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Item Ganhos genéticos preditos por diferentes métodos de seleção em progênies de Eucalyptus urophylla(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2009-12) Rosado, Tatiana Barbosa; Resende Júnior, Márcio Fernando Ribeiro; Cruz, Cosme Damião; Bhering, Leonardo Lopes; Rosado, Antônio MarcosO objetivo deste trabalho foi avaliar parâmetros genéticos e comparar os ganhos preditos por meio de diferentes métodos de seleção em famílias de meios-irmãos de Eucalyptus urophylla. Foi utilizada seleção entre e dentro, seleção combinada e seleção com base em modelos mistos (REML/BLUP) para os caracteres diâmetro à altura do peito, altura total e volume total com casca. Foi utilizado o teste de progênie constituído de 100 famílias de meios-irmãos com 55 meses de idade, em espaçamento de 3x2 m, em delineamento de blocos ao acaso, com cinco repetições. As progênies apresentaram variabilidade genética significativa e elevada magnitude de herdabilidade para os caracteres estudados, o que evidencia alto controle genético e condições favoráveis para seleção. Todos os métodos avaliados foram eficientes para aplicação no melhoramento de eucalipto. No entanto, a seleção combinada e a seleção por modelos mistos (BLUP) proporcionam estimativas de ganhos significativamente maiores às obtidas com a seleção entre e dentro, e maior eficiência na escolha dos melhores indivíduos dentro da população.Item Tamanho de população ideal para mapeamento genético em famílias de irmãos completos(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2008-03) Bhering, Leonardo Lopes; Cruz, Cosme DamiãoO objetivo deste trabalho foi avaliar o tamanho ótimo de populações de irmãos completos, para estudos de mapas de marcadores moleculares, por meio de simulações de genomas e tamanhos de populações. Foram simulados genomas parentais e amostras de populações de família de irmãos completos do tipo completamente informativas, e também não completamente informativas. As amostras geradas foram de 100, 200, 400 e 600 indivíduos, com três grupos de ligação cada, e 11 marcas moleculares codominantes e multialélicas, espaçadas a dez centimorgans por grupo de ligação. Foram realizadas 100 repetições por amostra. Para populações completamente informativas, o tamanho populacional de 200 indivíduos é suficiente para recuperar as informações originais, contudo, para a população não completamente informativa, é necessária a utilização de uma população maior, de 600 indivíduos.Item Estimativa de freqüência de recombinação no mapeamento genético de famílias de irmãos completos(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2008-03) Bhering, Leonardo Lopes; Cruz, Cosme Damião; God, Pedro Ivo Vieira GoodO objetivo deste trabalho foi obter as estimativas de freqüência de recombinação, por meio de simulação, para diferentes situações do mapeamento genético de famílias de irmãos completos. Foi simulado um genoma constituído de três grupos de ligação, em que cada um apresentava 11 marcas moleculares multialélicas, codominantes, distribuídas a cada 10 cM. A partir desse genoma, foram simulados dois cenários: um com genitores completamente informativos e outro com genitores formados aleatoriamente. Após a obtenção de todas as estimativas das freqüências de recombinação, concluiu-se que, para locos completamente informativos, pode-se calcular a freqüência de recombinação entre pares de locos, a partir da freqüência gamética de cada genitor ou a partir da freqüência genotípica da progênie. Para locos parcialmente informativos, a obtenção da freqüência de recombinação a partir da freqüência genotípica conjunta é mais apropriada.Item Método alternativo para análise de agrupamento(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2007-10) Vasconcelos, Edmar Soares de; Cruz, Cosme Damião; Bhering, Leonardo Lopes; Resende Júnior, Márcio Fernando RibeiroO objetivo deste trabalho foi propor uma alteração no procedimento de agrupamento realizado pelo método de Tocher, passando-o de método simultâneo (original) para seqüencial. Para ilustrar e comparar os métodos, foram realizadas simulações de coleções de acessos com diferentes características, tanto para avaliação individual quanto para avaliação de experimentos com repetições. As simulações e as análises estatísticas foram realizadas com auxílio do programa GENES. O número de grupos formados com o método de Tocher seqüencial foi menor que o número de grupos formados pelo método de Tocher original. No método de Tocher seqüencial, não foi verificada influência dos genótipos já agrupados, no agrupamento dos genótipos mais distantes. O limite de acréscimo na média da distância intragrupo, estimado após a formação de um novo grupo, constitui uma estimativa da dissimilaridade existente entre os acessos dos grupos. O agrupamento dos genótipos com maior dissimilaridade é realizado com maior eficácia pelo método de Tocher seqüencial do que pelo método de Tocher original.Item Estratégias de amostragem e estabelecimento de coleções nucleares(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2007-04) Vasconcelos, Edmar Soares de; Cruz, Cosme Damião; Bhering, Leonardo Lopes; Ferreira, AdésioO objetivo deste trabalho foi avaliar a influência da intensidade de amostragem, do tamanho da coleção de germoplasma inicial e da variância da amostragem sobre a qualidade das respectivas coleções nucleares, quanto à representatividade das coleções iniciais. Foram simulados sete tamanhos de coleções iniciais e utilizadas seis intensidades de amostragem para estabelecimento de coleções nucleares, utilizando caracteres morfoagronômicos. Determinaram-se o número de grupos formados, o coeficiente de coincidência entre a coleção nuclear e a coleção inicial e o coeficiente de determinação dos acessos amostrados para comporem a coleção nuclear. Também foi proposto o uso de uma estratégia alternativa para estabelecer coleções nucleares, de forma a maximizar a diversidade entre os acessos. O tamanho da coleção inicial influencia a intensidade de amostragem empregada na obtenção da coleção