Estatística Aplicada e Biometria
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Item Genomic prediction models with additive and dominance effects for censored traits(Universidade Federal de Viçosa, 2017-03-31) Santos, Vinicius Silva dos; Martins Filho, Sebastião; http://lattes.cnpq.br/5809878805245760Recently, dominance effects have been included in the genomic selection of several species, with the GBLUP-D method being the most used. This method consists in replacing, in the REML / BLUP procedure, the pedigree-based relationship matrices by marker-based relationship matrices. This method can be performed using the GVCBLUP software or through BGLR R-package, which is based on Bayesian regression via the Reproduction Kernel Hilbert Space. The objective of this work was to evaluate the possibility and effectiveness of GBLUP-D implementation via the lmekin function implemented in the coxme package of R through the inclusion of additive and dominance genomic matrices. Thus, through simulated data analyzes, the results obtained by the lmekin function were compared with those obtained by the GVCBLUP software and the BGLR package. Subsequently, the analysis was extended considering phenotypes with censored observations in a F 2 population of pigs, where the time (in days) of the birth to the slaughter of the animal was evaluated through the Cox model and the truncated normal model, in that the censoring was considered or not in the analysis. Finally, the inclusion of the polygenic effect in the additive-dominant models was evaluated in three traits with complete and normally distributed observations of a mice population, and in censored data from a F 2 population of pigs. The results showed that the lmekin function is an efficient alternative for the fit of genomic linear models with additive and dominance effects, since it results were identical to those obtained through GVBLUP software. For the censored data, it was observed a high agreement between the Cox model and the truncated normal model in selecting the best individuals and the highest marker effects. Thus, it was possible to show the possibility of predicting genomic genetic values for censored data, considering the Cox survival model with additive and dominance effects. The inclusion of the polygenic effect in the evaluated models allowed a significative increase in the additive heritabilities of the evaluated traits.Item Regressão quantílica aplicada à seleção genômica para características oligogênicas em melhoramento de plantas autógamas(Universidade Federal de Viçosa, 2019-02-21) Oliveira, Gabriela França; Nascimento, Ana Carolina Campana; http://lattes.cnpq.br/9895689990102944O constante crescimento populacional e as limitadas áreas agricultáveis requerem o aumento da produtividade das espécies agronômicas. Nos últimos 50 anos estima-se que 50% do aumento da produtividade mundial dessas espécies foi devido ao melhoramento genético. Para que o melhoramento seja feito de forma eficiente, o conhecimento do sistema reprodutivo das espécies a serem melhoradas é de suma importância para um melhorista, uma vez que tal conhecimento auxilia na adoção de métodos adequados para cada espécie. Em geral, a obtenção de cultivares melhoradas é um processo longo e oneroso. Visando a redução de tempo e custos, além do aumento da acurácia de seleção, a Seleção Genômica Ampla (Genome Wide Selection - GWS) que utiliza informações diretas do DNA por meio dos marcadores moleculares para predição do valor genético genômico dos indivíduos, foi proposta. Dentre as diversas metodologias de GWS, recentemente, foi proposto o uso da Regressão Quantílica Regularizada (RQR). A RQR permite ajustar modelos de regressão ao longo de toda distribuição da variável dependente, possibilitando assim uma melhor descrição do fenômeno em estudo, quando comparada a metodologias tradicionais que se baseiam apenas na média condicional. O uso da RQR tem-se mostrado bastante promissor, porém, ainda não foi avaliado em todo o processo de um programa de melhoramento de plantas. Diante do exposto, objetivou-se avaliar o uso da RQR na seleção genômica, considerando dados simulados de plantas autógamas com características oligogênicas. Foi simulada uma população F 2 , com características com duas herdabilidades (0,4 e 0,8) e controladas por quatro genes. Foi realizado o avanço de gerações (até a F 6 ) considerando duas porcentagens de seleção (10% e 20%) e, como critério de seleção, o valor genético