Molecular evolution and retrospective detection of Porcine circovirus 3 in pig production

Abstract

The pork industry has increased significantly over the last decades due to the increased consumption of this source of animal protein. The pressure for better efficiency and production has led to an increased production and intensification of international trade and genetic resources. Concurrently with the growth of the pork industry, the diseases present in pig farming have never been so diversified and the number of reports of emerging pathogens has increased significantly over the past 30 years. Considering this information, the present study aimed to conduct a retrospective study of detection and analyze the molecular evolution of an emerging virus in the pork industry, the Porcine circovirus 3 (PCV3). For the retrospective study of PCV3 detection in Brazil, laboratory-stored DNA samples were used for the detection of the virus by the conventional PCR technique. After sequencing the positive samples, phylogenetic and molecular analyzes were performed to understand the epidemiology of PCV3 in Brazil. In addition, phylogenetic analyzes and comparative genomics were conducted to find a possible evolutionary origin of PCV3. The results of this study provided important information about PCV3, which would serve as a basis for the development of control and prevention measures.

A produção de suínos aumentou significativamente ao longo das últimas décadas devido ao maior consumo dessa fonte de proteína animal. A pressão para uma maior eficiência e um maior volume de produção levou ao aumento da produção e da intensificação do comércio internacional de suínos e recursos genéticos. Concomitantemente ao crescimento da indústria suína, as enfermidades presentes na suinocultura nunca foram tão diversificadas e o número de relatos de patógenos emergentes aumentou, significantemente, durante os últimos 30 anos. Considerando essas informações, o presente estudo teve como objetivo realizar um estudo retrospectivo de detecção e analisar a evolução molecular de um vírus emergente na suinocultura mundial e brasileira, o Porcine circovirus 3 (PCV3). Para o estudo retrospectivo de detecção do PCV3 no Brasil, amostras de DNA estocadas em laboratório foram utilizadas para a pesquisa do vírus por meio da técnica de PCR convencional. Após sequenciamento das amostras positivas, análises filogenéticas e comparações moleculares foram realizadas para entender a epidemiologia do PCV3 no Brasil. Além disso, análises filogenéticas e genômica comparativa foram conduzidas para encontrar uma possível origem evolucionária do PCV3 na suinocultura mundial. Os resultados desse estudo forneceram informações importantes sobre o PCV3, que servirão de base para a elaboração de medidas de controle e prevenção.