja. As sequências parciais dos 22 genes candidatos ou de genes homólogos, foram obtidas a partir do GenBank. As sequências gênicas completas foram obtidas por meio do algoritmo BLASTn no banco de dados PHYTOZOME. Os primers desenhados para amplificar regiões específicas de cada gene candidato em genótipos contrastantes para conteúdo e qualidade do óleo de soja, produziram 33,91 kpb de sequencias com boa qualidade, com valor de Phred superior ou igual a 30, sendo identificados 88 SNP e 26 INDELs. Com o intuito de obter informações sobre a expressão dos transcritos dos genes candidatos foi feito um alinhamento por meio do algoritmo BLASTn, contra bibliotecas de ESTs derivadas de sete tecidos de soja, depositados no banco de dados do NCBI. Os resultados mostraram que todos os transcritos selecionados dos genes ADPRI e G3PDH foram expressos constitutivamente, enquanto que os transcritos dos genes ABI3, ACC, AMIP, ARAF, ASIL, CLPPR, CPT, DGAT, DOF4, FUS3, LEC1A, LEC1B, LPCAT, MDH e WRI, apresentaram expressão órgão-específica. Primers de genotipagem TSPCR (Temperature-Swicht Polymerase Chain Reaction) foram utilizados para discriminar os alelos de SNP em cinco populações (RIL e F2). Os polimorfismos identificados por meio do sequenciamento foram inicialmente testados nos respectivos progenitores, sendo para isso, desenhados 20 conjuntos de primers TSPCR. Somente os primers TSPCR desenhados no polimorfismo dos genes AMIP-5, AMIP-3, ABI3, LEC1B, ARAF, LPCAT, PDAT, FAD3B e FAD3C mostraram-se polimórficos, sem bandas inespecíficas e/ou marcação de bandas fracas, nos respectivos progenitores. Os primers de genotipagem TSPCR desenhados no polimorfismo dos genes AMIP-5, AMIP-3, ABI3 e LEC1B foram amplificados em 176 progênies F6 do cruzamento PI371611 x CD222 (contrastantes para teor de óleo). Os primers TSPCR desenhados no polimorfismo dos genes ARAF, LPCAT, e LEC1B foram genotipados em 236 progênies, na geração F6, derivadas do cruzamento CD01RR8311 x SUPREMA (contrastantes para teor de óleo). Os primers TSPCR, desenhados para detectar o polimorfismo presente nos genes ABI3 e LEC1B foram amplificados em 170 progênies F6, derivadas do cruzamento entre A7002 x CD219 (contrastantes para teor de óleo). Os primers TSPCR desenhados para discriminar os alelos de SNP identificados nos genes candidatos ARAF e PDAT, foram amplificados em 259 progênies F6 do cruzamento FA22 x CD219 (contrastantes para teor de ácido oleico). Os primers TSPCR desenhados no polimorfismo dos genes FAD3B, FAD3C e ABI3 foram amplificados em 185 progênies na geração F2 do cruzamento A29 x Tucunaré (contrastantes para teor de ácido linolênico). O polimorfismo do gene ABI3, apresentou associações significativas com teor de proteína na população F6 (A7002 x CD219) e com a característica teor de ácido palmítico, na população F2:3 do cruzamento entre A29 e Tucunaré. Nessa mesma população foram detectadas associações significativas do marcador SNP presente no gene FAD3B com os teores dos ácidos graxos esteárico, oléico e linolênico e do marcador SNP do gene FAD3C com os teores de ácidos linoléico e linolênico. A metodologia de genotipagem TSPCR mostrou ser eficaz na discriminação dos alelos de SNP nas cinco populações estudadas. Associação dos marcadores SNP presentes nos genes ABI3, FAD3B e FA3C, que estão relacionados com a biossíntese dos ácidos graxos, possibilitará o emprego da SAM, com intuito de selecionar indivíduos que apresentem melhor perfil de ácidos graxos, otimizando o desenvolvimento de linhagens de soja especiais para a agroindústria.Item Identificação de SNPs para conteúdo de ácidos graxos em soja pela técnica HRM(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2013-11-29) Cruz, Maria Fernanda Antunes da; Bueno, Rafael Delmond; Souza, Franciele Barros de; Barros, Everaldo Gonçalves deO objetivo deste trabalho foi identificar SNPs em genes associados ao conteúdo de ácidos graxos em soja e implementar a metodologia "high resolution melting" (HRM) para genotipagem desses SNPs. Os iniciadores HRM foram desenhados para discriminar os alelos SNPs em duas populações de mapeamento (RILs e F2) e seguiram o padrão esperado de segregação. Os SNPs do gene ABI associaram-se significativamente ao conteúdo de ácido esteárico (R2 = 12,14), e os do gene FAD3B, aos conteúdos de ácido oleico (R2 = 14,69) e linolênico (R2 = 10,62). A técnica de genotipagem dos SNPs por HRM é eficiente na discriminação das classes genotípicas.