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Cluster evaluation of Brazilian and Moroccan goat populations using physical measurements
(Revista Brasileira de Zootecnia, 2013-04-25) Pires, Luanna Chácara; Machado, Théa Mírian Medeiros; Araújo, Adriana Mello de; Silva, João Batista Lopes da; Euclydes, Ricardo Frederico; Costa, Márcio da Silva; Olson, Timothy Aanen
The aim of this study was to compare the genetic diversity of 12 populations of goats in Brazil and Morocco (n = 796) through the use of physical measurements and different multivariate techniques. Traits measured included wither height (WH), distance from the brisket to the ground (BH) and ear length (EL). The standardized Euclidean distance (D) was adopted. The D values were submitted to clustering analysis using hierarchical methods (from nearest neighbor and UPGMA - Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) and the numbers of clusters were analyzed using the Tocher optimization method. The population clustering was different depending on the method of analysis used. Among the hierarchical methods, UPGMA showed the best fit (CCC = 0.82). The Tocher method enabled the formation of four different clusters. Although the hierarchical and Tocher methods resulted in different cluster formations, both contributed to the interpretation of the genetic cluster divergence. The results obtained through UPGMA and Tocher optimization enable their use for future studies that may include a larger number of biometric variables on greater numbers of individuals and additional populations.
Inventário e caracterização morfológica de caprinos Gurgueia no estado do Piauí
(Revista Brasileira de Saúde e Produção Animal, 2016-04) Costa, Márcio da Silva; Araújo, Adriana Mello de; Campelom, José Elivalto Guimarães; Machado, Théa Mírian Medeiros; Pires, Luanna Chácara; Egito, Andréa Alves do; Mariante, Arthur da Silva
Objetivou-se com este trabalho realizar o inventário do ecótipo Gurgueia no Estado do Piauí, na região Nordeste do Brasil. O inventário compreendeu o levantamento histórico, com busca em literaturas, e o populacional feito a partir de visitas in loco nos rebanhos. Foi tomado em cada rebanho a localização geográfica por meio o por GPS e contagem dos animais com padrão fenotípico Gurgueia para classifica-la quanto ao risco de extinção. Observou-se a presença dos caracteres barba, chifres, brincos, os padrões de cor ruão, agouti e chocolate, e a presença de orelha reduzida que foram submetidos à análise descritivas simples. A literatura regional consultada não apresentou consistência sobre a origem do caprino Gurgueia no Piauí, mas indicaram que rebanhos instalados no vale do rio Gurgueia no Sul do Piauí, deram origem aos hoje classificados como Gurgueia. No estudo, houve a confirmação de poucos exemplares, apenas 119, dispersos em três microrregiões revelando que grupo genético Gurgueia está em situação crítica de desaparecimento. Nestes animais, observa-se alta frequência da ausência de brincos e do caráter presença de chifre (0,95). A frequência de barba foi de 0,52 e não houve ocorrência de pelos longos, indicando ausência da relação entre esses caracteres. O caráter ruão (0,96), a pelagem chocolate e padrão não-agouti (cor única) não estiveram presentes assim como a presença de orelha reduzida. O estudo pode apontar também que os caprinos Gurgueia apresentam-se em situação instável, já que a sua presença nos rebanhos está associada a outros tipos raciais.