genômico obtido por meio da RQR, além da seleção fenotípica e de outros métodos tradicionais de seleção genômica, especificamente RR-BLUP e o BLASSO. Observou- se que o modelo de RQR apresentou, em relação a fixação dos alelos favoráveis, resultados melhores ou iguais aqueles obtidos por todos métodos avaliados. Especificamente, em cenários de herdabilidade 0,4, independente da porcentagem de seleção, somente a seleção dos indivíduos baseados no modelo de RQR no quantil (τ = 0,5) foi capaz de fixar os alelos favoráveis até a sexta geração. Por outro lado, em cenários de maior herdabilidade (0,8) e com porcentagem de seleção de 10%, a seleção baseada nos métodos RQR (τ = 0,5) e BLASSO permitiram a fixação dos alelos ainda na geração F 4 . Quando a seleção se baseou nos métodos RR-BLUP e seleção fenotípica os alelos favoráveis não foram fixados até a sexta geração em nenhum cenário avaliado. Em relação ao ganho de seleção, a RQR (τ = 0,5) obteve ganhos maiores ou iguais aos métodos tradicionais de seleção genômica em todos os cenários avaliados. Especificamente, os ganhos da RQR (τ = 0,5) foram até 4,5% maiores que aqueles obtidos pelo BLASSO, até 6,1% maiores que os do RR-BLUP e até 4,6% maiores que a seleção fenotípica. Dessa forma verificou-se com aplicação da RQR no melhoramento de plantas considerando populações simuladas de plantas autógamas com características oligogênicas, seria possível uma redução de tempo e consequentemente de custos, devido a diminuição das gerações de autofecundações para a fixação dos alelos favoráveis em todos os cenários avaliados ou a obtenção de genótipos melhorados.Item Avaliação do impacto de atributos da carreira docente na UFV via Conjoint Analysis(Universidade Federal de Viçosa, 2017-02-16) Teixeira, Gabriely; Osório, Carlos Henrique; http://lattes.cnpq.br/2481418455545901Estudos recentes, que envolvem a carreira de professores universitários, têm relacionado satisfação ou insatisfação com a carreira a um conjunto de fatores do exercício profissional. A satisfação profissional reflete diretamente na eficácia do trabalho desempenhado. Alguns atributos são cruciais para a prática da docência com excelência nas universidades, pois afetam a satisfação no exercício do trabalho docente e podem alterar a produtividade do profissional desta área. Portanto, é de interesse conhecer os atributos ou fatores que influenciam na satisfação do docente e que possibilitem a busca por modelos de trabalho adequados. É neste contexto que se insere a presente dissertação, tendo como objetivo principal verificar a aplicabilidade da metodologia denominada Ratings-Based Conjoint Analysis (Análise Conjunta de Fatores Baseada em Notas) para avaliar a satisfação dos professores da UFV quanto a alguns atributos ligados à sua atuação profissional. A Conjoint Analysis permitiu decompor a opinião dos professores respondentes, informada por uma nota de satisfação global com relação às afirmações apresentadas, em partes devidas aos níveis dos atributos, de modo que se estimou as contribuições individualmente para a formação da preferência pelo tratamento ou satisfação global. Foram definidos quatro atributos: ] - Regime de trabalho, 2 - Valorização profissional, 3 - Liberdade de atuação e 4 - Infraestrutura. Os tratamentos foram formados por afirmações envolvendo estes atributos, com dois níveis cada (atributo contribui ou não), e estas foram apresentadas a uma amostra representativa dos professores em exercício da UFV, dimensionada por amostragem por quotas (por centro de com os de uma amostra voluntária, obtidos pela Comissão Própria de Avaliação da Universidade Federal de Viçosa (CPA-UFV), no V Ciclo de Autoavaliação Institucional 2015, a fim de verificar se a amostragem voluntária dos docentes, adotada pela CPA, é valida no sentido de representar a opinião dos docentes da UFV. Os resultados obtidos indicam que a metodologia Conj oint Analysis pode ser aplicada objetivando-se avaliar a opinião e satisfação dos respondentes, por meio de afirmativas apresentadas. Professores da UFV consideram o fator liberdade de atuação como o que mais influencia na satisfação com a carreira, atuar na tríade ensino, pesquisa e extensão e a valorização da carreira perante a sociedade também exercem influencia positiva. Os resultados indicaram também que a amostra voluntária adotada pela CPA é capaz de representar a opinião dos docentes como em uma amostra dimensionada, visto que os resultados obtidos foram semelhantes.