nuclear. A amostragem de acessos pelo método de Tocher, com critério de aglomeração inverso, mostrou-se eficiente na obtenção de coleções nucleares. As diferentes magnitudes de variância das coleções iniciais não influenciaram os coeficientes de determinação (R2) nem os coeficientes de coincidência entre a coleção inicial e as respectivas coleções nucleares.Item Joint analysis of phenotypic and molecular diversity provides new insights on the genetic variability of the brazilian physic nut germplasm bank(Genetics and Molecular Biology, 2013-08-16) Bhering, Leonardo Lopes; Alves, Alexandre Alonso; Rosado, Tatiana Barbosa; Laviola, Bruno Galvêas; Formighieri, Eduardo Fernandes; Cruz, Cosme DamiãoThe genetic variability of the Brazilian physic nut (Jatropha curcas) germplasm bank (117 accessions) was assessed using a combination of phenotypic and molecular data. The joint dissimilarity matrix showed moderate correlation with the original matrices of phenotypic and molecular data. However, the correlation between the phenotypic dissimilarity matrix and the genotypic dissimilarity matrix was low. This finding indicated that molecular markers (RAPD and SSR) did not adequately sample the genomic regions that were relevant for phenotypic differentiation of the accessions. The dissimilarity values of the joint dissimilarity matrix were used to measure phenotypic + molecular diversity. This diversity varied from 0 to 1.29 among the 117 accessions, with an average dissimilarity among genotypes of 0.51. Joint analysis of phenotypic and molecular diversity indicated that the genetic diversity of the physic nut germplasm was 156% and 64% higher than the diversity estimated from phenotypic and molecular data, respectively. These results show that Jatropha genetic variability in Brazil is not as limited as previously thought.Item Tamanho de coleção original, métodos de agrupamento e amostragem para obtenção de coleção nuclear de germoplasma(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2010-11-17) Vasconcelos, Edmar Soares de; Cruz, Cosme Damião; Silva, Derly José Henriques da; Bhering, Leonardo LopesO objetivo deste trabalho foi verificar o efeito do tamanho da coleção original de germoplasma sobre eficácia de diferentes métodos de agrupamento e de amostragem, utilizados na obtenção de coleções nucleares, e comparar esses métodos no estabelecimento de coleções nucleares. Foram simulados sete tamanhos de coleções originais e utilizadas sete estratégias de amostragem para estabelecimento de coleções nucleares, com uso de caracteres morfo-agronômicos. Oito estratégias de obtenção de coleção nuclear foram empregadas, seis com técnicas de agrupamento (Tocher e Tocher sequencial) e duas sem agrupamento (aleatória e Tocher invertido). Nas estratégias de agrupamento, foram empregadas as amostragens constante, logarítmica e proporcional. Determinaram-se a variância explicada, o valor do coeficiente de determinação, o coeficiente de coincidência e o coeficiente de coincidência do desvio-padrão entre a coleção nuclear e a coleção original. As estratégias de amostragem constante e logarítmica geram coleções nucleares representativas da coleção original. O agrupamento de Tocher sequencial é mais eficaz na representação da coleção original pela coleção nuclear do que o agrupamento de Tocher. Entre as estratégias avaliadas, a amostragem pelo método de Tocher com critério de aglomeração inverso foi a mais eficiente na geração de coleções nucleares representativas das coleções originais.Item Application of neural networks to predict volume in eucalyptus(Crop Breeding and Applied Biotechnology, 2015-03-16) Bhering, Leonardo Lopes; Cruz, Cosme Damião; Peixoto, Leonardo de Azevedo; Rosado, Antônio Marcos; Nascimento, Moysés; Laviola, Bruno GalveasThe aim of this study was to evaluate the methodology of Artificial Neural Networks (ANN) in order to predict wood volume in eucalyptus and its impacts on the selection of superior families, and to compare artificial neural network with regression models. Data used were obtained in a random block design with 140 half-sib families with five replications at three years of age, and four replications at six years of age, both with five plants per plot. The volume was estimated using ANN and regression models. It was used 2000 and 1500 data to train ANN, and 1500 and 1300 to validate ANN for 3 and 6 years of age, respectively. It is concluded that ANN can help improving the accuracy to measure the volume in eucalyptus trees, and to automate the process of forestry inventory and were more accurate in predicting wood volume than almost all regression models.Item Agrupamento de modelos de regressão da análise de adaptabilidade e estabilidade de genótipos(Pesquisa Agropecuária Brasileira, 2010-11-11) Vasconcelos, Edmar Soares de; Cruz, Cosme Damião; Regazzi, Adair José; Bhering, Leonardo Lopes; Rosado, Tatiana Barbosa; Vasconcelos, Fernando Soares deO objetivo deste trabalho foi evidenciar diferenças entre modelos de regressão, obtidos pelo método de Eberhart & Russell, na análise de adaptabilidade e estabilidade de comportamento de genótipos, e propor uma metodologia de agrupamento dos modelos similares. O teste para verificar a identidade de modelos foi empregado em dados de avaliação de 14 genótipos de milho em oito ambientes. Uma vez rejeitada a hipótese de igualdade dos modelos de regressão, realizou-se o agrupamento desses modelos com base no cálculo do quadrado médio da redução (QMRed) entre pares dos modelos de regressão. Após a obtenção desses valores, foi selecionado o de menor magnitude e verificada sua significância pelo teste F. NA hipótese de esse QMRed não ser significativo, o par de modelos relacionado a ele forma o grupo inicial. O método para verificar a identidade de modelos pode ser usado com sucesso no agrupamento de equações de regressão linear obtidas pelo método de Eberhart & Russell com o objetivo de estudar a adaptabilidade e a estabilidade de genótipos. O método de agrupamento de modelos similares permite formar grupos de genótipos com o mesmo comportamento estatístico.