Navegando por Autor "Dal’Sasso, Thaís Carolina da Silva"
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Item Evolutionary history of the necrosis- and ethylene-inducing like protein superfamily across the Dothideomycetes (Ascomycota)(Universidade Federal de Viçosa, 2021-06-25) Dal’Sasso, Thaís Carolina da Silva; Oliveira, Luiz Orlando de; http://lattes.cnpq.br/2182540806665883Necrosis- and Ethylene-inducing peptide 1-like proteins (NLPs) form a broadly distributed superfamily involded in the early phases of plant infection and may trigger host immune responses. The majority of NLPs acts as cytotoxic proteins, inducing cell- death in eudicot plants. Dothideomycetes is a large and diverse class within the phylum Ascomycota. Corynespora cassiicola (Pleosporales) is a widespread, polyphagous plant-pathogen that causes leaf diseases on many crops. We used comparative genomic approaches and molecular phylogenetic analyses to investigate the evolutionary history of NLP across the Dothideomycetes and within C. cassiicola. Initially, we described two genomes: C. cassiicola CC_29 and C. olivacea CBS 114450. We showed that the two genome annotations differed greatly. A robust phylogenomics indicated the non-monophyly for the genus Corynespora and we suggested that the classification of C. olivacea into that genus should be revised. Subsequently, we investigate the evolution of NLPs across the Dothideomycetes. We accessed genomic resources from 33 species (five orders) with different lifestyles. The imbalanced phylogenies of NLPs suggested NLP subfamilies underwent independent evolutionary paths in the Dothideomycetes, each of which showing different signatures of ancient gene duplications and biased successive gene losses that may be associated with changes in cytotoxic activity. Subsequently, we accessed genomic resources from 44 isolates of C. cassiicola and the expression profiles of NLP- encoding genes of C. cassiicola CC_29 at the early hours of host colonization. Three NLP effector-encoding genes were maintained in the genomes of C. cassiicola and have evolved under different selective constraints. Despite highly divergent, NLP effectors maintained conserved the residues necessary to trigger plant immune responses. Nevertheless, gene expression profiles suggested that only one NLP effector gene is highly expressed at the early hours of soybean colonization by C. cassiicola. Keywords: Effector. Evolution. Phylogenomics. Comparative genomics. Corynespora cassiicola.Item Filogeografia molecular de Corynespora cassiicola, um fungo polífago e causador da mancha alvo(Universidade Federal de Viçosa, 2017-02-23) Dal’Sasso, Thaís Carolina da Silva; Oliveira, Luiz Orlando de; http://lattes.cnpq.br/2182540806665883O fungo fitopatogênico Corynespora cassiicola (Berk. & M. A. Curtis) C. T. Wei é uma espécie cosmopolita com relatos de ocorrência em folhas, hastes e raízes em diversas espécies de plantas, sendo frequentemente associada como agente causal da mancha alvo em diferentes espécies de importância agronômica. Este estudo analisou uma coleção de 32 isolados de C. cassiicola, obtidos de diferentes hospedeiros e locais no Brasil. Sete genes nucleares e um gene mitocondrial foram parcialmente sequenciados e analisados de modo a explorar as relações filogenéticas e filogeográficas entre os isolados e verificar se existe associação entre o gene precursor da toxina produzida pelo fungo, a cassiicolina, e as linhagens encontradas. Adicionalmente, a presença de mutações pontuais independentes – E198A, F200Y e G143A – que conferem resistência a fungicidas foram investigadas. Os isolados se agruparam em três linhagens. A distribuição dos isolados entre as linhagens não esteve associada a hospedeiro ou origem geográfica dos isolados. Isolados da coleção contêm uma de quatro possíveis isoformas da cassiicolina. Em geral, associação entre as isoformas e clados filogenéticos foi ausente. As três mutações pontuais que conferem resistência a fungicidas estão presentes (sozinhas ou combinadas) em oito isolados. Duas dessas mutações (E198A e F200Y) nunca haviam sido identificadas em isolados de C. cassiicola. As evidências de variabilidade genética entre os isolados e a ocorrência de três mutações pontuais independentes, em conjunto com o hábito polífago de C. cassiicola, comprometem as atuais práticas de manejo da doença na agricultura brasileira. As informações obtidas neste estudo poderão ser úteis em análises ecológicas e epidemiológicas de C. cassiicola, bem como no desenvolvimento de medidas de manejo da mancha alvo.