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    Joint analysis of phenotypic and molecular diversity provides new insights on the genetic variability of the brazilian physic nut germplasm bank
    (Genetics and Molecular Biology, 2013-08-16) Bhering, Leonardo Lopes; Alves, Alexandre Alonso; Rosado, Tatiana Barbosa; Laviola, Bruno Galvêas; Formighieri, Eduardo Fernandes; Cruz, Cosme Damião
    The genetic variability of the Brazilian physic nut (Jatropha curcas) germplasm bank (117 accessions) was assessed using a combination of phenotypic and molecular data. The joint dissimilarity matrix showed moderate correlation with the original matrices of phenotypic and molecular data. However, the correlation between the phenotypic dissimilarity matrix and the genotypic dissimilarity matrix was low. This finding indicated that molecular markers (RAPD and SSR) did not adequately sample the genomic regions that were relevant for phenotypic differentiation of the accessions. The dissimilarity values of the joint dissimilarity matrix were used to measure phenotypic + molecular diversity. This diversity varied from 0 to 1.29 among the 117 accessions, with an average dissimilarity among genotypes of 0.51. Joint analysis of phenotypic and molecular diversity indicated that the genetic diversity of the physic nut germplasm was 156% and 64% higher than the diversity estimated from phenotypic and molecular data, respectively. These results show that Jatropha genetic variability in Brazil is not as limited as previously thought.
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    Tamanho de coleção original, métodos de agrupamento e amostragem para obtenção de coleção nuclear de germoplasma
    (Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2010-11-17) Vasconcelos, Edmar Soares de; Cruz, Cosme Damião; Silva, Derly José Henriques da; Bhering, Leonardo Lopes
    O objetivo deste trabalho foi verificar o efeito do tamanho da coleção original de germoplasma sobre eficácia de diferentes métodos de agrupamento e de amostragem, utilizados na obtenção de coleções nucleares, e comparar esses métodos no estabelecimento de coleções nucleares. Foram simulados sete tamanhos de coleções originais e utilizadas sete estratégias de amostragem para estabelecimento de coleções nucleares, com uso de caracteres morfo-agronômicos. Oito estratégias de obtenção de coleção nuclear foram empregadas, seis com técnicas de agrupamento (Tocher e Tocher sequencial) e duas sem agrupamento (aleatória e Tocher invertido). Nas estratégias de agrupamento, foram empregadas as amostragens constante, logarítmica e proporcional. Determinaram-se a variância explicada, o valor do coeficiente de determinação, o coeficiente de coincidência e o coeficiente de coincidência do desvio-padrão entre a coleção nuclear e a coleção original. As estratégias de amostragem constante e logarítmica geram coleções nucleares representativas da coleção original. O agrupamento de Tocher sequencial é mais eficaz na representação da coleção original pela coleção nuclear do que o agrupamento de Tocher. Entre as estratégias avaliadas, a amostragem pelo método de Tocher com critério de aglomeração inverso foi a mais eficiente na geração de coleções nucleares representativas das coleções originais.
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    Application of neural networks to predict volume in eucalyptus
    (Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2015-03-16) Bhering, Leonardo Lopes; Cruz, Cosme Damião; Peixoto, Leonardo de Azevedo; Rosado, Antônio Marcos; Nascimento, Moysés; Laviola, Bruno Galveas
    The aim of this study was to evaluate the methodology of Artificial Neural Networks (ANN) in order to predict wood volume in eucalyptus and its impacts on the selection of superior families, and to compare artificial neural network with regression models. Data used were obtained in a random block design with 140 half-sib families with five replications at three years of age, and four replications at six years of age, both with five plants per plot. The volume was estimated using ANN and regression models. It was used 2000 and 1500 data to train ANN, and 1500 and 1300 to validate ANN for 3 and 6 years of age, respectively. It is concluded that ANN can help improving the accuracy to measure the volume in eucalyptus trees, and to automate the process of forestry inventory and were more accurate in predicting wood volume than almost all regression models.
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    Agrupamento de modelos de regressão da análise de adaptabilidade e estabilidade de genótipos
    (Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2010-11-11) Vasconcelos, Edmar Soares de; Cruz, Cosme Damião; Regazzi, Adair José; Bhering, Leonardo Lopes; Rosado, Tatiana Barbosa; Vasconcelos, Fernando Soares de
    O objetivo deste trabalho foi evidenciar diferenças entre modelos de regressão, obtidos pelo método de Eberhart & Russell, na análise de adaptabilidade e estabilidade de comportamento de genótipos, e propor uma metodologia de agrupamento dos modelos similares. O teste para verificar a identidade de modelos foi empregado em dados de avaliação de 14 genótipos de milho em oito ambientes. Uma vez rejeitada a hipótese de igualdade dos modelos de regressão, realizou-se o agrupamento desses modelos com base no cálculo do quadrado médio da redução (QMRed) entre pares dos modelos de regressão. Após a obtenção desses valores, foi selecionado o de menor magnitude e verificada sua significância pelo teste F. NA hipótese de esse QMRed não ser significativo, o par de modelos relacionado a ele forma o grupo inicial. O método para verificar a identidade de modelos pode ser usado com sucesso no agrupamento de equações de regressão linear obtidas pelo método de Eberhart & Russell com o objetivo de estudar a adaptabilidade e a estabilidade de genótipos. O método de agrupamento de modelos similares permite formar grupos de genótipos com o mesmo comportamento estatístico.