Navegando por Autor "Duarte, Vinícius da Silva"
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Item Avaliação da atividade lítica dos bacteriófagos vB_TpyM_UFV13, vB_TpyP_UFV21 e vB_TpyM_UFV26 específicos para Trueperella pyogenes associada a problemas reprodutivos no puerpério(Universidade Federal de Viçosa, 2014-07-25) Duarte, Vinícius da Silva; Paula, Sérgio Oliveira de; http://lattes.cnpq.br/7814802722636291A bovinocultura leiteira vem sofrendo por profundas transformações nos últimos anos no que diz respeito, principalmente, ao aumento da produtividade com um custo de produção cada vez menor. Em meio a todos os fatores que comprometem o êxito de um sistema de produção de leite, o estado reprodutivo dos animais ocupa um lugar de destaque. Problemas reprodutivos em uma fazenda levam a perdas econômicas devido ao aumento no intervalo entre partos, custos extras com o tratamento da enfermidade, aumento no descarte involuntário de animais e uma diminuição no potencial genético do rebanho. Neste cenário, as patologias infecciosas e inflamatórias uterinas do puerpério (período pós-parto) como metrite, endometrite clínica e endometrite subclínica são as mais comuns, sendo, geralmente, causadas por microorganismos de origem ambiental como Escherichia coli, Trueperella pyogenes, Fusobacterium necrophorum e Prevotella spp. A utilização de antibióticos e hormônios são os tratamentos mais utilizados no controle destas enfermidades, porém o uso indiscriminado de antibióticos nas últimas décadas proporcionou o aparecimento de bactérias resistentes a mais de uma classe de agentes antimicrobianos. Sendo assim, a fagoterapia surge como uma alternativa natural, não tóxica e economicamente viável para o controle destes microorganismos. Neste estudo, isolamos e caracterizamos três bacteriófagos (vB_TpyM-UFV13, vB_TpyP-UFV21 e vB_TpyM-26) que apresentaram perfil protéico e padrão de bandas (RAPD) diferentes, o que auxiliou na diferenciação viral, principalmente entre os membros da família Myoviridae. Estes fagos reduziram o número de células viáveis de T. pyogenes (variação de 9,7 a 17,4%). Além disso, foram capazes de prevenir a formação de biofilme, com valores de redução que oscilarem entre 42,5 a 63,1%. Este trabalho possui como perspectiva o sequenciamento de seus genomas, testes farmacocinéticos utilização destes vírus no controle de enfermidades que acometem vacas de leite como mastite e metrite.Item Comparative transcriptomic analysis of Streptococcus thermophilus TH1436 and TH1477 showing different capability in the use of galactose(Frontiers in Microbiology, 2018-08) Duarte, Vinícius da Silva; Giaretta, Sabrina; Treu, Laura; Vendramin, Veronica; Tarrah, Armin; Campanaro, Stefano; Corich, Viviana; Giacomini, AlessioStreptococcus thermophilus is a species widely used in the dairy industry for its capability to rapidly ferment lactose and lower the pH. The capability to use galactose produced from lactose hydrolysis is strain dependent and most of commercial S. thermophilus strains are galactose-negative (Gal − ), although galactose-positive (Gal + ) would be more technologically advantageous because this feature could provide additional metabolic products and prevent galactose accumulation in foods. In this study, a next generation sequencing transcriptome approach was used to compare for the first time a Gal + and a Gal − strain to characterize their whole metabolism and shed light on their different properties, metabolic performance and gene regulation. Transcriptome analysis revealed that all genes of the gal operon were expressed very differently in Gal + and in the Gal − strains. The expression of several genes involved in mixed acid fermentation, PTS sugars transporter and stress response were found enhanced in Gal + . Conversely, genes related to amino acids, proteins metabolism and CRISPR associated proteins were under-expressed. In addition, the strains showed a diverse series of predicted genes controlled by the transcriptional factor catabolite control protein A (CcpA). Overall, transcriptomic analysis suggests that the Gal + strain underwent a metabolic remodeling to cope with the changed environmental conditions.Item The complete genome sequence of Trueperella pyogenes UFV1 reveals a processing system involved in the quorum-sensing signal response(Genome Announcements, 2017-07-20) Duarte, Vinícius da Silva; Treu, Laura; Campanaro, Stefano; Cynthia, Canedo da Silva; Dias, Roberto Sousa; Alessio, Giacomini; Corich, Viviana; Sérgio, Oliveira de PaulaWe present here the complete genome sequence of Trueperella pyogenes UFV1. The 2.3-Mbp genome contains an extremely interesting AI-2 transporter and processing system related to the quorum-sensing signal response. This specific feature is