Paternidade e diversidade genética em caprinos por meio de microssatélite de DNA
(Universidade Federal de Viçosa, 2004-01-26) Araújo, Adriana Mello de; Guimarães, Simone E. Facioni; http://lattes.cnpq.br/4024762174671629
O registro gene alógico confiável é fundamental para possibilitar a implantação de um programa de avaliação genética. Os marcadores de microssatélites constituem uma ferramenta amplamente utilizada atualmente para confirmação de paternidade. No Brasil, a caprinocultura possui um grande potencial para a pecuária, principalmente na agricultura familiar do semi-árido. As principais raças de caprinos especializadas para produção de leite no Brasil são a Alpina e a Saanen, ambas de origem européia. Na Região Nordeste, detentora do maior rebanho caprino do País, existem raças naturalizadas adaptadas às condições adversas do semi-árido, que possuem diversidade genética desconhecida. Estas raças têm sido cruzadas de forma indiscriminada com diversas raças importadas, pondo em risco o seu potencial genético. Os objetivos do trabalho foram estudar a utilização de um sistema de microssatélites para: 1) a verificação de paternidade, utilizando o método de exclusão e o método de inferência estatística da razão de verossimilhança, nos casos em que a mãe é ou não genotipada; e 2) o estudo de diversidade genética entre e dentro as raças/rebanhos estudados. Foram utilizados, em sistema de genotipagem semi- automático (ABI 310, Perkin Elmer), onze microssatélites anteriormente descritos em bovinos, ovinos ou caprinos. Foram genotipados 292 animais, pertencentes a três rebanhos, sendo que as raças leiteiras Alpina e Saanen foram amostradas em dois rebanhos (UFV e particular) e a raça naturalizada Moxotó foi proveniente do rebanho de conservação da Embrapa Caprinos, Ceará. As análises de frequências alélicas foram realizadas utilizando-se os programas SAS (1998) e CERVUS (Marshall et al ., 1998). O teste exato para equilíbrio de Hardy Weinberg, estatística-F e distância genética foram obtidos no programa TFPGA (Miller, 1997). Os loci estudados apresentaram herdabilidade e informatividade de moderada à alta. A heterozigosidade esperada média para todos os loci foi de 0,717. O conteúdo de informação polimórfica (PIC1 e PIC2) e a probabilidade de exclusão combinada (PE1 e PE2) foram de 0,676 e 0,5420; e 0,999591 e 0,988375, respectivamente, quando se conhecia ou não o genótipo materno. Considerando erros de registros aqueles com mais de três incompatibilidades de genótipo, foram encontrados 27 registros errôneos. Pelo teste de inferência estatística, foram solucionados corretamente 210 dos 276 casos de paternidade (76%). Se fosse adotado apenas o método de exclusão, apenas 160 paternidades seriam assinaladas com certeza (sem incompatibilidades pai alegado-progênie). Desta forma, o método de inferência pode ajudar as verificações de paternidade em larga escala, diminuindo o custo para solucionar os erros de laboratório e as perdas parciais de genotipagem. Quando há conhecimento do genótipo materno, a probabilidade de exclusão foi superior e o programa CERVUS resolveu 95% dos casos. No estudo de diversidade, a heterozigosidade (H E ) foi alta nos rebanhos leiteiros, sendo 0,6952 e 0,7043 para a raça Alpina e Saanen, respectivamente. No Moxotó a H E obtida foi moderada de 0,4984, provavelmente em decorrência do pequeno número amostrado. O número de alelos variou de cinco (INRA005) a onze (BM3205), com média de 7,0 alelos/locus nas raças importadas e 3,5 na Moxotó. A média F ST (diferenciação entre populações) foi maior entre rebanhos (F ST s = 0,0768) do que entre raças (F ST p = 0,0263), indicando haver uma similaridade entre raças, dentro do rebanho. Tal similaridade pode ser devido ao fato de haver algum cruzamento entre raças, dentro do rebanho. A distância genética de Nei (D A ) foi maior entre o rebanho Moxotó e os demais (D A > 0,50). Os resultados obtidos estão em coerência com o histórico das raças, demonstrando que este sistema poderá ser adotado em estudos futuros de diversidade em caprinos no Brasil.
Paternity in Brazilian goats through the use of DNA microsatellites
(Revista Brasileira de Zootecnia, 2009-07-03) Araújo, Adriana Mello de; Guimarães, Simone Eliza Facioni; Pereira, Carmen Silva; Lopes, Paulo Sávio; Rodrigues, Marcelo Teixeira; Machado, Théa Mírian Medeiros
A total of 292 animals from three breeds (Alpine and Saanen dairy breeds, and the Brazilian naturalized breed Moxotó) were genotyped, comprising 276 paternity cases. Statistical analyses were carried out by using TFPGA and CERVUS programs. Heterozygosis ranged from 0.542 (ILSTS005) to 0.825 (INRA006), with an average of 0.717 for all loci. Polymorphic information content (PIC) was 0.676 and 0.542, and combined exclusion probabilities (EP) were 0.999591 and 0.988375 for known and unknown maternal genotypes, respectively. The microsatellite system reveals 10% of paternity misidentification in evaluated registers.