Golias: software para análises estatística e biométrica de grande conjunto de dados utilizando as linguagens Júlia e R

Abstract

A utilização de informações de marcadores moleculares para identificação de indivíduos geneticamente superiores para características de interesse é uma as principais contribuições da genética molecular no melhoramento genético. Assim, em programas de melhoramento genético, é crescente o uso de marcadores moleculares dispostos em matrizes de alta densidade, que necessitam de controle de qualidade e uso de metodologias adequadas para realizar a predição dos valores genéticos. Diante do exposto este trabalho tem como objetivo apresentar o software Golias, que é um software livre destinado ao processamento de dados de marcadores SNPs de alta dimensão. O Golias é integrado com os ambientes de programação R e Julia, utilizando o poder de processamento da linguagem Júlia e de pacotes do R otimizados em código C. Todas as análises são realizadas sem fazer necessário que o usuário tenha qualquer conhecimento em programação. O software proposto dispõe de procedimentos para o controle de qualidade de SNPs como call rate, MAF, teste de equilíbrio de Hardy-Weinberg, descarte de variáveis via componentes principais, um procedimento para imputação de informações genotípicas perdidas e algumas técnicas de predição utilizando métodos bayesianos. O Golias está disponível em português; pode ser baixado da Internet (https://www.dropbox.com/sh/ql92mzjed8735wq/AADfVadXY3oYM_3qe84Vb N-Ea?dl=0) e é compatível com sistema operacional Windows.The use of molecular marker information to identify genetically superior individuals for traits of interest is one of the main contributions of genomic selection in breeding. Thus, in genetic breeding programs is increasing the use of molecular markers arranged in high density matrices which require quality control and the use of appropriate methodologies to predict genetic values. The work aims to present the Golias software that is a free software for processing data from high- size SNPs. Golias is integrated with the R and Julia programming environments, using the processing power of the Júlia language and R-optimized C-packets. All analyzes are performed without making it necessary for the user to have any programming knowledge. The proposed software has procedures for quality control of SNPs such as call rate, MAF, Hardy-Weinberg equilibrium test, variables discarding via principal components, a procedure for imputation of lost genotype information and some prediction techniques using Bayesian methods. Golias is available in Portuguese; can be downloaded from the Internet (https://www.dropbox.com/sh/ql92mzjed8735wq/AADfVadXY3oYM_3qe84Vb N-Ea?dl=0) and is compatible with Windows operating system.