described in this species for the first time and might be responsible for a new pathogenic behavior.Item A cryptic non-inducible prophage confers phage-immunity on the Streptococcus thermophilus M17PTZA496(Viruses, 2019-01) Duarte, Vinícius da Silva; Giaretta, Sabrina; Campanaro, Stefano; Treu, Laura; Armani, Andrea; Tarrah, Armin; Paula, Sérgio Oliveira de; Giacomini, Alessio; Corich, VivianaStreptococcus thermophilus is considered one of the most important species for the dairy industry. Due to their diffusion in dairy environments, bacteriophages can represent a threat to this widely used bacterial species. Despite the presence of a CRISPR-Cas system in the S. thermophilus genome, some lysogenic strains harbor cryptic prophages that can increase the phage-host resistance defense. This characteristic was identified in the dairy strain S. thermophilus M17PTZA496, which contains two integrated prophages 51.8 and 28.3 Kb long, respectively. In the present study, defense mechanisms, such as a lipoprotein-encoding gene and Siphovirus Gp157, the last associated to the presence of a noncoding viral DNA element, were identified in the prophage M17PTZA496 genome. The ability to overexpress genes involved in these defense mechanisms under specific stressful conditions, such as phage attack, has been demonstrated. Despite the addition of increasing amounts of Mitomycin C, M17PTZA496 was found to be non-inducible. However, the transcriptional activity of the phage terminase large subunit was detected in the presence of the antagonist phage vB_SthS-VA460 and of Mitomycin C. The discovery of an additional immune mechanism, associated with bacteriophage-insensitive strains, is of utmost importance, for technological applications and industrial processes. To our knowledge, this is the first study reporting the capability of a prophage integrated into the S. thermophilus genome expressing different phage defense mechanisms. Bacteriophages are widespread entities that constantly threaten starter cultures in the dairy industry. In cheese and yogurt manufacturing, the lysis of Streptococcus thermophilus cultures by viral attacks can lead to huge economic losses. Nowadays S. thermophilus is considered a well-stablished model organism for the study of natural adaptive immunity (CRISPR-Cas) against phage and plasmids, however, the identification of novel bacteriophage-resistance mechanisms, in this species, is strongly desirable. Here, we demonstrated that the presence of a non-inducible prophage confers phage-immunity to an S. thermophilus strain, by the presence of ltp and a viral noncoding region. S. thermophilus M17PTZA496 arises as an unconventional model to study phage resistance and potentially represents an alternative starter strain for dairy productions.Item Draft genome sequence of the yeast starmerella bacillaris (syn., Candida zemplinina) FRI751 Isolated from fermenting must of dried raboso grapes(Genome Announcements, 2017-04-27) Junior, Wilson José Fernandes Lemos; Treu, Laura; Duarte, Vinícius da Silva; Campanaro, Stefano; Nadai, Chiara; Giacomini, Alessio; Corich, VivianaStarmerella bacillaris is an ascomycetous yeast commonly present in enological environments. Here, we report the first draft genome sequence of S. bacillaris FRI751, which will facilitate the study of the characteristics of this interesting enological yeast.Item Effect of different initial pH on the growth of Streptococcus macedonicus and Streptococcus thermophilus strains(International Dairy Journal, 2018-11) Duarte, Vinícius da Silva; Tarrah, Armin; Noal, Valentina; Giaretta, Sabrina; Treu, Laura; Corich, Viviana; Giacomini, AlessioStreptococcus thermophilus and Streptococcus macedonicus are two known species of the genus related to foods, but little information is available for the latter species, introduced quite recently. Streptococci are widely used as starter cultures to rapidly lower food pH, thus inhibiting the development of deleterious and pathogenic microbes. We compared the growth kinetics over 24 h of nine S. thermophilus and eight S. macedonicus strains, isolated from various dairy environments, at three different pH values, namely 7.0, 6.0 and 5.5. The Gompertz model was used to estimate the three main growth parameters, namely lag phase duration (λ), maximum growth rate (μmax) and maximum cell number at the stationary phase (Nmax). Our results report significantly shorter lag phases and faster growth rates at all the pH conditions tested for S. macedonicus strains, thus indicating this species as a possible interesting substitute for S. thermophilus in selected food productions.Item Short communication: comparison of growth kinetics at different temperatures of Streptococcus macedonicus and Streptococcus thermophilus