Microbiologia Agrícola
URI permanente para esta coleçãohttps://locus.ufv.br/handle/123456789/190
Navegar
3 resultados
Resultados da Pesquisa
Item Endophytic Trichoderma spp. for the control of common bean anthracnose(Universidade Federal de Viçosa, 2021-08-30) Alvarado Moreno, Hanna Lorena; Queiroz, Marisa Vieira de; http://lattes.cnpq.br/7669413148255144Fungi of the Trichoderma genus can protect plants by mechanisms of action such as mycoparasitism, antibiosis, competition and/or systemic resistance induction. Isolates from megadiverse environments such as the Amazon rainforest may have the potential to protect plants of agronomic interest and provide information that amplify the current knowledge of the Trichoderma genus. The objective of the present work was to select Trichoderma spp. endophytes from the Amazon Forest with potential for use as biological control (BC) agents of common bean anthracnose caused by the phytopathogen Colletotrichum lindemuthianum and to know the mechanisms of action by which these selected isolates were able to protect the plants against the phytopathogen. First, 20 Trichoderma spp. isolates were evaluated in a greenhouse and four isolates were selected: Trichoderma sp. VIC44363 17F (T17F), Trichoderma sp. VIC44364 22F (T22F), Trichoderma koningiopsis 24F (Tk24F) and Trichoderma erinaceum 610F (Te610F) which also promoted the growth of common bean. The isolates T22F, Tk24F and Te610F were studied regarding the mechanism of action, whether it is mycoparasitism, antibiosis, competition and/or resistance induction. For this, it was evaluated whether the application site of the antagonist, before the application of the phytopathogen, would influence the BC efficiency. Isolates T22F, Tk24F and Te610F protected the plant when they were applied to the root and leaves in a preventive way, but the isolate Tk24F stood out because it protected the plant in a systemic way when it was applied only to the root and locally when it was applied in the aerial part; similarly, the isolate Te610F stood out because it had a local effect as the disease severity was reduced by application to the aerial part. Subsequently, with the in vitro experiments, it was determined that the isolates Tk24F and Te610F were the most efficient antagonists to C. lindemuthianum due to the mechanisms of mycoparasitism, antibiosis and competition. Finally, with the T17F isolate, a separate study was carried out due to the possibility of it producing mycotoxins that limit its use as a BC agent, as it belongs to the Brevicompactum clade, which is recognized for producing mycotoxins of the trichothecenes type. The characterization of the T17F isolate was carried out through in vitro experiments in which the mechanisms of mycoparasitism, antibiosis and competition were evaluated, and the genome was sequenced to perform a comparative analysis with genomes from other species belonging to the same clade. By in vitro test it was determined that antibiosis is the mechanism used by the T17F isolate to antagonize C. lindemuthianum and other phytopathogenic fungi. By comparing trichothecenes cluster of the isolate Trichoderma sp. VIC44363 with the cluster of T. brevicompactum and T. arundinaceum, it was concluded that Trichoderma sp. VIC44363 can produce the mycotoxin trichodermin, as it lacks the tri23 gene. Trichoderma sp. VIC44363 has the potential to produce new compounds, as it has a cluster that is different from those found in T. brevicompactum. Trichoderma erinaceum 610F and T. koningiopsis 24F are potential biocontrol agents for C. lindemuthianum, due to the joint use of mechanisms that inhibit the infection of C. lindemuthianum. Keywords: Endophytes. Transformation with RFP. Colonization. qPCR. Transcriptomics. Genomics. Brevicompactum. Viride.Item Análise genômica e determinação do proteoma referência de isolados clínicos de Actinobacillus pleuropneumoniae sorotipo 8(Universidade Federal de Viçosa, 2016-02-22) Prado, Isabelle Gonçalves de Oliveira; Bazzolli, Denise Mara Soares; http://lattes.cnpq.br/3640365647553917Actinobacillus pleuropneumoniae é o agente etiológico da pleuropneumonia suína, uma doença respiratória severa que resulta em significantes perdas econômicas no setor da suinocultura. Atualmente, A. pleuropneumoniae é classificado em 16 sorotipos diferentes que podem causar a doença com virulência distinta entre eles. Em Minas Gerais, Brasil, A. pleuropneumoniae é encontrado nas granjas e a maior distribuição é do sorotipo 8, sendo este até pouco tempo negligenciado em estudos de epidemiologia devido a problemas de identificação. Da mesma forma, atualmente é aceito que este sorotipo é também o de maior distribuição nos Estados Unidos, Canadá, Reino Unido além do Brasil. Até recentemente, não havia disponibilidade de genomas de A. pleuropneumoniae sorotipo 8 em banco de dados, por isso não existem informações genômicas específicas para este sorotipo, especialmente provenientes de isolados clínicos recentemente circulantes nas granjas. Neste contexto, somente a partir de 2015 os primeiros genomas foram disponibilizados para serem analisados, sendo assim sete genomas de isolados clínicos de A. pleuropneumoniae sorotipo 8 estão hoje disponíveis e estes foram analisados neste estudo. A partir das sequências genômicas dos isolados clínicos de A. pleuropneumoniae sorotipo 8 foi proposto um modelo de proteoma referência desse