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Tipo: Artigo
Título: Análise de agrupamento de diferentes densidades de marcadores no mapeamento genético por varredura genômica
Autor(es): Jangarelli, Marcelo
Euclydes, Ricardo Frederico
Cruz, Cosme Damião
Cecon, Paulo Roberto
Carneiro, Antonio Policarpo Souza
Abstract: A simulação tem contribuído para o avanço da genômica nas diversas áreas do melhoramento genético. Foram simulados mapeamentos genéticos utilizando diferentes densidades de marcadores para estimar os valores fenotípicos na seleção assistida por marcadores (SAM), em características quantitativas com valores de herdabilidade de 0,10; 0,40; e 0,70. Procedeu-se a análise de agrupamento com os desempenhos fenotípicos, cuja finalidade foi obter estruturas de classificação entre as densidades visando à otimização na detecção de QTL. O sistema de simulação genética (Genesys) foi utilizado para três genomas (cada qual constituído de uma única característica cuja distinção estava no valor da herdabilidade) e para as populações base e inicial. Cada população inicial foi submetida à seleção assistida por marcadores por 20 gerações consecutivas, em que os genitores selecionados acasalavam-se seletivamente entre os melhores e os piores. O mapeamento empregando de média a alta densidade de marcadores assinalou eficiência nos progressos fenotípicos obtidos com a SAM. Menores quantidades de marcadores são requeridas para manter determinado poder de detecção de QTL à medida que se eleva a magnitude da herdabilidade. A análise de agrupamento indicou otimização e correspondência nos incrementos fenotípicos ao admitir as densidades de 4 e 6 cM; 4, 6, 8 e 10 cM; e 6 e 8 cM para as herdabilidades de 0,10; 0,40; e 0,70, respectivamente.
Simulation has contributed to the advancement of genomics in the different areas of genetic improvement. Genetic mappings were simulated using different densities of genetic markers to estimate phenotypic values of quantitative traits with heritabilities of 0.10; 0.40 and 0.70 in marker assisted selection (MAS). Cluster analysis with phenotypic performances was carried out to generate classification structures among the densities aiming to optimize QTL detection . The genetic simulation system (Genesys) was used to simulate three genomes (each consisting of a single characteristic differing in the heritability value) and the base and original populations. Each initial population was subjected to selection assisted by markers for 20 consecutive generations, in which selected parents mated selectively, between best and worst. The mapping using medium to high marker density showed efficiency in the phenotypic progress obtained with MAS. Smaller marker quantities are required to maintain power of QTL detection with increase in heritability. The cluster analysis indicated optimization and correspondence in phenotypic increases, when allowing the densities of 4 and 6 cM, 4, 6, 8 and 10 cM, and 6 and 8 cM for the heritabilities of 0.10; 0.40 and 0.70, respectively.
Palavras-chave: Análise de cluster
Herdabilidade
Seleção genômica
Simulação
QTL
Editor: Revista Ceres
Tipo de Acesso: Open Access
URI: http://dx.doi.org/10.1590/S0034-737X2010000600001
http://www.locus.ufv.br/handle/123456789/17695
Data do documento: Nov-2010
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