strains of dairy origin(Journal of Dairy Science, 2018-09) Duarte, Vinícius da Silva; Tarrah, Armin; Noal, Valentina; Treu, Laura; Giaretta, Sabrina; Corich, Viviana; Giacomini, AlessioWithin the genus Streptococcus, S. thermophilus and S. macedonicus are the 2 known species related to foods. Streptococci are widely used as starter cultures to rapidly lower milk pH. As S. macedonicus has been introduced quite recently, much less information is available on its technological potential. Because temperature is an important factor in fermented food production, we compared the growth kinetics over 24 h of 8 S. thermophilus and 7 S. macedonicus strains isolated from various dairy environments in Italy, at 4 temperatures, 30°C, 34°C, 37°C and 42°C. We used the Gompertz model to estimate the 3 main growth parameters; namely, lag phase duration (λ), maximum growth rate (µmax), and maximum cell number at the stationary phase (Nmax). Our results showed significant differences in average growth kinetics between the 2 species. Among the strains tested, 37°C appeared to be the optimal temperature for the growth of both species, particularly for S. macedonicus strains, which showed mean shorter lag phases and higher cell numbers compared with S. thermophilus. Overall, the growth curves of S. macedonicus strains were more similar to each other whereas S. thermophilus strains grew very differently. These results help to better define and compare technological characteristics of the 2 species, in view of the potential use of S. macedonicus in place of S. thermophilus in selected technological applications.Item Uso do bacteriófago vB_EcoM-UFV13 como potencial agente antimastítico em vacas leiteiras(Universidade Federal de Viçosa, 2018-04-26) Duarte, Vinícius da Silva; Paula, Sérgio Oliveira de; http://lattes.cnpq.br/7814802722636291A atividade leiteira no Brasil sofreu profundas transformações nos últimos anos no que diz respeito, principalmente, ao aumento da produtividade com um custo de produção cada vez menor. Para que tal resultado seja alcançado, o animal é invariavelmente desafiado a atender altos índices zootécnico. Dentro do manejo sanitário, a mastite bovina ainda é a principal causa de perdas econômicas para produtores de leite, estimado em $ 533 bilhões de dólares em todo o mundo. A Escherichia coli é responsável pela maioria dos casos de mastite ambiental (40%), enquanto que Trueperella pyogenes é um dos principais agentes causadores de mastite em novilhas no período seco. Embora a terapia com antimicrobianos convencionais seja a mais utilizada nos rebanhos, o uso de bacteriófagos como instrumento no controle de patógenos na Veterinária tem ganhado destaque. Neste trabalho, buscamos avaliar o uso do bacteriófago vB_EcoM-UFV13 (UFV13) contra estes dois importantes patógenos causadores de mastite bovina. Em um primeiro estudo, investigamos o uso do fago UFV13 na prevenção da formação do biofilme de T. pyogenes, um dos principais fatores de virulência apresentado por este micro-organismo. Empregando-se duas diferentes metodologias (cristal violeta e contagem de células sésseis), observou-se que somente a multiplicidade de infecção 10 apresentou redução, estatisticamente significativa, do biofilme formado. A análise das proteínas estruturais do vírus UFV13 revelou um repertório de proteínas com domínio hidrolase (Virion-Associated Peptidoglycan Hydrolases – VAPGHs) que potencialmente estão envolvidas no processo de adesão e desenvolvimento do biofilme. No segundo estudo, examinamos o fago UFV13 em termos genômico, a sua estabilidade em diferentes condições adversas, além da sua atividade contra E. coli em camundongos fêmeas lactantes. Estas análises revelaram que o vírus UFV13 é oriundo de uma recente infecção mista com Shigella phage Shfl2. Além disto, sua administração intramamária provocou uma redução de 10 vezes na carga bacteriana total, além de induzir a produção de citocinas pró-inflamatórias como IL-6 e TNF-α. Após esses estudos, a completa caracterização do fago UFV13 o torna um possível candidato para controle da mastite bovina no gado leiteiro.Item Whole-genome sequence of Starmerella bacillaris PAS13, a nonconventional enological yeast with antifungal activity(Genome Announcements, 2017-08-10) Treu, Laura; Duarte, Vinícius da Silva; Carlot, Milena; Nadai, Chiara; Campanaro, Stefano; Giacomini, Alessio; Corich, Viviana; Lemos Junior, Wilson José FernandesStarmerella bacillaris is a fermentative yeast commonly found in vineyards. Here, we present the draft genome sequence of S. bacillaris PAS13, a nonconventional enological yeast with a potential role as a biocontrol agent. This gene sequence will provide insights into the genetic basis of yeast activity against gray mold disease (Botrytis cinerea).