sorotipo com um total de 2.396 proteínas categorizadas nas diferentes classes de grupos de ortólogos. Na análise comparativa realizada entre genomas de A. pleuropneumoniae sorotipo 8 e demais sorotipos foi observado um padrão de conservação na organização do genoma entre esses. No entanto, foram identificadas algumas diferenças pontuais e dois segmentos genômicos diferenciais entre os genomas analisados com rearranjos e /ou inversões de 42,2 Kb e 59,6 Kb. O primeiro segmento foi encontrado nos genomas dos sorotipos 5 (L20), 7 (AP76) e em quatro dos isolados clínicos do sorotipo 8 investigados, sendo eles MV518, MV780, MV1022 e MV5651 contendo sequências de profago. O segundo segmento diferencial foi identificado apenas no genoma de A. pleuropneumoniae sorotipo 7 (AP76) e contém sequências como transposases caracterizando a presença de uma sequência de inserção no segmento. De acordo com a análise dos códons preferenciais de todos os sorotipos investigados, não foram observadas diferenças marcantes entre eles. Na análise comparativa dos proteomas, a maioria das sequências do proteoma referência de A. pleuropneumoniae sorotipo 8 que apresentaram baixa similaridade com os demais sorotipos foram caracterizadas como hipotéticas, não tendo sua função conhecida. Nessa porção diferencial específica foram relatadas sequências codificadoras relacionadas à plasmídeos o que caracteriza possíveis eventos de transferência horizontal de genes (THG) ao longo da história evolutiva do genoma e fatores de resistência a antibióticos como cloranfenicol, sulfonamida e tetraciclina. Na análise de similaridade entre os proteomas houve maior similaridade das proteínas do proteoma referência do sorotipo 8 com as proteínas do sorotipo 6, o que pode estar associado à dificuldade em separar esses sorotipos nas técnicas de sorotipagem. Com as análises comparativas e a caracterização das diferenças entre os sorotipos e isolados será possível compreender os mecanismos de virulência dos isolados de A. pleuropneumoniae e identificar potenciais candidatos vacinais mais eficientes.Item Metagenômica de um consórcio microbiano termofílico na detecção de genes de enzimas celuloliticas e expressão heteróloga em Kluyveromyces marxianus CCT 7735 (UFV-3)(Universidade Federal de Viçosa, 2015-03-13) Colombo, Lívia Tavares; Passos, Flávia Maria Lopes; http://lattes.cnpq.br/4745874654946687Neste trabalho foi construída uma biblioteca metagenômica a partir de um consórcio microbiano termofílico com aproximadamente 135.000 clones, abrigando cerca de 3,5 Gpb de DNA metagenômico. Essa biblioteca foi construída com o objetivo de identificar genes que codificam enzimas lignocelulolíticas para serem expressos na levedura Kluyveromyces marxianus CCT 7735 (UFV-3). De 6.720 clones analisados (5 % do total), foram obtidos 182 hits positivos para atividades de celulases, xilanases e β-glicosidases, com seleção e sequenciamento de 30 fosmídeos que deram origem à identificação de 34 ORFs codificando para enzimas glicosil hidrolases, relacionadas com a hidrólise de celulose e hemicelulose. Paralelo à construção da biblioteca, foi obtido uma linhagem de K. marxianus CCT 7735 (UFV- 3) mutante (ura3 ̄ ). Pela primeira vez nesta levedura a deleção deste gene foi realizada utilizando-se a técnica split-marker, com seleção dos mutantes primeiramente em placas contendo geneticina e, posteriormente, associados à seleção em placas contendo ácido 5-fluorótico (5-FOA). Os resultados apresentados mostram que esta técnica de deleção pode ser eficientemente empregada para K. marxianus CCT 7735 (UFV-3), mesmo levando-se em conta a diploidia desta linhagem. A partir da obtenção do mutante ura3 ̄ , deu-se a construção do vetor pKmLPG para ser usado como sistema de expressão para essa levedura, uma vez que a marca de seleção contida neste vetor é o gene URA3. A característica diferencial e promissora deste sistema de expressão é o uso da sequência do promotor do gene que codifica a enzima endo-polygalacturonase endógena de K. marxianus CCT 7735 (UFV-3). A confirmação do vetor pKmLPG será realizada por sequenciamento. Sem essa confirmação, utilizou-se então o vetor de expressão pKMCL para clonagem de três genes de β-glicosidase isolados a partir da biblioteca fosmidial na levedura K. marxianus CCT 7735 (UFV-3). O vetor pKMCL é derivado do vetor de expressão pKLAC2 de K. lactis e utiliza a marca de seleção que confere resistência ao antibiótico geneticina. Por realização de teste enzimático dos transformantes em meio sólido, observou-se a presença de atividade extracelular de β-glicosidase endógena de K. marxianus CCT 7735 (UFV- 3). Com o genoma desta levedura anotado, foi possível identificar o gene, e juntamente com os demais genes de β-glicosidase (P3Gli, P8Gli e P9Gli), foram preditas as estruturas tri-dimensionais dessas proteínas. A confirmação dos transformantes para os genes P3Gli, P8Gli e P9Gli foi realizada por PCR, e atividade de β-glicosidase foi detectada tanto no sobrenadante extracelular quanto na região do periplasma em oito das nove cepas transformantes analisadas. Os resultados de expressão heteróloga de β-glicosidades em K. marxianus CCT 7735 (UFV-3) mostram que esta linhagem pode ser usada como hospedeira na expressão de diferentes genes lignocelulolíticos, com expectativa de uso das linhagens recombinantes capazes de secretar celulases visando a produção de etanol celulósico.